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- PDB-1kr3: Crystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kr3
タイトルCrystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides fragilis (CfiA) in Complex with the Tricyclic Inhibitor SB-236050.
要素beta-Lactamase, type IIΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta sandwich / protein-inhibitor complex / metallo / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-113 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Payne, D.J. / Hueso-Rodrguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Cheever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. ...Payne, D.J. / Hueso-Rodrguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Cheever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Dez, E. / Prez, P. / de la Fuente, J. / Rees, M. / Rivera-Sagredo, A.
引用ジャーナル: ANTIMICROB.AGENTS CHEMOTHER. / 年: 2002
タイトル: Identification of a series of tricyclic natural products as potent broad-spectrum inhibitors of metallo-beta-lactamases
著者: Payne, D.J. / Hueso-Rodrguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Cheever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Dez, E. / ...著者: Payne, D.J. / Hueso-Rodrguez, J.A. / Boyd, H. / Concha, N.O. / Janson, C.A. / Gilpin, M. / Bateson, J.H. / Cheever, C. / Niconovich, N.L. / Pearson, S. / Rittenhouse, S. / Tew, D. / Dez, E. / Prez, P. / de la Fuente, J. / Rees, M. / Rivera-Sagredo, A.
履歴
登録2002年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-Lactamase, type II
B: beta-Lactamase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66910
ポリマ－50,7172
非ポリマー9528
水72140
1
A: beta-Lactamase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8355
ポリマ－25,3591
非ポリマー4764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-Lactamase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8355
ポリマ－25,3591
非ポリマー4764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.800, 44.200, 58.500
Angle α, β, γ (deg.)92.80, 95.30, 98.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細chain A and B do not form a functional dimer

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要素

#1: タンパク質 beta-Lactamase, type II / Β-ラクタマーゼ


分子量: 25358.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: CfiA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P25910, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-113 / 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID


分子量: 322.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 32% PEG1000, 0.1M MES, 10microM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
114 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
332 %PEG10001reservoir
40.1 MMES1reservoir
510000 mM1reservoirpH6.0ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: Ni-filtered
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29 Å / Num. all: 15937 / Num. obs: 15937 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1400 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 56
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 10526 / % possible obs: 73.7 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 58 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNX2000.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native CfiA (1ZNB)

1znb


解像度: 2.5→29.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 813475.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1082 10.3 %RANDOM
Rwork0.152 ---
all0.152 10526 --
obs0.152 10526 73.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0.67 Å20.66 Å2
2---2.77 Å21.89 Å2
3---2.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 52 40 3576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.652.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED MAIN CHAIN ATOMS
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 131 9.4 %
Rwork0.22 1262 -
obs--58.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2SB3.PARSB3.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.141
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.17
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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