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- PDB-5nxs: Crystal Structure of Human Pro-myostatin Precursor at 4.2 A Resol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxs
タイトルCrystal Structure of Human Pro-myostatin Precursor at 4.2 A Resolution with Experimental Phases from SeMet labelling
要素Growth/differentiation factor 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / growth factor / TGFbeta family / cystine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ovulation cycle process / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes ...negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ovulation cycle process / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / response to gravity / negative regulation of myoblast differentiation / muscle cell cellular homeostasis / muscle organ development / response to muscle activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to testosterone / response to electrical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of lamellipodium assembly / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to dexamethasone stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / response to estrogen / heparin binding / response to ethanol / cellular response to hypoxia / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Cotton, T.R. / Fischer, G. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Structure of the human myostatin precursor and determinants of growth factor latency.
著者: Cotton, T.R. / Fischer, G. / Wang, X. / McCoy, J.C. / Czepnik, M. / Thompson, T.B. / Hyvonen, M.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 8
B: Growth/differentiation factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9962
ポリマ－76,9962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.830, 196.830, 196.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 8 / GDF-8 / Myostatin


分子量: 38497.926 Da / 分子数: 2 / 断片: Pro-Myostatin Precursor, UNP residues 43-375 / 変異: deltaN25 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSTN, GDF8 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pUBS520 / 参照: UniProt: O14793
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: 10 mg/mL protein, reservoir: 0.1M NaAcetate, 1M (NH4)3PO4: cryo-protection: 26% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.194→98.414 Å / Num. obs: 9470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 160.2 % / Biso Wilson estimate: 225.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 28.6 / Num. measured all: 1517107
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
4.194-4.267128604054720.9230.2382.7323100
11.38-98.414138.2710175140.9960.0080.09980.199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.19→98.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.654 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.666 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.749
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 478 5.05 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.276 9460 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 267.89 Å2 / Biso mean: 91.65 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.69 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.19→98.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 0 0 3556
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d984SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes37HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes566HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3635HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion588SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3790SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3635HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5028HARMONIC60.53
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24
LS精密化 シェル解像度: 4.19→4.68 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 132 5.01 %
Rwork0.22 2505 -
all-2637 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9949-1.6152-2.14924.38790.35655.9725-0.06790.0809-0.8705-0.13020.13660.40550.6597-0.6175-0.06870.5050.02520.08840.3156-0.4097-0.458844.7251-10.251344.6741
