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- EMDB-20703: Cryo electron microscopy map of the ATP-gated rat P2X7 ion channe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20703
タイトルCryo electron microscopy map of the ATP-gated rat P2X7 ion channel in the ATP-bound, open state
マップデータstructure of the ATP-gated rat P2X7 ion channel in the ATP-bound, open state
試料
  • 複合体: P2X7 receptor ion channel
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 7
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization ...The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization / organic cation transport / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / lymphocyte apoptotic process / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / ATP export / positive regulation of interleukin-1 alpha production / negative regulation of cell volume / 細胞死 / plasma membrane organization / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / pore complex assembly / collagen metabolic process / bleb / : / plasma membrane phospholipid scrambling / response to fluid shear stress / positive regulation of prostaglandin secretion / T cell apoptotic process / ceramide biosynthetic process / bleb assembly / mitochondrial depolarization / vesicle budding from membrane / positive regulation of T cell apoptotic process / prostaglandin secretion / プログラム細胞死 / glutamate secretion / positive regulation of ossification / cellular response to dsRNA / cell volume homeostasis / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of bone resorption / skeletal system morphogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / phospholipid translocation / nuclear inner membrane / channel activity / positive regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to ATP / response to zinc ion / positive regulation of catalytic activity / synaptic vesicle exocytosis / T cell homeostasis / 脱分極 / monoatomic cation transport / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to organic cyclic compound / protein secretion / neuronal action potential / positive regulation of bone mineralization / T cell proliferation / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of sodium ion transport / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of glycolytic process / mitochondrion organization / protein serine/threonine kinase activator activity / : / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / establishment of localization in cell / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / lipopolysaccharide binding / response to bacterium / positive regulation of MAP kinase activity / protein catabolic process / neuromuscular junction / cell morphogenesis / response to organic cyclic compound / terminal bouton / T cell mediated cytotoxicity / protein processing / response to calcium ion / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / calcium ion transport / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cell-cell junction / presynapse / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / ATP P2X receptors signature. / P2X受容体 / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mansoor SE / McCarthy AE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K99HL138129 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Full-Length P2X Structures Reveal How Palmitoylation Prevents Channel Desensitization.
著者: Alanna E McCarthy / Craig Yoshioka / Steven E Mansoor /
要旨: P2X receptors are trimeric, non-selective cation channels activated by extracellular ATP. The P2X receptor subtype is a pharmacological target because of involvement in apoptotic, inflammatory, and ...P2X receptors are trimeric, non-selective cation channels activated by extracellular ATP. The P2X receptor subtype is a pharmacological target because of involvement in apoptotic, inflammatory, and tumor progression pathways. It is the most structurally and functionally distinct P2X subtype, containing a unique cytoplasmic domain critical for the receptor to initiate apoptosis and not undergo desensitization. However, lack of structural information about the cytoplasmic domain has hindered understanding of the molecular mechanisms underlying these processes. We report cryoelectron microscopy structures of full-length rat P2X receptor in apo and ATP-bound states. These structures reveal how one cytoplasmic element, the C-cys anchor, prevents desensitization by anchoring the pore-lining helix to the membrane with palmitoyl groups. They show a second cytoplasmic element with a unique fold, the cytoplasmic ballast, which unexpectedly contains a zinc ion complex and a guanosine nucleotide binding site. Our structures provide first insights into the architecture and function of a P2X receptor cytoplasmic domain.
履歴
登録2019年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u9w
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20703.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of the ATP-gated rat P2X7 ion channel in the ATP-bound, open state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0209 / ムービー #1: 0.0209
最小 - 最大-0.09860116 - 0.16642189
平均 (標準偏差)0.0000926903 (±0.0033233727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.400342.400342.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0990.1660.000

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添付データ

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追加マップ: Map for the ATP-bound (open) state of rat...

ファイルemd_20703_additional.map
注釈Map for the ATP-bound (open) state of rat P2X7 receptor from a focused refinement using a mask that includes the transmembrane domain and the cytoplasmic domain but excludes the extracellular domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P2X7 receptor ion channel

全体名称: P2X7 receptor ion channel
要素
  • 複合体: P2X7 receptor ion channel
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 7
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: P2X7 receptor ion channel

超分子名称: P2X7 receptor ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: P2X purinoceptor 7

分子名称: P2X purinoceptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 69.904016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPACCSWNDV FQYETNKVTR IQSVNYGTIK WILHMTVFSY VSFALMSDKL YQRKEPLISS VHTKVKGVAE VTENVTEGGV TKLVHGIFD TADYTLPLQG NSFFVMTNYL KSEGQEQKLC PEYPSRGKQC HSDQGCIKGW MDPQSKGIQT GRCIPYDQKR K TCEIFAWC ...文字列:
MPACCSWNDV FQYETNKVTR IQSVNYGTIK WILHMTVFSY VSFALMSDKL YQRKEPLISS VHTKVKGVAE VTENVTEGGV TKLVHGIFD TADYTLPLQG NSFFVMTNYL KSEGQEQKLC PEYPSRGKQC HSDQGCIKGW MDPQSKGIQT GRCIPYDQKR K TCEIFAWC PAEEGKEAPR PALLRSAENF TVLIKNNIDF PGHNYTTRNI LPGMNISCTF HKTWNPQCPI FRLGDIFQEI GE NFTEVAV QGGIMGIEIY WDCNLDSWSH RCQPKYSFRR LDDKYTNESL FPGYNFRYAK YYKENGMEKR TLIKAFGVRF DIL VFGTGG KFDIIQLVVY IGSTLSYFGL ATVCIDLIIN TYASTCCRSR VYPSCKCCEP CAVNEYYYRK KCEPIVEPKP TLKY VSFVD EPHIWMVDQQ LLGKSLQDVK GQEVPRPQTD FLELSRLSLS LHHSPPIPGQ PEEMQLLQIE AVPRSRDSPD WCQCG NCLP SQLPENRRAL EELCCRRKPG QCITTSELFS KIVLSREALQ LLLLYQEPLL ALEGEAINSK LRHCAYRSYA TWRFVS QDM ADFAILPSCC RWKIRKEFPK TQGQYSGFKY PYSNSAVDAG LEVLFQ

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #6: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydr...

分子名称: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: Q3G
分子量理論値: 764.022 Da
Chemical component information

ChemComp-Q3G:
O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine / リン脂質*YM

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分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

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分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109570
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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