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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hlk | ||||||
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タイトル | METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACTEROIDES FRAGILIS IN COMPLEX WITH A TRICYCLIC INHIBITOR | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE, TYPE II | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta structure / beta-sandwich | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Payne, D.J. / Hueso-Rodriguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Chever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. ...Payne, D.J. / Hueso-Rodriguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Chever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Diez, E. / Perez, P. / de la Fuente, J. / Rees, M. / Rivera-Sagredo, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a series of tricyclic natural products as potent broad spectrum inhibitors of metallo-beta-lactamases 著者: Payne, D.J. / Hueso-Rodriguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Chever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Diez, E. ...著者: Payne, D.J. / Hueso-Rodriguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Chever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Diez, E. / Perez, P. / de la Fuente, J. / Rees, M. / Rivera-Sagredo, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 514.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24803.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20mM HEPES, pH 7.5, 32% PEG 1000, 01M MES, 10 uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 10643 / Num. obs: 10643 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1400 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 73.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10526 / % possible obs: 73.7 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 58 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1znb 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.165 / Rfactor obs: 0.141 / Rfactor Rfree: 0.232 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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