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万見
- PDB-1hak: CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN PLACENTAL ANNEXIN V COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hak
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN PLACENTAL ANNEXIN V COMPLEXED WITH K-201 AS A CALCIUM CHANNEL ACTIVITY INHIBITOR
要素ANNEXIN V
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID-BINDING / ANNEXIN V / LIPOCORTIN V / ENDONEXIN II / PLACENTA ANTICOAGULANT PROTEIN-I / 35KDA CALELECTRIN / INHIBITOR OF BLOOD COAGULATION / CALCIUM-PHOSPHOLIPID-BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation ...phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K21 / Annexin A5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ago, H. / Inagaki, E. / Miyano, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of annexin V with its ligand K-201 as a calcium channel activity inhibitor.
著者: Kaneko, N. / Ago, H. / Matsuda, R. / Inagaki, E. / Miyano, M.
#1: ジャーナル: Drug Dev.Res. / 年: 1994
タイトル: New 1,4-Bezothiazepin Derivative, K201, Demonstrates Cardioprotective Effects Against Sudden Cardiac Cell Death and Intracellular Calcium Blocking Action
著者: Kaneko, N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal and Molecular Structure of Human Annexin V After Refinement. Implications for Structure, Membrane Binding and Ion Channel Formation of the Annexin Family of Proteins
著者: Huber, R. / Berendes, R. / Burger, A. / Schneider, M. / Karshikov, A. / Luecke, H. / Romisch, J. / Paques, E.
#3: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1987
タイトル: Structure and Expression of Cdna for an Inhibitor of Blood Coagulation Isolated from Human Placenta: A New Lipocortin-Like Protein
著者: Iwasaki, A. / Suda, M. / Nakao, H. / Nagoya, T. / Saino, Y. / Arai, K. / Mizoguchi, T. / Sato, F. / Yoshizaki, H. / Hirata, M. / Miyata, T. / Shidara, Y. / Murata, M. / Maki, M.
履歴
登録1997年12月10日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ANNEXIN V
A: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8114
ポリマ－71,9612
非ポリマー8492
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.300, 99.300, 130.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 ANNEXIN V / LIPOCORTIN V / ENDONEXIN II / PLACENTA ANTICOAGULANT PROTEIN-I / 35KDA CALELECTRIN / INHIBITOR OF ...LIPOCORTIN V / ENDONEXIN II / PLACENTA ANTICOAGULANT PROTEIN-I / 35KDA CALELECTRIN / INHIBITOR OF BLOOD COAGULATION


分子量: 35980.707 Da / 分子数: 2 / 断片: ANNEXIN FOLD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CDNA / 器官: PLACENTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P08758
#2: 化合物 ChemComp-K21 / 4-[3-{1-(4-BENZYL)PIPERODINYL}PROPIONYL]-7-METHOXY-2,3,4,5-TERTRAHYDRO-1,4-BENZOTHIAZEPINE / K201 / JTV-519


分子量: 424.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N2O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
21 mMcalcium chloride11
1ammonium sulfate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月14日 / 詳細: ASYMMETRIC DOUBLE MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 104199 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AK0

1ak0


解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.0125 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE PSF FILE FOR X-PLOR REFINEMENT WAS CREATED USING QUANTA/CHARMM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 701 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 14609 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5026 0 60 109 5195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.428
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 78 5 %
Rwork0.273 1626 -
obs--93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROAMINO.RTF
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.428
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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