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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f4x | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTI-CARBOHYDRATE ANTIBODY DIRECTED AGAINST VIBRIO CHOLERAE O1 IN COMPLEX WITH ANTIGEN | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / anti-carbohydrate antibody | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-MGS 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Alzari, P.M. / Souchon, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of an anti-carbohydrate antibody directed against Vibrio cholerae O1 in complex with antigen: molecular basis for serotype specificity. 著者: Villeneuve, S. / Souchon, H. / Riottot, M.M. / Mazie, J.C. / Lei, P. / Glaudemans, C.P. / Kovac, P. / Fournier, J.M. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f4x.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f4x.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f4x_validation.pdf.gz | 452.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f4x_full_validation.pdf.gz | 464.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f4x_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f4x_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22512.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ASCITES |
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#2: 抗体 | 分子量: 23274.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ASCITES |
#3: 糖 | ChemComp-MGS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE ATOMIC COORDINATES IN THIS ENTRY FOLLOW A CORRELATIVE NUMBERING SCHEME. INSTEAD, KABAT ...THE ATOMIC COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 6000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 19770 / Num. obs: 19770 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / % possible all: 88.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 58457 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: STRUCTURE OF THE UNLIGANDED FAB FRAGMENT 解像度: 2.3→10 Å / SU B: 7.75 / SU ML: 0.183 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.305 / Rfactor Rwork: 0.224 |