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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gfz | ||||||
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タイトル | FLAVOPIRIDOL INHIBITS GLYCOGEN PHOSPHORYLASE BY BINDING AT THE INHIBITOR SITE | ||||||
![]() | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / GLYCOGEN METABOLISM / DIABETES / FLAVOPIRIDOL / INHIBITOR SITE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flavopiridol inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor site. 著者: Oikonomakos, N.G. / Schnier, J.B. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. #1: ![]() タイトル: A New Allosteric Site in Glycogen Phosphorylase b as a Target for Drug Interactions 著者: Oikonomakos, N.G. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Gavalas, N.G. / Johnson, L.N. #2: ![]() タイトル: Allosteric Inhibition of Glycogen Phosphorylase a by the Potential Antidiabetic Drug 3-Isopropyl 4-(2-Chlorophenyl)-1,4-Dihydro-1-Ethyl-2-Methyl-Pyridine-3,5,6-Tricarboxylate 著者: Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Goldmann, S. / Bischoff, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#4: 化合物 | ChemComp-CFF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: A single native T-state GPb crystal was soaked in a solution containing 5 mM caffeine, 10 mM Bes, 0.1 mM EDTA buffer, pH 6.7 for 80 min, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月27日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28.75 Å / Num. obs: 43063 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 310740 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→28.75 Å / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0 詳細: the final model contains residues 13-256, 261-316, and 324-837. Residues where B-factor values of main chain atoms exceed 60^2 include 13-22, 209-211, 250-256, 313-316, 324-325, 550-557, and ...詳細: the final model contains residues 13-256, 261-316, and 324-837. Residues where B-factor values of main chain atoms exceed 60^2 include 13-22, 209-211, 250-256, 313-316, 324-325, 550-557, and 831-837. Thes same regions are also poorly ordered in the native enzyme structure.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.75 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.367 / Rfactor Rwork: 0.328 |