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- EMDB-1112: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1112
タイトルA quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
マップデータStructure of Adenovirus pIX deletion mutant (single frozen and thawed sample)
試料
  • 試料: Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant
  • ウイルス: unidentified adenovirus (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Penton protein / Hexon protein
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.5 Å
データ登録者Fabry CM / Rosa-Calatrava M / Conway JF / Zubieta C / Cusack S / Ruigrok RW / Schoehn G
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2005
タイトル: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
著者: Céline M S Fabry / Manuel Rosa-Calatrava / James F Conway / Chloé Zubieta / Stephen Cusack / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn /
要旨: Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent ...Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent complex of the pentameric penton base and trimeric fibre proteins, is located at the 12 capsid vertices. Several proteins (IIIa, VI, VIII and IX) stabilise the capsid. We have obtained a 10 A resolution map of the human adenovirus 5 by image analysis from cryo-electron micrographs (cryoEMs). This map, in combination with the X-ray structures of the penton base and hexon, was used to build a quasi-atomic model of the arrangement of the two major capsid components and to analyse the hexon-hexon and hexon-penton interactions. The secondary proteins, notably VIII, were located by comparing cryoEM maps of native and pIX deletion mutant virions. Minor proteins IX and IIIa are located on the outside of the capsid, whereas protein VIII is organised with a T=2 lattice on the inner face of the capsid. The capsid organisation is compared with the known X-ray structure of bacteriophage PRD1.
履歴
登録2005年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年2月25日-
マップ公開2005年6月7日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v4u
  • 表面レベル: 3500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4v4u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1112.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Adenovirus pIX deletion mutant (single frozen and thawed sample)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.45 Å
密度
表面レベル1: 4660.0 / ムービー #1: 3500
最小 - 最大-19812.0 - 21528.0
平均 (標準偏差)108.747 (±2362.059999999999945)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 1097.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.452.452.45
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1097.6001097.6001097.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-224-224-224
NX/NY/NZ448448448
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-224-224-224
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-19812.00021528.000108.747

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant

全体名称: Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant
要素
  • 試料: Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant
  • ウイルス: unidentified adenovirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant

超分子名称: Human adenovirus type 5 pIX deletion mutant / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 150 MDa

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超分子 #1: unidentified adenovirus

超分子名称: unidentified adenovirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10535 / 生物種: unidentified adenovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 150 MDa / 理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: adenovirus / 直径: 900 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl 20 mM Tris-HCl pH 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo EM
グリッド詳細: Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Zeiss plunger / 手法: Manual blot for 1-2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2003年12月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 22 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 28600 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTFMIX
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT EM3DR / 詳細: Final maps were calculated from 1060 single images / 使用した粒子像数: 1060

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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