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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mbh | ||||||
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Title | Structure of a bacterial light-regulated adenylyl cyclase | ||||||
![]() | Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase | ||||||
![]() | LYASE / BLUF adenylyl cyclase | ||||||
Function / homology | ![]() cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / intracellular signal transduction / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | coupling variant, dark state | ||||||
![]() | Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Photoactivation Mechanism of a Bacterial Light-Regulated Adenylyl Cyclase. Authors: Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 152.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 120.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 744.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 752.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5m27SC ![]() 5m2aC ![]() 5mbbC ![]() 5mbcC ![]() 5mbdC ![]() 5mbeC ![]() 5mbgC ![]() 5mbjC ![]() 5mbkC ![]() 5nbyC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 40067.418 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Beggiatoa photoactivatable adenylyl cyclase bPAC / Mutation: Y126F/N257A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 21, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE-CRYSTAL Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→44.5 Å / Num. obs: 14534 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 12.78 / Num. measured all: 68085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5M27 Resolution: 2.4→44.468 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.27 Å2 / Biso mean: 69.087 Å2 / Biso min: 36.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→44.468 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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