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Yorodumi- PDB-4c7o: The structural basis of FtsY recruitment and GTPase activation by... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c7o | ||||||
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Title | The structural basis of FtsY recruitment and GTPase activation by SRP RNA | ||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN/RNA / NUCLEAR PROTEIN-RNA COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN / PROTEIN TRANSLOCATION / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR / GDP ALF3/4 | ||||||
Function / homology | Function and homology information signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex ...signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ESCHERICHIA COLI (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Voigts-Hoffmann, F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Shan, S.O. / Ataide, S.F. / Ban, N. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2013 Title: The Structural Basis of Ftsy Recruitment and Gtpase Activation by Srp RNA Authors: Voigts-Hoffmann, F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Shan, S.O. / Ataide, S.F. / Ban, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c7o.cif.gz | 535.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c7o.ent.gz | 436.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c7o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c7o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2cnwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 32394.463 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 1-296 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain: K-12 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AGD7 #2: Protein | Mass: 30273.680 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: NG DOMAIN, RESIDUES 224-497 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain: K-12 / References: UniProt: P10121 |
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-RNA chain , 1 types, 1 molecules E
#3: RNA chain | Mass: 15503.189 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: TETRALOOP RESIDUES 542524 542543 AND DISTAL SITE RESIDUES 542594-542617 Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain: K-12 / References: GenBank: 56384585 |
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-Non-polymers , 4 types, 514 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ALF / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-GDP / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.49 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→49.22 Å / Num. obs: 45637 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.28 % / Biso Wilson estimate: 61.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2CNW Resolution: 2.6→49.222 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / Phase error: 25.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 87.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.222 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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