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万見
- PDB-1n8k: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Val292Thr Mutant Complexed to N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8k
タイトルHorse Liver Alcohol Dehydrogenase Val292Thr Mutant Complexed to NAD+ and Pyrazole
要素Alcohol Dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / MUTANT / PYRAZOLE
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / PYRAZOLE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Amino Acid Residues in the Nicotinamide Binding Site Contribute to Catalysis by Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Pyrazole Binding in Crystalline Binary and Ternary Complexes with Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Human beta3beta3 Alcohol Dehydrogenase. The contribution of ionic interactions to coenzyme binding.
著者: Davis, G.J. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Owusu-Dekyi, K. / Hurley, T.D.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structures of Three Human Beta Alcohol Dehydrogenase Variants. Correlations with their Functional Differences.
著者: Hurley, T.D. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Amzel, L.M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of A Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE STRUCTURE DETERMINED IN THIS ENTRY CONTAINS THE HETEROATOM MOLECULE NAJ, WHICH IS ...HETEROGEN THE STRUCTURE DETERMINED IN THIS ENTRY CONTAINS THE HETEROATOM MOLECULE NAJ, WHICH IS OXIDIZED NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE, BUT THE RESTRAINTS ON THE PLANARITY OF THE NICOTINAMIDE RING WERE REMOVED DURING REFINEMENT WITH THE RESULT THAT THE RING IS PUCKERED.
Remark 285CRYST1 TO GENERATE THE STANDARD UNIT CELL FOR P1 FROM THE CELL DESCRIBED IN THE CRYST CARD, APPLY ...CRYST1 TO GENERATE THE STANDARD UNIT CELL FOR P1 FROM THE CELL DESCRIBED IN THE CRYST CARD, APPLY THE FOLLOWING: 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 WHICH YIELDS THE FOLLOWING UNIT CELL PARAMETERS: 51.4 92.7 44.3 103.0 109.9 91.9 P 1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol Dehydrogenase E chain
B: Alcohol Dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,55311
ポリマ－79,7102
非ポリマー1,8439
水12,737707
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.310, 51.380, 92.670
Angle α, β, γ (deg.)91.94, 102.97, 109.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol Dehydrogenase E chain


分子量: 39855.246 Da / 分子数: 2 / 変異: V292T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: ADHE M64864 / プラスミド: PBPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CJ236 / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 716分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM)


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-PZO / PYRAZOLE / ピラゾ-ル


分子量: 68.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4N2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7 / 詳細: MPD, pH 7.0, dialysis, temperature 277K, pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlenzyme11
217 %MPD12
350 mMammmonium TES12
40.25 mMEDTA12pH6.7
510.6 mMNAD+12
65.5 mMpyrazole12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→20 Å / Num. obs: 218390 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.13→1.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.172 / % possible all: 46.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.13 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 81.6 % / Num. measured all: 6143593 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 46.2 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.27精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HLD

1hld


解像度: 1.13→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.489 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16739 7813 3.5 %RANDOM
Rwork0.14375 ---
obs0.14456 218390 81.52 %-
all-277740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.39 Å20.39 Å2
2--0.94 Å20.04 Å2
3----1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.034 Å0.034 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5605 0 102 717 6424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6992.0147875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0375746
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3050.25892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1260.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.751.53704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6226003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59332118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3764.51872
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.53925815
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.17224
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.72825703
LS精密化 シェル解像度: 1.131→1.161 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.19 274
Rwork0.169 8525
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.145
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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