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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1loc | ||||||||||||
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タイトル | INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH TWO COMPONENTS OF THE BACTERIAL CELL WALL | ||||||||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Bourne, Y. / Cambillau, C. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of a legume lectin with two components of the bacterial cell wall. A crystallographic study. 著者: Bourne, Y. / Ayouba, A. / Rouge, P. / Cambillau, C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 347.11 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 347.61 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ALA E 80 - ASP E 81 OMEGA = 342.86 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ALA G 80 - ASP G 81 OMEGA = 346.01 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
詳細 | THIS CRYSTAL FORM CONTAINS TWO DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. EACH MONOMER CONSISTS OF TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS, ALPHA AND BETA, ONE CA++ AND ONE MN++ ION, AND THE MURAMYL-DIPEPTIDE. THE ALPHA CHAIN CONSISTS OF 181 RESIDUES AND THE BETA CHAIN CONSISTS OF 52 RESIDUES. MONOMER 1 CONTAINS ALPHA CHAIN *A*, BETA CHAIN *B*, MURAMYL-DIPEPTIDE *1*, CA 228, AND MN 229. MONOMER 2 CONTAINS ALPHA CHAIN *C*, BETA CHAIN *D* AND MURAMYL- DIPEPTIDE *2*. MONOMERS 3 AND 4 ARE LABELLED SIMILARLY, WITH CHAIN IDENTIFIERS *E*, *F*, *3*, *G*, *H* AND *4*. EACH DIMER HAS TWO MONOMERS WHICH ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. |
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要素
-LEGUME ISOLECTIN I ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 19847.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 5783.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 8分子 1234![](data/chem/img/MDP.gif)
![](data/chem/img/MDP.gif)
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 217.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #6: 糖 | ChemComp-MDP / |
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-非ポリマー , 3種, 326分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE MURAMYL-DIPEPTIDE D-ALA-D-IGLN OCCURS 4 TIMES, ONCE IN EACH MONOMER. IT IS REPRESENTED AS MDP- ...THE MURAMYL-DIPEPTIDE D-ALA-D-IGLN OCCURS 4 TIMES, ONCE IN EACH MONOMER. IT IS REPRESENTE |
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配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: reservoirs contain the same ingredients as drops, but twice as consentrated. taken from Bourne, Y. et al. (1988). J. Mol. Biol., 202, 685-687. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 57554 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 248619 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→6 Å / Rfactor Rwork: 0.189 / Rfactor obs: 0.189 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 57175 / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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