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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8m | |||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS | |||||||||
要素 | (HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT ...) x 4 | |||||||||
キーワード | VIRUS / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / HUMAN RHINOVIRUS 16 / ANTIVIRAL COMPOUND / DRUG / WIN COMPOUND / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rhinovirus 16 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chakravarty, S. / Bator, C.M. / Pevear, D.C. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: THE REFINED STRUCTURE OF A PICORNAVIRUS INHIBITOR CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS, WHEN COMPLEXED WITH HUMAN RHINOVIRUS 16 著者: CHAKRAVARTY, S. / BATOR, C.M. / PEVEAR, D.C. / DIANA, G.D. / ROSSMANN, M.G. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: ANALYSIS OF THREE STRUCTURALLY RELATED ANTIVIRAL COMPOUNDS IN COMPLEX WITH HUMAN RHINOVIRUS 16 著者: Hadfield, A.T. / Minor, I. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The Refined Structure of Human Rhinovirus 16 at 2.15 A Resolution: Implications for the Viral Life Cycle 著者: Hadfield, A.T. / Lee, W.M. / Zhao, R. / Oliveira, M.A. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Rossmann, M.G. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: The Structure of Human Rhinovirus 16 著者: Oliveira, M.A. / Zhao, R. / Lee, W.M. / Kremer, M.J. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Diana, G.D. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / McKinlay, M.A. / Rossmann, M.G. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Structure of a Human Rhinovirus Complexed with its Receptor Molecule 著者: Olson, N.H. / Kolatkar, P.R. / Oliveira, M.A. / Cheng, R.H. / Greve, J.M. / McClelland, A. / Baker, T.S. / Rossmann, M.G. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: A Comparison of the Anti-Rhinoviral Drug Binding Pocket in HRV14 and HRV1A 著者: Kim, K.H. / Willingmann, P. / Gong, Z.X. / Kremer, M.J. / Chapman, M.S. / Minor, I. / Oliveira, M.A. / Rossmann, M.G. / Andries, K. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / McKinlay, M.A. / Pevear, D.C. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of Human Rhinovirus Serotype 1A (HRV1A) 著者: Kim, S.S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / McKinlay, M.A. #7: ジャーナル: Science / 年: 1986 タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating 著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / McKinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J. #8: ジャーナル: Nature / 年: 1985 タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses 著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c8m.cif.gz | 188.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c8m.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c8m_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c8m_full_validation.pdf.gz | 481.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c8m_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c8m_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1aymS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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