20.0036-8.12772.09845.65598.07616.4724-0.14210.44920.5815-0.29350.7025-0.05040.9322-0.9017-0.56040.26270.3290.0399-0.4776-0.4559-0.579249.59515.762947.2297
310.2104-3.7392.900816.39551.770612.2750.00210.28430.18620.759-0.5969-0.6329-0.6720.49450.59480.81120.375-0.1266-0.0679-0.4559-0.46355.5435.90666.2056
40.4653-0.08762.91040-0.29860-0.00190.3951-0.08440.64640.78380.3431.03540.0394-0.78190.0797-0.3450.37110.14610.10450.797517.035611.010556.9852
56.7228-6.5947-2.11611.8099-0.74787.10660.0615-0.43130.03470.6910.05950.04440.26480.6522-0.1209-0.01760.3360.36660.55230.09880.72029.508113.540765.2744
63.85236.34430.98360-8.73120-0.1098-0.386-0.04051.23870.3756-0.48571.12971.2119-0.2658-0.7478-0.45590.4559-0.12870.26590.09861.956525.95458.4368
74.65350.8466-7.77790-8.73120-0.08560.14670.1304-0.8253-0.06070.6173-1.2152-1.03430.1462-0.7679-0.44460.3187-0.17720.22280.0867-15.296936.33553.6327
815.34716.0086-8.50340.2159-8.02870-0.0786-0.7348-0.14440.2373-0.3110.1190.232-0.04910.3896-0.6394-0.34760.4559-0.08390.3943-0.012-9.53331.375766.0485
92.9036-4.3758-7.1092.342-1.483113.8699-0.2122-0.01270.55840.59740.29740.4098-0.08530.4424-0.0852-0.1209-0.45590.4559-0.34340.04770.1593-8.43136.248459.3357
100.00718.38686.75390-8.73120-0.0694-1.18650.0211.32561.3348-1.11691.34211.3747-1.2654-0.909-0.45590.4559-0.40020.4559-0.06230.848427.415561.9293
115.09441.62723.52360-2.29686.35680.02880.0022-0.27020.4525-0.0654-0.09540.49470.17520.03670.0410.31460.20940.57050.12740.43185.381315.492672.3632
120.5618-8.7312-8.73120.0044-8.731200.1038-0.3808-0.46040.80780.8737-0.93531.23030.934-0.9774-0.3407-0.30020.45590.46780.36760.4617-8.015321.821866.195
136.71026.9872-8.73123.71770.969800.37750.2329-0.2759-0.7613-0.06220.67240.8829-0.2673-0.3153-0.8292-0.45590.45590.17160.33670.6505-15.183825.485456.081
148.93412.9981-3.684612.0752-0.65055.0874-0.08790.0594-0.65270.62140.0572-0.27220.50630.67060.0306-0.7168-0.45590.43330.04690.0590.57053.282620.02755.9767
1514.01662.7427-3.17714.2717-4.01710.14630.0281-0.14680.1761-0.30580.10410.2640.0053-0.0249-0.13210.7268-0.3676-0.34560.59690.15140.673129.1202-15.770748.1574
163.70083.74881.78558.6526-5.75895.04030.0141-0.9785-0.7070.86880.5069-0.11140.5714-0.1705-0.5210.87790.36690.03350.3083-0.45590.151548.4061-3.918456.5813
176.8455-2.92650.84877.18555.04583.32330.10940.7437-0.7777-0.2946-0.44160.66950.3697-0.81110.33210.63530.1316-0.11490.3199-0.27270.622334.9063-7.937747.4187
180.89437.16686.37237.364-3.82171.89730.0483-0.78560.375-0.09150.25140.44110.1245-0.0281-0.29980.3758-0.24430.00360.1691-0.42770.561429.1808-2.646543.0164
190.3672-1.5321-8.50633.11398.73125.47090.0441-0.4578-0.7566-0.4931.07690.9746-0.0185-0.4565-1.1210.6690.34770.3291-0.6828-0.4559-0.735348.34249.324658.1619
2010.8019-3.9353-1.17628.68344.66173.4719-0.03610.1618-0.5062-0.6760.78750.74720.7555-0.8514-0.75140.402-0.28840.03020.0821-0.45390.600732.9463-0.021547.9466
213.01942.21514.07899.54740.00029.3988-0.0170.439-0.247-0.4879-0.0469-0.28250.42280.12370.06390.54610.2513-0.40450.36450.1410.737518.4917-3.258426.7565
224.9339-6.0988-6.43726.00765.216300.0585-0.1885-0.17690.0520.0233-0.24390.39230.39-0.0818-0.026-0.2714-0.3042-0.49230.03180.860615.23131.084941.4828
2317.24086.1817.487417.6221-5.677300.03850.4792-0.74440.14390.5878-0.59930.6878-0.4527-0.6263-0.1404-0.45590.2429-0.1002-0.11490.86821.51667.96346.8927
242.07126.0769-5.923212.1082-5.4964.16620.11240.64790.32040.1737-0.4249-0.188-0.66250.34050.3125-0.4526-0.45590.3128-0.4256-0.29690.565.809224.678146.6393
250.1071-8.73128.73120.22758.73120-0.00781.04850.213-0.07280.79320.34980.5779-0.7609-0.78540.3466-0.00640.3745-0.4357-0.4255-0.33138.698615.623452.4874
2611.67252.473-8.731208.73120-0.1035-0.25570.67930.2989-1.0022-0.5105-0.48981.26121.10580.70380.41770.41080.374-0.4559-0.07863.395118.82663.7153
274.5838-0.13761.71123.8736.45899.58870.0838-0.02230.60340.29360.0770.3058-0.43840.4324-0.16090.40120.1946-0.25520.5903-0.4114-0.346353.576325.297557.6045
