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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c5s | |||||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR | |||||||||
要素 | PROTEIN (TRYPSIN) | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / selective / S1 site inhibitor / structure-based drug design / urokinase / trypsin / thrombin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Mackman, R. / Luong, C. / Radika, K. / Martelli, A. / Sprengeler, P.A. / Wang, J. / Chan, H. / Wong, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for selectivity of a small molecule, S1-binding, submicromolar inhibitor of urokinase-type plasminogen activator. 著者: Katz, B.A. / Mackman, R. / Luong, C. / Radika, K. / Martelli, A. / Sprengeler, P.A. / Wang, J. / Chan, H. / Wong, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c5s.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c5s.ent.gz | 83.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c5s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ESX / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: trypsin-benzamidine, P3(1) 2 1 were grown by vapor diffusion, as described for P2(1) 2(1) 2(1) (large cell) (Mangel, et al., Biochemistry 29, 8351-8357, 1990) The crystal was soaked in a ...詳細: trypsin-benzamidine, P3(1) 2 1 were grown by vapor diffusion, as described for P2(1) 2(1) 2(1) (large cell) (Mangel, et al., Biochemistry 29, 8351-8357, 1990) The crystal was soaked in a solution of 85 % saturated MgSO4 . 7 H2O, 100 mM Tris, 1 mM CaCl2, 2.0 % DMSO,saturated with inhibitor, pH 8.20 over a period of several days with several replacements of the soaking solution., VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: batch method / 詳細: Katz, B.A., (1999) J. Mol. Biol., 292, 669. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月18日 / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→35.91 Å / Num. all: 37545 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0502 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 50.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.36 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.36→7.5 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 1.8 詳細: Bulk solvent terms included in Fob file created with standard X-PLOR script. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Gln50, Met104, Ser110, Ser170, Ser236, Ile242 ...詳細: Bulk solvent terms included in Fob file created with standard X-PLOR script. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Gln50, Met104, Ser110, Ser170, Ser236, Ile242 Disordered waters are: HOH285 which is close to HOH306; HOH292 which is close to HOH331; HOH318 which is close to HOH327; HOH329 which is close to HOH360; HOH338 which is close to a symmetry_related equivalent of itself; HOH377 which is close to a symmetry-related equivalent of itself; HOH482 which is close to a symmetry-related equivalent of itself. His40 and HIS91 are MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN HIS57 is monoprotonated on delta nitrogen.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→7.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.36→1.42 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 7.5 Å / σ(F): 1.8 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.448 / Rfactor Rwork: 0.417 |