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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11094 | |||||||||
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タイトル | HDAC-DC | |||||||||
マップデータ | HDAC-DC | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 HDA1 complex / Cilium Assembly / negative regulation of transcription by transcription factor localization / HSF1 activation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ヒストン脱アセチル化酵素 / histone deacetylase activity / histone deacetylase complex / chromosome segregation / クロマチンリモデリング ...HDA1 complex / Cilium Assembly / negative regulation of transcription by transcription factor localization / HSF1 activation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ヒストン脱アセチル化酵素 / histone deacetylase activity / histone deacetylase complex / chromosome segregation / クロマチンリモデリング / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee J-H / Bollschweiler D / Schaefer T / Huber R | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the regulation of nucleosome recognition and HDAC activity by histone deacetylase assemblies. 著者: Jung-Hoon Lee / Daniel Bollschweiler / Tillman Schäfer / Robert Huber / 要旨: The chromatin-modifying histone deacetylases (HDACs) remove acetyl groups from acetyl-lysine residues in histone amino-terminal tails, thereby mediating transcriptional repression. Structural makeup ...The chromatin-modifying histone deacetylases (HDACs) remove acetyl groups from acetyl-lysine residues in histone amino-terminal tails, thereby mediating transcriptional repression. Structural makeup and mechanisms by which multisubunit HDAC complexes recognize nucleosomes remain elusive. Our cryo-electron microscopy structures of the yeast class II HDAC ensembles show that the HDAC protomer comprises a triangle-shaped assembly of stoichiometry Hda1-Hda2-Hda3, in which the active sites of the Hda1 dimer are freely accessible. We also observe a tetramer of protomers, where the nucleosome binding modules are inaccessible. Structural analysis of the nucleosome-bound complexes indicates how positioning of Hda1 adjacent to histone H2B affords HDAC catalysis. Moreover, it reveals how an intricate network of multiple contacts between a dimer of protomers and the nucleosome creates a platform for expansion of the HDAC activities. Our study provides comprehensive insight into the structural plasticity of the HDAC complex and its functional mechanism of chromatin modification. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11094.map.gz | 96.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11094-v30.xml emd-11094.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11094.png | 20.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11094 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11094 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HDAC-DC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.885 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HDAC-DC
全体 | 名称: HDAC-DC |
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要素 |
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-超分子 #1: HDAC-DC
超分子 | 名称: HDAC-DC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Histone deacetylase HDA1
分子 | 名称: Histone deacetylase HDA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストン脱アセチル化酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 74.851953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RQVIVPVCMP KIHYSPLKTG LCYDVRMRYH AKIFTSYFEY IDPHPEDPRR IYRIYKILAE NGLINDPTLS GVDDLGDLML KIPVRAATS EEILEVHTKE HLEFIESTEK MSREELLKET EKGDSVYFNN DSYASARLPC GGAIEACKAV VEGRVKNSLA V VRPPGHHA ...文字列: RQVIVPVCMP KIHYSPLKTG LCYDVRMRYH AKIFTSYFEY IDPHPEDPRR IYRIYKILAE NGLINDPTLS GVDDLGDLML KIPVRAATS EEILEVHTKE HLEFIESTEK MSREELLKET EKGDSVYFNN DSYASARLPC GGAIEACKAV VEGRVKNSLA V VRPPGHHA EPQAAGGFCL FSNVAVAAKN ILKNYPESVR RIMILDWDIH HGNGTQKSFY QDDQVLYVSL HRFEMGKYYP GT IQGQYDQ TGEGKGEGFN CNITWPVGGV GDAEYMWAFE QVVMPMGREF KPDLVIISSG FDAADGDTIG QCHVTPSCYG HMT HMLKSL ARGNLCVVLE GGYNLDAIAR SALSVAKVLI GEPPDELPDP LSDPKPEVIE MIDKVIRLQS KYWNCFRRRH ANSG CNFNE PINDSIISKN FPLQKAIRQQ QQHYLSDEFN FVTLPLVSMD LPDNTVLCTP NISESNTIII VVHDTSDIWA KRNVI SGTI DLSSSVIIDN SLDFIKWGLD RKYGIIDVNI PLTLFEPDNY SGMITSQEVL IYLWDNYIKY FPSVAKIAFI GIGDSY SGI VHLLGHRDTR AVTKTVINFL GDKQLKPLVP LVDETLSEWY FKNSLIFSNN SHQCWKENES RKPRKKFGRV LRCDTDG LN NIIEERFEEA TDFILDSFE |
