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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h08 | ||||||
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タイトル | CDK2 in complex with a disubstituted 2, 4-bis anilino pyrimidine CDK4 inhibitor | ||||||
要素 | CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / MITOSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Breault, G.A. / Ellston, R.P.A. / Green, S. / James, S.R. / Jewsbury, P.J. / Midgley, C.J. / Minshull, C.A. / Pauptit, R.A. / Tucker, J.A. / Pease, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003 タイトル: Cyclin-Dependent Kinase 4 Inhibitors as a Treatment for Cancer. Part 1: Identification and Optimisation of Substituted 4,6-Bis Anilino Pyrimidines 著者: Beattie, J.F. / Breault, G.A. / Ellston, R.P.A. / Green, S. / Jewsbury, P.J. / Midgley, C.J. / Naven, R.T. / Minshull, C.A. / Pauptit, R.A. / Tucker, J.A. / Pease, J.E. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Human Cyclin-Dependent Kinase 2 with and without ATP: Bound Waters and Natural Ligand as a Guide for Inhibitor Design 著者: Schulze-Gahmen, U. / De Bondt, H. / Kim, S.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h08.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h08.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h08_validation.pdf.gz | 1009.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h08_full_validation.pdf.gz | 1018.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h08_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h08_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h08 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BYP / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-BWP / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN AT 10MG/ML WELL BUFFER CONTAINING 17.5% PEG3350, 200MM HEPES, PH7.0, 100MM AMMONIUM ACETATE, pH 7.00 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Lawrie, A.M., (1997) Nat.Struct.Biol., 4, 796. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月15日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSSING GE (220) |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→36.78 Å / Num. obs: 26414 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1223590.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 36 - 43 AND 154 - 160 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.5559 Å2 / ksol: 0.358635 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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