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万見
- PDB-1h2m: Factor Inhibiting HIF-1 alpha in complex with HIF-1 alpha fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2m
タイトルFactor Inhibiting HIF-1 alpha in complex with HIF-1 alpha fragment peptide
要素
  • FACTOR INHIBITING HIF1
  • HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-INHIBITOR COMPLEX / FIH / HIF / DSBH / OXYGENASE / TRANSCRIPTION / HYPOXIA / 2- OXOGLUTARATE / ASPARAGINYL HYDROXYLASE / HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / glandular epithelial cell maturation / peptidyl-histidine dioxygenase activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / positive regulation of hormone biosynthetic process / negative regulation of growth / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / PTK6 Expression / negative regulation of bone mineralization / intracellular oxygen homeostasis / B-1 B cell homeostasis / regulation of protein neddylation / positive regulation of vasculogenesis / collagen metabolic process / vascular endothelial growth factor production / carboxylic acid binding / dopaminergic neuron differentiation / ankyrin repeat binding / transcription regulator activator activity / negative regulation of thymocyte apoptotic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / lactate metabolic process / Notch binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of TOR signaling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / neural crest cell migration / embryonic hemopoiesis / oxygen sensor activity / regulation of glycolytic process / DNA-binding transcription repressor activity / motile cilium / PTK6 promotes HIF1A stabilization / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of neuroblast proliferation / muscle cell cellular homeostasis / digestive tract morphogenesis / response to muscle activity / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / heart looping / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / outflow tract morphogenesis / TOR signaling / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / epithelial to mesenchymal transition / neuroblast proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / cellular response to interleukin-1 / chondrocyte differentiation / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of chemokine production / : / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / axon cytoplasm / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / response to reactive oxygen species / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / euchromatin / ferrous iron binding / cerebral cortex development / visual learning / cellular response to virus / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Schlemminger, I. / Seibel, J.F. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Factor-Inhibiting Hypoxia-Inducible Factor (Hif) Reveals Mechanism of Oxidative Modification of Hif-1Alpha
著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C. / Ratcliffe, P. / Schofield, C.J.
履歴
登録2002年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACTOR INHIBITING HIF1
S: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3956
ポリマ－45,9912
非ポリマー4054
水1,78399
1
A: FACTOR INHIBITING HIF1
S: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA
ヘテロ分子

A: FACTOR INHIBITING HIF1
S: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,79012
ポリマ－91,9814
非ポリマー8098
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.249, 86.249, 148.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE PROTEIN IS A DIMERIC FORMED BY CHAIN A.A HETERODIMERIC ASSOCIATION OF CHAIN A WITH CHAIN SPRODUCES A TETRAMER.THE BURIED SURFACE AREA SHOWN BELOW IS AN AVERAGECALCULATED FOR THE HETEROTETRAMER AND DOES NOTCORRESPOND TO THE BURIED SURFACE AREA FOR THEHOMODIMER OF CHAIN A

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AS

#1: タンパク質 FACTOR INHIBITING HIF1 / FIH1


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q969Q7, UniProt: Q9NWT6*PLUS
#2: タンパク質 HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA / HIF-1 ALPHA / ARNT INTERACTING PROTEIN / MEMBER OF PAS PROTEIN 1 / MOP1 / HIF1 ALPHA / HIF1A.


分子量: 5662.284 Da / 分子数: 1
Fragment: C-TERMINAL TRANSACTIVATION DOMAIN FRAGMENT, RESIDUES 775-826
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-GP-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16665

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非ポリマー , 4種, 103分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, 11MG/ML PROTEIN WITH 1MM ZN(II), 2.5MM NOG AND 2.5MM PEPTIDE, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.2 Mammonium sulfate1reservoir
24 %PEG4001reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5
411 mg/mlFIH1drop
51 mMFe2+1drop
62 mM2OG/NOG1drop
71 mMCAD fragment1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→87.71 Å / Num. obs: 20058 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.825 / SU ML: 0.224 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1516 7.6 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 18404 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 21 99 2979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9484022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0243350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01515512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.3731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.32492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1260.56
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0530.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7611.51767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42122846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2231190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6784.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 106
Rwork0.227 1267
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.599 Å / Origin y: 26.92 Å / Origin z: 28.634 Å
111213212223313233
T0.1903 Å2-0.0025 Å2-0.0536 Å2-0.0302 Å20.0309 Å2--0.0452 Å2
L0.7638 °20.7977 °20.42 °2-2.2674 °21.0769 °2--1.0629 °2
S0.0306 Å °-0.1225 Å °-0.049 Å °0.1656 Å °0.0303 Å °0.0478 Å °0.2046 Å °0.0231 Å °-0.0609 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 349
2X-RAY DIFFRACTION1S795 - 822
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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