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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5thp | ||||||
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Title | Rhodocetin in complex with the integrin alpha2-A domain | ||||||
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![]() | CELL ADHESION / C-type lectin / integrin / venom / coagulation | ||||||
Function / homology | ![]() disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid ...disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / oligosaccharide binding / skin morphogenesis / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of phagocytosis, engulfment / collagen-activated signaling pathway / peptidoglycan binding / Platelet Adhesion to exposed collagen / mammary gland development / hepatocyte differentiation / mesodermal cell differentiation / focal adhesion assembly / heparan sulfate proteoglycan binding / response to muscle activity / integrin complex / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PTK2 signaling / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell-substrate adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to amine / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / Integrin cell surface interactions / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / axon terminus / laminin binding / collagen binding / cell-matrix adhesion / positive regulation of translation / cellular response to estradiol stimulus / integrin-mediated signaling pathway / female pregnancy / animal organ morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to peptide hormone / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / integrin binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McDougall, M. / Orriss, G.L. / Stetefeld, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Dramatic and concerted conformational changes enable rhodocetin to block alpha 2 beta 1 integrin selectively. Authors: Eble, J.A. / McDougall, M. / Orriss, G.L. / Niland, S. / Johanningmeier, B. / Pohlentz, G. / Meier, M. / Karrasch, S. / Estevao-Costa, M.I. / Martins Lima, A. / Stetefeld, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 115.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 153 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gprS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Snaclec rhodocetin subunit ... , 2 types, 12 molecules ADGJMPBEHKNQ
#1: Protein | Mass: 15741.510 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: UniProt: D2YW39 #2: Protein | Mass: 14875.982 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: UniProt: D2YW40 |
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-Protein , 1 types, 6 molecules CFILOR
#3: Protein | Mass: 23737.738 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 170-366 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 308 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1M Tris pH 8.0, 2.65M Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jan 11, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.006→19.87 Å / Num. obs: 83038 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.3 % / Net I/σ(I): 11.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3GPR Resolution: 3.006→19.867 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.52 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.006→19.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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