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万見
- PDB-6de6: 2.1 A resolution structure of histamine dehydrogenase from Rhizob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6de6
タイトル2.1 A resolution structure of histamine dehydrogenase from Rhizobium sp. 4-9
要素Histamine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / histamine dehydrogenase / FMN binding / 4Fe-4S cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Histamine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium sp. 4-9 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Goyal, P. / Lovell, S. / Richter, M.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023
タイトル: Structure of Rhizobium sp. 4-9 histamine dehydrogenase and analysis of the electron transfer pathway to an abiological electron acceptor.
著者: Goyal, P. / Deay 3rd, D. / Seibold, S. / Candido, A.C.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Wilson, G.S. / Richter, M.L. / Petillo, P.A.
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histamine dehydrogenase
B: Histamine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7669
ポリマ－154,2012
非ポリマー2,5657
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12810 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area43070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.223, 105.314, 140.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...
21(chain B and ((resid 4 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTHRTHR(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA4 - 1307 - 133
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA131134
13ASNASNPROPRO(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA4 - 6927 - 695
14ASNASNPROPRO(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA4 - 6927 - 695
15ASNASNPROPRO(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA4 - 6927 - 695
16ASNASNPROPRO(chain A and (resid 4 through 130 or (resid 131...AA4 - 6927 - 695
21ASNASNASNASN(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB47
22ARGARGPROPRO(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB2 - 6925 - 695
23ARGARGPROPRO(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB2 - 6925 - 695
24ARGARGPROPRO(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB2 - 6925 - 695
25ARGARGPROPRO(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB2 - 6925 - 695
26ARGARGPROPRO(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB2 - 6925 - 695

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histamine dehydrogenase


分子量: 77100.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium sp. 4-9 (根粒菌) / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60I59

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非ポリマー , 5種, 561分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Na HEPES, 18% w/v PEG 12000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.43 Å / Num. obs: 89613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 586744 / Scaling rejects: 82
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.222 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.519 / Rrim(I) all: 1.329 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.09 Å48.43 Å
Translation5.09 Å48.43 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3k30

3k30


解像度: 2.1→48.427 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 20.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 4463 4.99 %
Rwork0.164 --
obs0.166 89514 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.52 Å2 / Biso mean: 37.0718 Å2 / Biso min: 20.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10303 0 137 554 10994
Biso mean--35.05 37.87 -
残基数----1341
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6002X-RAY DIFFRACTION6.227TORSIONAL
12B6002X-RAY DIFFRACTION6.227TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.27691530.232227682921100
2.1239-2.14890.28261500.230128382988100
2.1489-2.17510.2771280.221327872915100
2.1751-2.20260.25471590.211228262985100
2.2026-2.23160.2721720.213827702942100
2.2316-2.26210.28361460.240727862932100
2.2621-2.29450.26261230.194928692992100
2.2945-2.32870.24031480.192527622910100
2.3287-2.36510.23431470.179828112958100
2.3651-2.40390.23991300.177728392969100
2.4039-2.44530.23151610.174427922953100
2.4453-2.48980.24631350.173428152950100
2.4898-2.53770.22131540.164428092963100
2.5377-2.58950.22041530.163728252978100
2.5895-2.64580.18981620.162628062968100
2.6458-2.70730.21981090.161528602969100
2.7073-2.7750.19131310.167128552986100
2.775-2.850.21881430.168728242967100
2.85-2.93390.23251550.170628262981100
2.9339-3.02860.21261580.170228142972100
3.0286-3.13680.20631630.176928302993100
3.1368-3.26240.22961450.188728332978100
3.2624-3.41080.21121740.170728192993100
3.4108-3.59060.2051380.168428512989100
3.5906-3.81540.18421740.148128303004100
3.8154-4.10990.18021670.137728403007100
4.1099-4.52320.14281300.124529113041100
4.5232-5.17710.1381610.119828803041100
5.1771-6.52010.16721470.156229333080100
6.5201-48.44010.21811470.17453042318999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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