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- PDB-1gfz: FLAVOPIRIDOL INHIBITS GLYCOGEN PHOSPHORYLASE BY BINDING AT THE IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gfz
タイトルFLAVOPIRIDOL INHIBITS GLYCOGEN PHOSPHORYLASE BY BINDING AT THE INHIBITOR SITE
要素GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / GLYCOGEN METABOLISM / DIABETES / FLAVOPIRIDOL / INHIBITOR SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CAFFEINE / INOSINIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Flavopiridol inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor site.
著者: Oikonomakos, N.G. / Schnier, J.B. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: A New Allosteric Site in Glycogen Phosphorylase b as a Target for Drug Interactions
著者: Oikonomakos, N.G. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Gavalas, N.G. / Johnson, L.N.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Allosteric Inhibition of Glycogen Phosphorylase a by the Potential Antidiabetic Drug 3-Isopropyl 4-(2-Chlorophenyl)-1,4-Dihydro-1-Ethyl-2-Methyl-Pyridine-3,5,6-Tricarboxylate
著者: Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Goldmann, S. / Bischoff, H.
履歴
登録2000年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0814
ポリマ－97,2911
非ポリマー7903
水3,657203
1
A: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,1618
ポリマ－194,5822
非ポリマー1,5796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7610 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area56880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.296, 128.296, 116.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GLYCOGEN PHOSPHORYLASE


分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: MUSCLE / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#4: 化合物 ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: A single native T-state GPb crystal was soaked in a solution containing 5 mM caffeine, 10 mM Bes, 0.1 mM EDTA buffer, pH 6.7 for 80 min, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlenzyme11
21 mMflavopiridol11
33 mMdithiothreitol11
410 mMBes11
50.1 mMEDTA11
60.02 %sodium azide11
71 mMspermine(GPa)11or 10 mM magnesium acetate
850 mMglucose11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月27日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.75 Å / Num. obs: 43063 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. measured all: 310740 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→28.75 Å / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0
詳細: the final model contains residues 13-256, 261-316, and 324-837. Residues where B-factor values of main chain atoms exceed 60^2 include 13-22, 209-211, 250-256, 313-316, 324-325, 550-557, and ...詳細: the final model contains residues 13-256, 261-316, and 324-837. Residues where B-factor values of main chain atoms exceed 60^2 include 13-22, 209-211, 250-256, 313-316, 324-325, 550-557, and 831-837. Thes same regions are also poorly ordered in the native enzyme structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 -5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 43030 98.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 52 203 6879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.367 / Rfactor Rwork: 0.328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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