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万見
- PDB-1g5b: BACTERIOPHAGE LAMBDA SER/THR PROTEIN PHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5b
タイトルBACTERIOPHAGE LAMBDA SER/THR PROTEIN PHOSPHATASE
要素SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
キーワードViral protein / hydrolase / Bacteriophage Lambda / Ser/Thr Protein Phosphatase / PPase / Protein Phosphatase / Manganese / Sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) activity / RNA decapping / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Serine/threonine-protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Voegtli, W.C. / White, D.J. / Reiter, N.J. / Rusnak, F. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure of the bacteriophage lambda Ser/Thr protein phosphatase with sulfate ion bound in two coordination modes.
著者: Voegtli, W.C. / White, D.J. / Reiter, N.J. / Rusnak, F. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2000年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
C: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,69015
ポリマ－75,5753
非ポリマー1,11512
水5,495305
1
A: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5985
ポリマ－25,1921
非ポリマー4074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6946
ポリマ－25,1921
非ポリマー5035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3984
ポリマ－25,1921
非ポリマー2063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子

B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,18420
ポリマ－100,7674
非ポリマー1,41716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area7880 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA
5
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,09210
ポリマ－50,3832
非ポリマー7098
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
Buried area2790 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.400, 177.300, 79.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE


分子量: 25191.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03772, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, 20% PEG 4000, 350 mM Ammonium Sulfate, 10 mM Manganese(II) Chloride, 50 mM Ammonium Acetate, 20 mM Dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
119-30 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoirpH6.0
3350 mMammonium sulfate1reservoir
420 %PEG40001reservoir
5100 mMammonium acetate1reservoir
610 mM1reservoirMnCl2
720 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.99188, 1.0098, 1.0247
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991881
21.00981
31.02471
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 61694 / Num. obs: 61405 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 435477
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 250651.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2842 4.9 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.2 61605 --
obs0.2 57583 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.65 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5315 0 28 305 5648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.052.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 455 5 %
Rwork0.249 8555 -
obs--88.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.268 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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