-分子 #2: Histone deacetylase HDA1
分子 | 名称: Histone deacetylase HDA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストン脱アセチル化酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 76.017211 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ENSLSTTSKS KRQVIVPVCM PKIHYSPLKT GLCYDVRMRY HAKIFTSYFE YIDPHPEDPR RIYRIYKILA ENGLINDPTL SGVDDLGDL MLKIPVRAAT SEEILEVHTK EHLEFIESTE KMSREELLKE TEKGDSVYFN NDSYASARLP CGGAIEACKA V VEGRVKNS ...文字列: ENSLSTTSKS KRQVIVPVCM PKIHYSPLKT GLCYDVRMRY HAKIFTSYFE YIDPHPEDPR RIYRIYKILA ENGLINDPTL SGVDDLGDL MLKIPVRAAT SEEILEVHTK EHLEFIESTE KMSREELLKE TEKGDSVYFN NDSYASARLP CGGAIEACKA V VEGRVKNS LAVVRPPGHH AEPQAAGGFC LFSNVAVAAK NILKNYPESV RRIMILDWDI HHGNGTQKSF YQDDQVLYVS LH RFEMGKY YPGTIQGQYD QTGEGKGEGF NCNITWPVGG VGDAEYMWAF EQVVMPMGRE FKPDLVIISS GFDAADGDTI GQC HVTPSC YGHMTHMLKS LARGNLCVVL EGGYNLDAIA RSALSVAKVL IGEPPDELPD PLSDPKPEVI EMIDKVIRLQ SKYW NCFRR RHANSGCNFN EPINDSIISK NFPLQKAIRQ QQQHYLSDEF NFVTLPLVSM DLPDNTVLCT PNISESNTII IVVHD TSDI WAKRNVISGT IDLSSSVIID NSLDFIKWGL DRKYGIIDVN IPLTLFEPDN YSGMITSQEV LIYLWDNYIK YFPSVA KIA FIGIGDSYSG IVHLLGHRDT RAVTKTVINF LGDKQLKPLV PLVDETLSEW YFKNSLIFSN NSHQCWKENE SRKPRKK FG RVLRCDTDGL NNIIEERFEE ATDFILDSFE |
-分子 #3: HDA1 complex subunit 2
分子 | 名称: HDA1 complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 71.915297 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: KVYYLPVTLT QFQKDLSEIL ISLHAKSFKA SIIGEPQADA VNKPSGLPAG PETHPYPTLS QRQLTYIFDS NIRAIANHPS LLVDHYMPR QLLRMEPTES SIAGSHKFQV LNQLINSICF RDREGSPNEV IKCAIIAHSI KELDLLEGLI LGKKFRTKRL S GTSLYNEK ...文字列: KVYYLPVTLT QFQKDLSEIL ISLHAKSFKA SIIGEPQADA VNKPSGLPAG PETHPYPTLS QRQLTYIFDS NIRAIANHPS LLVDHYMPR QLLRMEPTES SIAGSHKFQV LNQLINSICF RDREGSPNEV IKCAIIAHSI KELDLLEGLI LGKKFRTKRL S GTSLYNEK HKFPNLPTVD STINKDGTPN SVSSTSSNSN STSYTGYSKD DYDYSVKRNL KKRKINTDDW LFLATTKHLK HD QYLLANY DIDMIISFDP MLEVELPALQ VLRNNANKDI PIIKLLVQNS PDHYLLDSEI KNSSVKSSHL SNNGHVDDSQ EYE EIKSSL LYFLQARNAP VNNCEIDYIK LVKCCLEGKD CNNILPVLDL ITLDEASKDS SDSGFWQPQL TKLQYSSTEL PLWD GPLDI KTYQTELMHR AVIRLRDIQD EYAKGTVPLY EKRLNETQRQ NQLDEIKNSV GLTFKKKQEV EKSINDSEKR LKHAM TEST KLQNKINHLL KNRQELENFN KLPSNTISSE NHLEEGSALA DKLKEYIDKN ATLFNKLKEL QQANAEKSKL NDELRS KYQ IESSKAAESA QTLKILQESM KSLENEVNGP LTKFSTESLK KELERLQNDF QSLKARNKFL KNYITL |
-分子 #4: HDA1 complex subunit 3,HDA1 complex subunit 3
分子 | 名称: HDA1 complex subunit 3,HDA1 complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 63.422098 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SGDYWLPTTM SLYQKELTDQ IVSLHYSDIL RYFETSHYKE DVILESMKTM CLNGSLVATH PYLLIDHYMP KSLITRDVPA HLAENSGKF SVLRDLINLV QEYETETAIV CRPGRTMDLL EALLLGNKVH IKRYDGHSIK SKQKANDFSC TVHLFSSEGI N FTKYPIKS ...文字列: SGDYWLPTTM SLYQKELTDQ IVSLHYSDIL RYFETSHYKE DVILESMKTM CLNGSLVATH PYLLIDHYMP KSLITRDVPA HLAENSGKF SVLRDLINLV QEYETETAIV CRPGRTMDLL EALLLGNKVH IKRYDGHSIK SKQKANDFSC TVHLFSSEGI N FTKYPIKS KARFDMLICL DTTVDTSQKD IQYLLQYKRE RKGLERYAPI VRLVAINSID HCRLFFGKKF DKNSREYLEN VT AAMVILR DRLGTLPPDL RPIYSQKLHY LVEWLENPTV PWPLPDIYPL KQYTSMDVER SLLTEVHFKK NSSNVNYHLS SGI ITHKLI QSMGEVYMDI CVQKQELDDY SCLDDLQNDH LKFFSNEDEK IIKEYETVLR TNNENLNRSH ELEVENNLKF SQIE TLEKD IETLKGSLMA QGETLSKLKD AFVKTDNVQD EIEKEERVSV SRDTEKKYME QEIKRAVDAI RENEEETHKL NEKQN GLES ELKLKFEKSE ISTKELNEKI GFLKKELKLE NDLNEELVGQ LSKTMDNLEN LTIPRVRTQ |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 11396 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Real space refinement |
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得られたモデル | PDB-6z6h: |