288.29-2.9142-0.74017.59297.790612.80260.1467-0.8868-1.00070.8806-0.66930.0053-0.08590.10530.52250.28870.40420.0023-0.5538-0.4559-0.426752.918320.209971.5803
290-1.985-1.641712.6342.99441.0580.3752-0.4074-0.04110.4619-0.1873-0.86540.15740.2435-0.18790.3890.1773-0.3492-0.0764-0.4559-0.473463.68425.783979.6062
3007.36443.556710.2662.989413.32980.0457-1.0296-1.11180.75090.63610.42491.17910.5506-0.68180.51860.31450.32870.0045-0.269-0.192257.977222.620181.6834
310-6.5548-1.93569.93626.98677.5227-0.2314-0.37150.98340.27480.02550.61050.23420.24960.2060.10830.368-0.0212-0.1753-0.4559-0.102652.920227.698368.5643
322.79141.49588.725810.43175.8067.6992-0.09420.87670.12270.24370.5625-0.80570.29040.4145-0.46830.43470.2807-0.13850.2289-0.4538-0.011562.201328.103269.0887
3311.8302-5.25732.896612.0582-3.681910.27060.0651-0.3951-0.7637-0.01550.093-0.37790.0781-0.0138-0.1580.51010.3808-0.22990.5752-0.33250.316666.679813.687376.4356
340.7622-2.3278-3.691216.39057.15118.65550.1105-0.2649-0.54860.7019-0.34550.01910.3116-0.13950.2350.62530.45590.4151-0.568-0.4559-0.523452.255618.246766.388
3512.5485.0001-2.6676.2601-2.69282.8111-0.1490.1699-0.0776-0.50730.28010.00140.101-0.1038-0.1310.2836-0.1633-0.24520.6457-0.31250.452238.790319.922144.8359
3604.1966-2.910414.81762.91047.21480.35921.1114-0.1689-1.1655-0.50770.97051.00730.70630.14840.0032-0.3007-0.205-0.0127-0.21610.571116.06097.3731.3771
3711.58024.223-2.910408.289400.37681.1588-0.0495-0.9996-0.585-0.48041.42681.17620.2082-0.7243-0.3604-0.4559-0.2998-0.45590.411924.68095.614232.7912
380-1.1169-1.90271.0315.939600.01590.08590.33060.3431-0.1937-0.0823-0.75960.87720.1778-0.26890.37730.3207-0.7955-0.4559-0.74354.14071.19736.5283
391.20330.4489-5.368408.731200.00120.0069-0.3913-0.68540.49520.59831.2623-1.143-0.4963-0.19760.07540.356-0.6887-0.45590.200442.9435-7.93833.6351
406.837-1.2413-1.12716.5795-2.13814.62590.1604-0.4005-0.92060.39840.78611.13151.30761.3939-0.9465-0.6209-0.43860.0635-0.304-0.45590.674918.93859.708743.5533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{B|44 - 56}B44 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2{B|57 - 69}B57 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3{B|70 - 93}B70 - 93
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5X-RAY DIFFRACTION5{B|122 - 151}B122 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6{B|152 - 159}B152 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7{B|160 - 167}B160 - 167
8X-RAY DIFFRACTION8{B|168 - 175}B168 - 175
9X-RAY DIFFRACTION9{B|187 - 201}B187 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10{B|202 - 211}B202 - 211
11X-RAY DIFFRACTION11{B|212 - 219}B212 - 219
12X-RAY DIFFRACTION12{B|220 - 231}B220 - 231
13X-RAY DIFFRACTION13{B|232 - 246}B232 - 246
14X-RAY DIFFRACTION14{B|247 - 259}B247 - 259
15X-RAY DIFFRACTION15{B|271 - 282}B271 - 282
16X-RAY DIFFRACTION16{B|283 - 303}B283 - 303
17X-RAY DIFFRACTION17{B|304 - 313}B304 - 313
18X-RAY DIFFRACTION18{B|314 - 345}B314 - 345
19X-RAY DIFFRACTION19{B|346 - 363}B346 - 363
20X-RAY DIFFRACTION20{B|364 - 375}B364 - 375
21X-RAY DIFFRACTION21{A|44 - 52}A44 - 52
22X-RAY DIFFRACTION22{A|53 - 62}A53 - 62
23X-RAY DIFFRACTION23{A|63 - 82}A63 - 82
24X-RAY DIFFRACTION24{A|83 - 93}A83 - 93
25X-RAY DIFFRACTION25{A|94 - 118}A94 - 118
26X-RAY DIFFRACTION26{A|119 - 138}A119 - 138
27X-RAY DIFFRACTION27{A|139 - 149}A139 - 149
28X-RAY DIFFRACTION28{A|150 - 160}A150 - 160
29X-RAY DIFFRACTION29{A|161 - 184}A161 - 184
30X-RAY DIFFRACTION30{A|185 - 203}A185 - 203
31X-RAY DIFFRACTION31{A|204 - 215}A204 - 215
32X-RAY DIFFRACTION32{A|216 - 232}A216 - 232
33X-RAY DIFFRACTION33{A|235 - 248}A235 - 248
34X-RAY DIFFRACTION34{A|249 - 258}A249 - 258
35X-RAY DIFFRACTION35{A|259 - 266}A259 - 266
36X-RAY DIFFRACTION36{A|271 - 299}A271 - 299
37X-RAY DIFFRACTION37{A|300 - 316}A300 - 316
38X-RAY DIFFRACTION38{A|317 - 324}A317 - 324
39X-RAY DIFFRACTION39{A|325 - 338}A325 - 338
40X-RAY DIFFRACTION40{A|339 - 375}A339 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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