PDB-5m2a: Structure of a bacterial light-regulated adenylyl cylcase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m2a

タイトル

Structure of a bacterial light-regulated adenylyl cylcase

要素

Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase

キーワード

LYASE / BLUF / adenylyl cyclase / photoreceptor / optogenetics

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / intracellular signal transduction / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Beggiatoa sp. PS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Photoactivation Mechanism of a Bacterial Light-Regulated Adenylyl Cyclase.
著者: Lindner, R. / Hartmann, E. / Tarnawski, M. / Winkler, A. / Frey, D. / Reinstein, J. / Meinhart, A. / Schlichting, I.

履歴

登録	2016年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m2a.cif.gz	306.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m2a.ent.gz	247.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m27SC 5mbbC 5mbcC 5mbdC 5mbeC 5mbgC 5mbhC 5mbjC 5mbkC 5nbyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mbe-d 5mbd-d 5mbh-1 5nby-1 5x4t-1 4yus-1 5mbb-d 5x4v-1 4yut-d 5x4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase

B: Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.700, 56.200, 78.000
Angle α, β, γ (deg.)	104.100, 103.900, 102.200
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Beta subunit of photoactivated adenylyl cyclase 分子量: 40126.441 Da / 分子数: 2 / 断片: Beggiatoa photoactivatable adenylyl cyclase bPAC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Beggiatoa sp. PS (バクテリア) / 遺伝子: BGP_1043 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BT71
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na-MES pH 6.5, 0.6 M NaCl, 20 % w/v PEG 3350; 0.3 mM alpha,beta-methylene-ATP in drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月8日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→44.36 Å / Num. obs: 64706 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.42 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 9.44 / Num. measured all: 215566

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.9	0.4	1.84	15801	10147	9175	0.697	0.566	90.4
1.9-2	0.36	3.68	25356	8272	7830	0.866	0.431	94.7
2-2.1	0.259	5.21	20085	6680	6354	0.905	0.312	95.1
2.1-2.2	0.194	6.65	17927	5561	5340	0.952	0.23	96
2.2-2.3	0.175	8.06	16952	4649	4497	0.965	0.202	96.7
2.3-2.7	0.122	10.47	47162	12420	12033	0.983	0.14	96.9
2.7-3	0.086	13.46	19420	5464	5288	0.987	0.1	96.8
3-4	0.068	17.62	31130	8476	8222	0.991	0.079	97
4-5	0.061	19.54	10258	2987	2879	0.99	0.071	96.4
5-6	0.062	19.88	4922	1352	1309	0.991	0.072	96.8
6-10	0.057	19.61	4973	1432	1395	0.995	0.066	97.4
10-44.36	0.043	22.37	1580	394	384	0.997	0.049	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M27

5m27

解像度: 1.8→44.36 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	2182	3.37 %
R_work	0.169	62507	-
obs	0.1704	64689	95.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.69 Å² / B_iso mean: 37.0254 Å² / B_iso min: 10.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→44.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5505	0	69	531	6105
B_iso mean	-	-	45.91	45.57	-
残基数	-	-	-	-	689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.717	7983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	952
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.777	3604

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8391	0.369	191	0.3249	3629	3820	90
1.8391-1.8819	0.3157	191	0.298	3628	3819	90
1.8819-1.929	0.2791	198	0.2381	3767	3965	93
1.929-1.9811	0.2417	183	0.2103	3836	4019	95
1.9811-2.0394	0.2682	102	0.1952	3877	3979	95
2.0394-2.1053	0.2461	116	0.1922	3925	4041	95
2.1053-2.1805	0.2312	121	0.1732	3977	4098	96
2.1805-2.2678	0.204	120	0.1684	3962	4082	97
2.2678-2.371	0.2001	116	0.1699	3989	4105	97
2.371-2.496	0.197	125	0.1714	3979	4104	97
2.496-2.6524	0.2507	118	0.1744	4000	4118	97
2.6524-2.8571	0.2276	119	0.1712	3967	4086	97
2.8571-3.1446	0.2081	121	0.1645	3997	4118	97
3.1446-3.5994	0.2077	119	0.1509	3986	4105	97
3.5994-4.5342	0.1868	119	0.1403	3965	4084	96
4.5342-44.3739	0.1729	123	0.1585	4023	4146	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3955	0.3339	1.0912	2.3407	1.2257	4.8993	0.176	0.1769	-0.29	-0.0534	-0.1227	0.0788	0.7194	-0.3853	-0.0196	0.3862	-0.0373	-0.0386	0.2667	-0.0246	0.236	-22.6781	-18.2277	-34.9543
2	2.286	0.127	-0.5488	1.9411	-0.2238	1.0578	0.0358	-0.3012	-0.0541	0.1153	-0.0099	-0.0113	-0.0855	0.0395	-0.0321	0.1436	0.0021	-0.0071	0.1482	-0.0154	0.1282	-15.4998	-17.3686	1.7284
3	2.3374	0.8216	-1.1412	2.9062	-0.4549	5.1777	0.1193	0.2219	0.2477	-0.3015	0.0104	-0.0023	-0.6237	0.3515	-0.1026	0.3537	-0.01	0.0054	0.2659	0.0239	0.1739	-11.1298	4.1306	-38.5401
4	1.852	-0.4525	0.2888	1.8626	0.5051	0.9317	-0.0647	-0.1555	0.0956	0.069	0.0652	0.08	0.0378	-0.033	-0.0035	0.1429	-0.0087	0.0163	0.1344	0.0404	0.1545	-16.4356	6.5129	0.0139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 146 )	A	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 349 )	A	147 - 349
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 126 )	B	1 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 127 through 347 )	B	127 - 347

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新型コロナ情報

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