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万見
- PDB-1axs: MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY WITH HAPTEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1axs
タイトルMATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY WITH HAPTEN
要素(OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY / OXY-COPE / FAB FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-HOP / : / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mundorff, E.C. / Ulrich, H.D. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: The interplay between binding energy and catalysis in the evolution of a catalytic antibody.
著者: Ulrich, H.D. / Mundorff, E. / Santarsiero, B.D. / Driggers, E.M. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録1997年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
H: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
A: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
B: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,94114
ポリマ－94,2794
非ポリマー1,66210
水3,333185
1
L: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
H: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0838
ポリマ－47,1402
非ポリマー9446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
2
A: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
B: OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8586
ポリマ－47,1402
非ポリマー7194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.780, 81.500, 128.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.768442, -0.001566, 0.639918), (-0.014427, -0.999785, 0.014878), (0.639757, -0.020665, -0.768299)-91.5869, 76.2005, 141.3224
2given(0.768696, -0.044396, 0.638071), (-0.03005, -0.998993, -0.033307), (0.638908, 0.006428, -0.769256)-88.578, 82.7215, 139.7903
3given(0.753593, -0.005915, 0.657315), (-0.015668, -0.999837, 0.008965), (0.657155, -0.017055, -0.753563)-92.9298, 77.0969, 138.763
4given(0.757525, -0.058684, 0.650163), (-0.060283, -0.997984, -0.019841), (0.650017, -0.024163, -0.759536)-19.1128, 80.2548, 165.847
5given(0.763982, -0.061151, 0.642334), (-0.048339, -0.998126, -0.037528), (0.643425, -0.002379, -0.765506)-87.9134, 83.8807, 139.8223

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要素

#1: 抗体 OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY


分子量: 23529.176 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: SWISS WEBSTER
解説: THE PROTEIN WAS PRODUCED AS CHIMERIC FAB FRAGMENT. THE CONSTANT DOMAINS ARE HUMAN, THE VARIABLE DOMAINS ARE MURINE. PRODUCTION BY EXPRESSION FROM PHOA PROMOTER
Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株: AZ-28 HYBRIDOMA / 断片: CHAIN L, A, 108 - 211, CHAIN H, B, 114 - 214 / 器官: SPLEEN / プラスミド: PAZ-28 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 25F2 / 参照: GenBank: 243868, UniProt: Q7Z3Y4*PLUS
#2: 抗体 OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY


分子量: 23610.342 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: SWISS WEBSTER
解説: THE PROTEIN WAS PRODUCED AS CHIMERIC FAB FRAGMENT. THE CONSTANT DOMAINS ARE HUMAN, THE VARIABLE DOMAINS ARE MURINE. PRODUCTION BY EXPRESSION FROM PHOA PROMOTER
Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株: AZ-28 HYBRIDOMA / 断片: CHAIN L, A, 108 - 211, CHAIN H, B, 114 - 214 / 器官: SPLEEN / プラスミド: PAZ-28 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 25F2 / 参照: UniProt: P01857
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-HOP / (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL / OXY-COPE-HAPTEN / 4-[[4-(4β-フェニル-2β-ヒドロキシシクロヘキサン-1α-イル)ベンゾイル]アミノ]酪酸


分子量: 381.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 4.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25%PEG 1000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.3 M CDCL2 AND 0.1 M AMMONIUM SULFATE IN THE PRESENCE OF 2MM HAPTEN.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %PEG10001drop
20.1 Msodium acetate1drop
30.3 M1dropCdCl2
40.1 Mammonium sulfate1drop
52 mMhapten 11drop

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 24768 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.142 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6FAB

6fab


解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.0062 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 2434 10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 24768 91.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6638 0 63 186 6887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.12.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2 / Weight position: 300

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINED11.20.06
229.290.14
336.190.06
443.880.04
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 294 10 %
Rwork0.293 2695 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CPH.PARCISP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CISP.PARAMCPH.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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