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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1egv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIOL DEHYDRATASE-ADENINYLPENTYLCOBALAMIN COMPLEX FROM KLEBSELLA OXYTOCA UNDER THE ILLUMINATED CONDITION. | ||||||
![]() | (PROPANEDIOL DEHYDRATASE) x 3 | ||||||
![]() | LYASE / COENZYME B12 / PROPANEDIOL / POTASSIUM ION / TIM BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Masuda, J. / Shibata, N. / Toraya, T. / Morimoto, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How a protein generates a catalytic radical from coenzyme B(12): X-ray structure of a diol-dehydratase-adeninylpentylcobalamin complex. 著者: Masuda, J. / Shibata, N. / Morimoto, Y. / Toraya, T. / Yasuoka, N. #1: ![]() タイトル: A new mode of B12 binding and the direct participation of a potassium ion in enzyme catalysis: X-ray structure of diol dehydratase 著者: Shibata, N. / Masuda, J. / Toraya, T. / Morimoto, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 316 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The protein exists as a dimer of heterotrimers. |
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要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ALBEGM
#1: タンパク質 | 分子量: 60408.133 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 24141.678 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 19198.695 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 1857分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/COY.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COY.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: vapor diffusion sandwich drop / pH: 8 詳細: PEG 6000, potassium phospate, Tris-HCl, LDAO, ammonium sulfate, propane diol, adeninlpentylcobalamin,, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION sandwich drop, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, sandwich drop / 詳細: Masuda, J., (1999) Acta Crystallogr, D55, 907. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→100 Å / Num. all: 188943 / Num. obs: 151116 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 18.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Num. unique all: 10109 / % possible all: 54.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 2393925 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |