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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20902 | |||||||||
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タイトル | Structure of human ATP citrate lyase E599Q mutant in complex with Mg2+, citrate, ATP and CoA | |||||||||
![]() | ATP citrate lyase E599Q mutant in complex with Mg2 , citrate, ATP and CoA | |||||||||
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![]() | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
![]() | Wei X / Marmorstein R | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for acetyl-CoA production by ATP-citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Gleb A Bazilevsky / Austin Vogt / Ronen Marmorstein / ![]() 要旨: ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report ...ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report cryo-EM structures of human ACLY, alone or bound to substrates or products. ACLY forms a homotetramer with a rigid citrate synthase homology (CSH) module, flanked by four flexible acetyl-CoA synthetase homology (ASH) domains; CoA is bound at the CSH-ASH interface in mutually exclusive productive or unproductive conformations. The structure of a catalytic mutant of ACLY in the presence of ATP, citrate and CoA substrates reveals a phospho-citryl-CoA intermediate in the ASH domain. ACLY with acetyl-CoA and oxaloacetate products shows the products bound in the ASH domain, with an additional oxaloacetate in the CSH domain, which could function in ACLY autoinhibition. These structures, which are supported by biochemical and biophysical data, challenge previous proposals of the ACLY catalytic mechanism and suggest additional therapeutic possibilities for ACLY-associated metabolic disorders. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 164.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ATP citrate lyase E599Q mutant in complex with Mg2 , citrate, ATP and CoA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : ACLY(E599Q) with Mg2+, citrate, ATP and CoA
全体 | 名称: ACLY(E599Q) with Mg2+, citrate, ATP and CoA |
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要素 |
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-超分子 #1: ACLY(E599Q) with Mg2+, citrate, ATP and CoA
超分子 | 名称: ACLY(E599Q) with Mg2+, citrate, ATP and CoA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: ATP-citrate synthase
分子 | 名称: ATP-citrate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP citrate synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 120.983141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAKAISEQT GKELLYKFIC TTSAIQNRFK YARVTPDTDW ARLLQDHPWL LSQNLVVKPD QLIKRRGKLG LVGVNLTLDG VKSWLKPRL GQEATVGKAT GFLKNFLIEP FVPHSQAEEF YVCIYATREG DYVLFHHEGG VDVGDVDAKA QKLLVGVDEK L NPEDIKKH ...文字列: MSAKAISEQT GKELLYKFIC TTSAIQNRFK YARVTPDTDW ARLLQDHPWL LSQNLVVKPD QLIKRRGKLG LVGVNLTLDG VKSWLKPRL GQEATVGKAT GFLKNFLIEP FVPHSQAEEF YVCIYATREG DYVLFHHEGG VDVGDVDAKA QKLLVGVDEK L NPEDIKKH LLVHAPEDKK EILASFISGL FNFYEDLYFT YLEINPLVVT KDGVYVLDLA AKVDATADYI CKVKWGDIEF PP PFGREAY PEEAYIADLD AKSGASLKLT LLNPKGRIWT MVAGGGASVV YSDTICDLGG VNELANYGEY SGAPSEQQTY DYA KTILSL MTREKHPDGK ILIIGGSIAN FTNVAATFKG IVRAIRDYQG PLKEHEVTIF VRRGGPNYQE GLRVMGEVGK TTGI PIHVF GTETHMTAIV GMALGHRPIP NQPPTAAHTA NFLLNASGST STPAPSRTAS FSESRADEVA PAKKAKPAMP QDSVP SPRS LQGKSTTLFS RHTKAIVWGM QTRAVQGMLD FDYVCSRDEP SVAAMVYPFT GDHKQKFYWG HKEILIPVFK NMADAM RKH PEVDVLINFA SLRSAYDSTM ETMNYAQIRT IAIIAQGIPE ALTRKLIKKA DQKGVTIIGP ATVGGIKPGC FKIGNTG GM LDNILASKLY RPGSVAYVSR SGGMSNELNN IISRTTDGVY EGVAIGGDRY PGSTFMDHVL RYQDTPGVKM IVVLGEIG G TEEYKICRGI KEGRLTKPIV CWCIGTCATM FSSEVQFGHA GACANQASET AVAKNQALKE AGVFVPRSFD ELGEIIQSV YEDLVANGVI VPAQEVPPPT VPMDYSWARE LGLIRKPASF MTSICDERGQ ELIYAGMPIT EVFKEEMGIG GVLGLLWFQK RLPKYSCQF IEMCLMVTAD HGPAVSGAHN TIICARAGKD LVSSLTSGLL TIGDRFGGAL DAAAKMFSKA FDSGIIPMEF V NKMKKEGK LIMGIGHRVK SINNPDMRVQ ILKDYVRQHF PATPLLDYAL EVEKITTSKK PNLILNVDGL IGVAFVDMLR NC GSFTREE ADEYIDIGAL NGIFVLGRSM GFIGHYLDQK RLKQGLYRHP WDDISYVLPE HMSM UniProtKB: ATP-citrate synthase |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #3: COENZYME A
分子 | 名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: COA |
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分子量 | 理論値: 767.534 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-COA: |
-分子 #4: (2S)-2-hydroxy-2-[2-oxo-2-(phosphonooxy)ethyl]butanedioic acid
分子 | 名称: (2S)-2-hydroxy-2-[2-oxo-2-(phosphonooxy)ethyl]butanedioic acid タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: Y2A |
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分子量 | 理論値: 272.103 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y2A: |
-分子 #5: UNKNOWN LIGAND
分子 | 名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: UNL |
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Chemical component information | ![]()
ChemComp-UNL: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 27 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207653 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-6uuw: |