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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5v | ||||||
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タイトル | ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION | ||||||
要素 | INTEGRASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ENDONUCLEASE / HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lubkowski, J. / Yang, F. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor. 著者: Lubkowski, J. / Yang, F. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. / Zhao, H. / Burke Jr., T.R. / Neamati, N. / Pommier, Y. / Merkel, G. / Skalka, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a5v.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a5v.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR MAINTAINS THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT YET KNOWN. THE MINIMUM MULTIMER IS BELIEVED TO CONTAIN AT LEAST THE DIMER GENERATED BT THE TRANSFORMATION IN REMARK 350, SHOWN IN BOTH HIV-1 AND ASV INTEGRASE CORE DOMAIN STRUCTURES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17398.922 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P03354 FRAGMENT OF POLYPROTEIN POL-RSVP 由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin) (ラウス肉腫ウイルス) 属: Alpharetrovirus / 生物種: Rous sarcoma virus / 株: Schmidt-Ruppin / 解説: SEE JRNL REFERENCE / プラスミド: PRC23IN(52-207) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03354, UniProt: O92956*PLUS, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-Y3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE APPARENT DISCREPANCY BETWEEN THE SEQUENCE PRESENTED HERE AND THE "POL_RSVP" SEQUENCE IS A ...THE APPARENT DISCREPANC |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 14653 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.16 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.354 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 92081 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ASV 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 詳細: ATOMIC OCCUPANCIES OF DISORDERED ATOMS ARE SET TO 0.00 IN THE COORDINATES,
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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