+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21541 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Cas12i(E894A)-crRNA-dsDNA complex | |||||||||
マップデータ | Cas12i-crRNA-dsDNA | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | CRISPR / HYDROLASE-DNA-RNA complex | |||||||||
生物種 | Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Li Z / Zhang H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Mechanisms for target recognition and cleavage by the Cas12i RNA-guided endonuclease. 著者: Heng Zhang / Zhuang Li / Renjian Xiao / Leifu Chang / 要旨: Cas12i is a recently identified type V CRISPR-Cas endonuclease that predominantly cleaves the non-target strand of a double-stranded DNA substrate. This nicking activity of Cas12i could potentially ...Cas12i is a recently identified type V CRISPR-Cas endonuclease that predominantly cleaves the non-target strand of a double-stranded DNA substrate. This nicking activity of Cas12i could potentially be used for genome editing with high specificity. To elucidate its mechanisms for target recognition and cleavage, we determined cryo-EM structures of Cas12i in multiple functional states. Cas12i pre-orders a seven-nucleotide seed sequence of the crRNA for target recognition and undergoes a two-step activation through crRNA-DNA hybridization. Formation of 14 base pairs activates the nickase activity, and 28-bp hybridization promotes cleavage of the target strand. The atomic structures and mechanistic insights gained should facilitate the manipulation of Cas12i for genome editing applications. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21541.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-21541-v30.xml emd-21541.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21541.png | 115.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21541.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21541 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21541_validation.pdf.gz | 419.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_21541_full_validation.pdf.gz | 418.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21541_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21541_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21541 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cas12i-crRNA-dsDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CRISPR-Cas complex
全体 | 名称: CRISPR-Cas complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CRISPR-Cas complex
超分子 | 名称: CRISPR-Cas complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
-分子 #1: Cas12i
分子 | 名称: Cas12i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 125.722008 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNKEKNASE TRKAYTTKMI PRSHDRMKLL GNFMDYLMDG TPIFFELWNQ FGGGIDRDII SGTANKDKIS DDLLLAVNWF KVMPINSKP QGVSPSNLAN LFQQYSGSEP DIQAQEYFAS NFDTEKHQWK DMRVEYERLL AELQLSRSDM HHDLKLMYKE K CIGLSLST ...文字列: MSNKEKNASE TRKAYTTKMI PRSHDRMKLL GNFMDYLMDG TPIFFELWNQ FGGGIDRDII SGTANKDKIS DDLLLAVNWF KVMPINSKP QGVSPSNLAN LFQQYSGSEP DIQAQEYFAS NFDTEKHQWK DMRVEYERLL AELQLSRSDM HHDLKLMYKE K CIGLSLST AHYITSVMFG TGAKNNRQTK HQFYSKVIQL LEESTQINSV EQLASIILKA GDCDSYRKLR IRCSRKGATP SI LKIVQDY ELGTNHDDEV NVPSLIANLK EKLGRFEYEC EWKCMEKIKA FLASKVGPYY LGSYSAMLEN ALSPIKGMTT KNC KFVLKQ IDAKNDIKYE NEPFGKIVEG FFDSPYFESD TNVKWVLHPH HIGESNIKTL WEDLNAIHSK YEEDIASLSE DKKE KRIKV YQGDVCQTIN TYCEEVGKEA KTPLVQLLRY LYSRKDDIAV DKIIDGITFL SKKHKVEKQK INPVIQKYPS FNFGN NSKL LGKIISPKDK LKHNLKCNRN QVDNYIWIEI KVLNTKTMRW EKHHYALSST RFLEEVYYPA TSENPPDALA ARFRTK TNG YEGKPALSAE QIEQIRSAPV GLRKVKKRQM RLEAARQQNL LPRYTWGKDF NINICKRGNN FEVTLATKVK KKKEKNY KV VLGYDANIVR KNTYAAIEAH ANGDGVIDYN DLPVKPIESG FVTVESQVRD KSYDQLSYNG VKLLYCKPHV ESRRSFLE K YNGTMKDNRG NNIQIDFMKD FEAIADDETS LYYFNMKYCK LLQSSIRNHS SQAKEYREEI FELLRDGKLS VLKLSSLSN LSFVMFKVAK SLIGTYFGHL LKKPKNSKSD VKAPPITDED KQKADPEMFA LRLALEEKRL NKVKSKKEVI ANKIVAKALE LRDKYGPVL IKGENISDTT KKGKKSSTNS FLMDWLARGV ANKVKEMVMM HQGLEFVEVN PNFTSHQDPF VHKNPENTFR A RYSRCTPS ELTEKNRKEI LSFLSDKPSK RPTNAYYNEG AMAFLATYGL KKNDVLGVSL EKFKQIMANI LHQRSEDQLL FP SRGGMFY LATYKLDADA TSVNWNGKQF WVCNADLVAA YNVGLVDIQK DFKKK |
-分子 #2: TS
分子 | 名称: TS / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.083159 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) |
-分子 #3: NTS
分子 | 名称: NTS / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 2.970954 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC) |
-分子 #4: Substrate
分子 | 名称: Substrate / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 2.788862 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) |
-分子 #5: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 18.859102 KDa |
配列 | 文字列: ACGCAAACAA UUUUUGUGCC CAUCGUUGGC ACGCGUGCUG GAUUGCUUCG AUGGUCUGC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 731231 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |