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万見
- PDB-5mbd: Structure of a bacterial light-regulated adenylyl cylcase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mbd
タイトルStructure of a bacterial light-regulated adenylyl cylcase
要素Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase
キーワードLYASE / BLUF / adenylyl cyclase / photoreceptor / optogenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / intracellular signal transduction / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Beggiatoa sp. PS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR1279 ドイツ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Photoactivation Mechanism of a Bacterial Light-Regulated Adenylyl Cyclase.
著者: Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase
B: Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2366
ポリマ－80,2532
非ポリマー9844
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.700, 56.710, 77.730
Angle α, β, γ (deg.)104.650, 103.860, 102.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase


分子量: 40126.441 Da / 分子数: 2 / 断片: Beggiatoa photoactivatable adenylyl cyclase bPAC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Beggiatoa sp. PS (バクテリア) / 遺伝子: BGP_1043 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7BT71
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na-MES pH 6.5, 0.6 M NaCl, 20 % w/v PEG 3350; 0.3 mM alpha,beta-methylene-ATP in drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.3 Å / Num. obs: 33433 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 38.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.43
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.25-2.350.5073.28195.1
2.35-2.40.3964.04195.9
2.4-2.50.3594.88196.5
2.5-2.60.2885.59196.6
2.6-2.70.227.19196.4
2.7-30.1528.99197
3-40.06416.05196.7
4-50.0422.24195.4
5-60.04123.14196.3
6-100.03523.14195.5
100.02926.4197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M27

5m27


解像度: 2.25→44.289 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 980 2.93 %
Rwork0.1895 32453 -
obs0.1903 33433 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.78 Å2 / Biso mean: 51.7839 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→44.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5417 0 64 126 5607
Biso mean--77.36 46.56 -
残基数----678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6897587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5253385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.36860.29661340.26014581471595
2.3686-2.5170.27031410.24164658479996
2.517-2.71130.29051400.2264621476197
2.7113-2.98410.25841400.21264699483997
2.9841-3.41580.23011430.19174654479797
3.4158-4.3030.20641390.16724591473096
4.303-44.29790.16791430.16684649479297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5099-0.16180.44260.69030.08621.33850.13610.0973-0.1873-0.0943-0.0369-0.01590.2946-0.0576-00.36-0.0319-0.01370.2951-0.0330.1456-21.3571-19.2642-37.352
21.50140.5358-0.18570.8169-0.17810.04680.0991-0.2016-0.1350.0189-0.073-0.0607-0.0062-0.0096-00.15530.0053-0.01480.1591-0.01940.1794-15.574-17.99941.4219
30.353-0.1158-0.58710.46920.46761.37490.02720.01260.1258-0.21350.00530.0244-0.40970.315600.4611-0.0728-0.00760.47280.0770.1979-11.04774.4427-38.3686
41.36660.3970.08391.20550.3079-0.02070.0102-0.14230.19020.02030.00910.06070.0185-0.0005-00.14130.01620.01330.16020.02160.1751-17.74857.57061.7703
50.0045-0.0051-0.01660.014-0.0220.0436-0.3282-0.09570.15190.030.03390.26020.1369-0.1196-00.3076-0.0332-0.01360.3174-0.02240.2433-27.9258-9.9689-19.3115
60.03020.00320.01660.0172-0.01370.0274-0.14470.2187-0.055-0.03980.11260.03290.10440.0298-00.3225-0.01820.02380.32580.00360.2173-5.2602-2.2895-19.1377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 126 )A2 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 347 )A147 - 347
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 126 )B2 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 147 through 347 )B147 - 347
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 127 through 146 )A127 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 127 through 146 )B127 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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