+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5do2 | ||||||
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Title | Complex structure of MERS-RBD bound with 4C2 antibody | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / receptor-binding domain of MERS-CoV spike / 4C2 antibody / neuralization / receptor-binding blocking. / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...: / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Middle East respiratory syndrome coronavirus Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.409 Å | ||||||
Authors | Li, Y. / Wan, Y. / Liu, P. / Zhao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, Q. / Lu, X. / Wu, Y. / Liu, W. ...Li, Y. / Wan, Y. / Liu, P. / Zhao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, Q. / Lu, X. / Wu, Y. / Liu, W. / Yuen, K.Y. / Perlman, S. / Gao, G.F. / Yan, J. | ||||||
Citation | Journal: Cell Res. / Year: 2015 Title: A humanized neutralizing antibody against MERS-CoV targeting the receptor-binding domain of the spike protein. Authors: Li, Y. / Wan, Y. / Liu, P. / Zhao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, Q. / Lu, X. / Wu, Y. / Liu, W. / Zhang, B. / Yuen, K.Y. / Perlman, S. / Gao, G.F. / Yan, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5do2.cif.gz | 508.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5do2.ent.gz | 422.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5do2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kr0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27598.953 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 367-606 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Middle East respiratory syndrome coronavirus Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: W5ZZM0, UniProt: K0BRG7*PLUS #2: Antibody | Mass: 23477.232 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #3: Antibody | Mass: 23707.049 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #4: Sugar | ChemComp-NAG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2014 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. all: 55462 / Num. obs: 55049 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 19.915 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.092 / % possible all: 93.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KR0 Resolution: 2.409→46.531 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.409→46.531 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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