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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11727 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab | |||||||||
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![]() | Antibody binding protein / protease / protein complex. / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Mycoplasma virulence, signal domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / Mycoplasma virulence signal region (Myco_arth_vir_N) / IgG-blocking virulence domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Nottelet P / Bataille L | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mycoplasma surface proteins MIB and MIP promote the dissociation of the antibody-antigen interaction. 著者: Pierre Nottelet / Laure Bataille / Geraldine Gourgues / Robin Anger / Carole Lartigue / Pascal Sirand-Pugnet / Esther Marza / Remi Fronzes / Yonathan Arfi / ![]() 要旨: Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and ...Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and cleave off their V domains. Cryo-electron microscopy structures show how MIB and MIP bind to a Fab fragment in a "hug of death" mechanism. As a result, the orientation of the V and V domains is twisted out of alignment, disrupting the antigen binding site. We also show that MIB-MIP has the ability to promote the dissociation of the antibody-antigen complex. This system is functional in cells and protects mycoplasmas from antibody-mediated agglutination. These results highlight the key role of the MIB-MIP system in immunity evasion by mycoplasmas through an unprecedented mechanism, and open exciting perspectives to use these proteins as potential tools in the antibody field. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 956.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 955.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11727_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11727_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
全体 | 名称: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
超分子 | 名称: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein
分子 | 名称: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 82.922141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH ISFDTSSNGI TDAELAPINN AINDAIVSNR DNKLKPSEEK IIKETEKKIE EKIIIPPAKK EEKIEAAKP IPKPVVRKPE TKITSPKITR RKQTITIAGI EVEAEIEGPP GFVTHQRDKD RKISNPTKPY QNHTVNKILS V KVTDKLKE ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH ISFDTSSNGI TDAELAPINN AINDAIVSNR DNKLKPSEEK IIKETEKKIE EKIIIPPAKK EEKIEAAKP IPKPVVRKPE TKITSPKITR RKQTITIAGI EVEAEIEGPP GFVTHQRDKD RKISNPTKPY QNHTVNKILS V KVTDKLKE QVAKDALSGG NGYDEGVGLF NNSIFNVFKE EFNSGKELND ILSSLESVAR QNSGAFQNTL ERYKKMLDSN NV INFLKSE AQKEYPKLKS KFQTKNQEYI WLIANLDQSK FTKIASTSEK YLEKGLTISP RSAFINEAGE IDSNGWGPPD EYN TVTSRL RRDNSEYRVF DYDEYYSRSS DRIANGTYPG WVKEDVSEPY SKKYNFKASD GIRFSKLERI NPNPAKGKLN SGLV LDLDV SNDEAYRRSK ELIEKLQKDG EQITSYRIKN MGEKNSDQAF KDILGALPKD IQQLELFFSD KATNTASLIA LENKN IKEL SLYTSGNSLK KAWSYNPLAL RNTTWINTID YNVSAEYSSH DKITTRITFN TLAFDQEDFS NGSYERINDG LRMVYY ARN NEPFFQGGHG PGLEPDKKLG QNSYPTGLDF SRVTGIKSLK GLRFDDDLDT SNEPRKITEL TLYNNESYFE ISSDELN EA NLQHLSTGEG NPEKPKIHFS NGNNTTSIRI SGKTLLSDEG RRNLDKYFEY NESLRNSGKQ IQIPNGSDEL KKQLEGWG Y KVSTASDRSF T UniProtKB: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 255911 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |