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- EMDB-10535: Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with precursor 23... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10535
タイトルMini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
マップデータMini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with pre-23S rRNA
試料
  • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
    • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: x 27種
      • RNA: x 2種
    • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードMini-RNase III / Mini-III / complex / ribosome / 50S / RNA maturation / RNA processing / precursor 23S rRNA / pre-23S rRNA / 23S rRNA / L3 / Ribosomal protein / RNase III-like fold / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / ribonuclease III activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / nucleoid / RNA nuclease activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...positive regulation of rRNA processing / ribonuclease III activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / nucleoid / RNA nuclease activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mini-ribonuclease 3 family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L21, conserved site ...Mini-ribonuclease 3 family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5
類似検索 - ドメイン・相同性
Mini-ribonuclease 3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...Mini-ribonuclease 3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Oerum S / Dendooven T
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs.
著者: Stephanie Oerum / Tom Dendooven / Marjorie Catala / Laetitia Gilet / Clément Dégut / Aude Trinquier / Maxime Bourguet / Pierre Barraud / Sarah Cianferani / Ben F Luisi / Ciarán Condon / Carine Tisné /
要旨: The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ...The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ribosomal subunit (50S) rRNAs, 23S and 5S pre-rRNAs, are catalyzed by the double-strand specific ribonucleases (RNases) Mini-RNase III and RNase M5, respectively. Here we present a protocol that allowed us to solve the 3.0 and 3.1 Å resolution cryoelectron microscopy structures of these RNases poised to cleave their pre-rRNA substrates within the B. subtilis 50S particle. These data provide the first structural insights into rRNA maturation in bacteria by revealing how these RNases recognize and process double-stranded pre-rRNA. Our structures further uncover how specific ribosomal proteins act as chaperones to correctly fold the pre-rRNA substrates and, for Mini-III, anchor the RNase to the ribosome. These r-proteins thereby serve a quality-control function in the process from accurate ribosome assembly to rRNA processing.
履歴
登録2019年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10535.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with pre-23S rRNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-5.441321 - 9.780046
平均 (標準偏差)0.014125716 (±0.21950085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 406.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.800406.800406.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-5.4419.7800.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA

全体名称: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
要素
  • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
    • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
      • RNA: pre-23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • 複合体: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: Mini-ribonuclease 3
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA

超分子名称: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30

+
超分子 #2: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA

超分子名称: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#30
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
超分子 #3: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA

超分子名称: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 18.101748 KDa
配列文字列:
MSSAIETKKV VVEEIASKLK ESKSTIIVDY RGLNVSEVTE LRKQLREANV EFKVYKNTMT RRAVEQAELN GLNDFLTGPN AIAFSTEDV VAPAKVLNDF AKNHEALEIK AGVIEGKVST VEEVKALAEL PSREGLLSML LSVLQAPVRN LALAAKAVAE Q KEEQGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #2: Mini-ribonuclease 3

分子名称: Mini-ribonuclease 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 16.251371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLEFDTIKDS KQLNGLALAY IGNAIFEVYV RHHLLKQGFT KPNDLHKKSS RIVSAKSQAE ILFFLQNQSF FTEEEEAVLK RGRNAKSGT TPKNTDVQTY RYSTAFEALL GYLFLEKKEE RLSQLVAEAI QFGTSGRKTN ESAT

UniProtKB: Mini-ribonuclease 3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 30.335125 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLVRLNS GEVRMILSAC RASIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRKSPM SPWGKPTLGF KTRKKKNKSD KFIVRRRKNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 22.723348 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ITVQNLEIVK VDAERNLLLI KGNVPGAKKS LITVKSAVKS K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 22.424951 KDa
配列文字列: MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR ...文字列:
MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR NIPGVTVVEA NGINVLDVVN HEKLLITKAA VEKVEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 20.177564 KDa
配列文字列:
MNRLKEKYNK EIAPALMTKF NYDSVMQVPK IEKIVINMGV GDAVQNAKAI DSAVEELTFI AGQKPVVTRA KKSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLISVSLP RVRDFRGVSK KSFDGRGNYT LGIKEQLIFP EIDYDKVTKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLTQVGMPFQ K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 19.543389 KDa
配列文字列:
MSRVGKKLLE IPSDVTVTLN DNNTVAVKGP KGELTRTFHP DMEIKVEDNV LTVARPSDQK EHRALHGTTR SLLGNMVEGV SKGFERGLE LVGVGYRASK SGNKLVLNVG YSHPVEIVPE EGIEIEVPSQ TKVVVKGTDK ERVGAIAANI RAVRSPEPYK G KGIRYEGE VVRRKEGKSA K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 16.407104 KDa
配列文字列:
MRTTPMANAS TIERKWLVVD AAGKTLGRLS SEVAAILRGK HKPTYTPHVD TGDHVIIINA EKIELTGKKL TDKIYYRHTQ HPGGLKSRT ALEMRTNYPE KMLELAIKGM LPKGSLGRQM FKKLNVYRGS EHPHEAQKPE VYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 16.223049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIGG ESNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 13.774806 KDa
配列文字列:
MSYRKLGRTS AQRKAMLRDL TTDLIINERI ETTETRAKEL RSVVEKMITL GKRGDLHARR QAAAYIRNEV ANEENNQDAL QKLFSDIAT RYEERQGGYT RIMKLGPRRG DGAPMAIIEL V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 13.416853 KDa
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 13.669189 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKVLKL AKGYFGSKHT LYKVANQQVM KSGNYAFRDR RQKKRDFRKL WITRINAAAR MNGLSYSRLM HGLKLSGIE VNRKMLADLA VNDLTAFNQL ADAAKAQLNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 11.296081 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QIKVEEGQTV YIEKLAAEAG ETVTFEDVLF VGGDNVKVGN PTVEGATVTA KVEKQGRAKK ITVFRYKPKK NVHKKQGHR QPYTKVTIEK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 12.481608 KDa
配列文字列:
MQAKAVARTV RIAPRKARLV MDLIRGKQVG EAVSILNLTP RAASPIIEKV LKSAIANAEH NYEMDANNLV ISQAFVDEGP TLKRFRPRA MGRASQINKR TSHITIVVSE KKEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 10.978813 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIFEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 11.16612 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VLDK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 10.391855 KDa
配列文字列:
MLRLDLQFFA SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSV YPVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 6.745073 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK MKKRLRRTHF KLNVPGMTEC PSCGEMKLSH RVCKACGSYN GKDINVKSN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 5.915875 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 7.581128 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKKTGSG KLKRSHAYTS HLFANKSQKQ KRKLRKSAVV SAGDFKRIKQ MLANIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 6.826144 KDa
配列文字列:
MARKCVITGK KTTAGNNRSH AMNASKRTWG ANLQKVRILV NGKPKKVYVS ARALKSGKVE RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 7.728029 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAANK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
分子量理論値: 6.650795 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SVIGRPEDQR VTVRTLGLKK TNQTVVHEDN AAIRGMINKV SHLVSVKEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #3: pre-23S rRNA

分子名称: pre-23S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 950.280812 KDa
配列文字列: ACGGUUAAGU UAGAAAGGGC GCACGGUGGA UGCCUUGGCA CUAGGAGCCG AUGAAGGACG GGACGAACAC CGAUAUGCUU CGGGGAGCU GUAAGCAAGC UUUGAUCCGG AGAUUUCCGA AUGGGGAAAC CCACCACUCG UAAUGGAGUG GUAUCCAUAU C UGAAUUCA ...文字列:
ACGGUUAAGU UAGAAAGGGC GCACGGUGGA UGCCUUGGCA CUAGGAGCCG AUGAAGGACG GGACGAACAC CGAUAUGCUU CGGGGAGCU GUAAGCAAGC UUUGAUCCGG AGAUUUCCGA AUGGGGAAAC CCACCACUCG UAAUGGAGUG GUAUCCAUAU C UGAAUUCA UAGGAUAUGA GAAGGCAGAC CCGGGGAACU GAAACAUCUA AGUACCCGGA GGAAGAGAAA GCAAAUGCGA UU CCCUGAG UAGCGGCGAG CGAAACGGGA UCAGCCCAAA CCAAGAGGCU UGCCUCUUGG GGUUGUAGGA CACUCUGUAC GGA GUUACA AAGGAACGAG GUAGAUGAAG AGGUCUGGAA AGGCCCGCCA UAGGAGGUAA CAGCCCUGUA GUCAAAACUU CGUU CUCUC CUGAGUGGAU CCUGAGUACG GCGGAACACG UGAAAUUCCG UCGGAAUCCG GGAGGACCAU CUCCCAAGGC UAAAU ACUC CCUAGUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGU GAAAAGCACC CCGGAAGGGG AGUGAAAGAG AUCCUG AAA CCGUGUGCCU ACAAGUAGUC AGAGCCCGUU AACGGGUGAU GGCGUGCCUU UUGUAGAAUG AACCGGCGAG UUACGAU CC CGUGCAAGGU UAAGCAGAAG AUGCGGAGCC GCAGCGAAAG CGAGUCUGAA UAGGGCGCAU GAGUACGUGG UCGUAGAC C CGAAACCAGG UGAUCUACCC AUGUCCAGGG UGAAGUUCAG GUAACACUGA AUGGAGGCCC GAACCCACGC ACGUUGAAA AGUGCGGGGA UGAGGUGUGG GUAGGGGUGA AAUGCCAAUC GAACCUGGAG AUAGCUGGUU CUCUCCGAAA UAGCUUUAGG GCUAGCCUC AAGGUAAGAG UCUUGGAGGU AGAGCACUGA UUGGACUAGG GGCCCCUACC GGGUUACCGA AUUCAGUCAA A CUCCGAAU GCCAAUGACU UAUCCUUGGG AGUCAGACUG CGAGUGAUAA GAUCCGUAGU CGAAAGGGAA ACAGCCCAGA CC GCCAGCU AAGGUCCCAA AGUAUACGUU AAGUGGAAAA GGAUGUGGAG UUGCUUAGAC AACCAGGAUG UUGGCUUAGA AGC AGCCAC CAUUUAAAGA GUGCGUAAUA GCUCACUGGU CGAGUGACUC UGCGCCGAAA AUGUACCGGG GCUAAACGUA UCAC CGAAG CUGCGGACUG UUCUUCGAAC AGUGGUAGGA GAGCGUUCUA AGGGCUGUGA AGCCAGACCG GAAGGACUGG UGGAG CGCU UAGAAGUGAG AAUGCCGGUA UGAGUAGCGA AAGAGGGGUG AGAAUCCCCU CCACCGAAUG CCUAAGGUUU CCUGAG GAA GGCUCGUCCG CUCAGGGUUA GUCGGGACCU AAGCCGAGGC CGAAAGGCGU AGGCGAUGGA CAACAGGUUG AUAUUCC UG UACCACCUCC UCACCAUUUG AGCAAUGGGG GGACGCAGGA GGAUAGGGUA AGCGCGGUAU UGGAUAUCCG CGUCCAAG C AGUUAGGCUG GGAAAUAGGC AAAUCCGUUU CCCAUAAGGC UGAGCUGUGA UGGCGAGCGA AAUAUAGUAG CGAAGUUCC UGAUUCCACA CUGCCAAGAA AAGCCUCUAG CGAGGUGAGA GGUGCCCGUA CCGCAAACCG ACACAGGUAG GCGAGGAGAG AAUCCUAAG GUGAUCGAGA GAACUCUCGU UAAGGAACUC GGCAAAAUGA CCCCGUAACU UCGGGAGAAG GGGUGCUCUG U UAGGGUGC AAGCCCGAGA GAGCCGCAGU GAAUAGGCCC AGGCGACUGU UUAGCAAAAA CACAGGUCUC UGCGAAGCCG UA AGGCGAA GUAUAGGGGC UGACGCCUGC CCGGUGCUGG AAGGUUAAGA GGAGCGCUUA GCGUAAGCGA AGGUGCGAAU UGA AGCCCC AGUAAACGGC GGCCGUAACU AUAACGGUCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCCGC ACGA AAGGC GCAACGAUCU GGGCACUGUC UCAACGAGAG ACUCGGUGAA AUUAUAGUAC CUGUGAAGAU GCAGGUUACC CGCGA CAGG ACGGAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAG CCUGAUAUUG AAUGUUGGUA CAGCUUGUAC AGGAUAGGUA GGAGCC UUG GAAACCGGAG CGCCAGCUUU GGUGGAGGCA UCGGUGGGAU ACUACCCUGG CUGUAUUGAC CUUCUAACCC GCCGCCC UU AUCGGGCGGG GAGACAGUGU CAGGUGGGCA GUUUGACUGG GGCGGUCGCC UCCUAAAAGG UAACGGAGGC GCCCAAAG G UUCCCUCAGA AUGGUUGGAA AUCAUUCGCA GAGUGUAAAG GCACAAGGGA GCUUGACUGC GAGACCUACA AGUCGAGCA GGGACGAAAG UCGGGCUUAG UGAUCCGGUG GUUCCGCAUG GAAGGGCCAU CGCUCAACGG AUAAAAGCUA CCCCGGGGAU AACAGGCUU AUCUCCCCCA AGAGUCCACA UCGACGGGGA GGUUUGGCAC CUCGAUGUCG GCUCAUCGCA UCCUGGGGCU G UAGUCGGU CCCAAGGGUU GGGCUGUUCG CCCAUUAAAG CGGUACGCGA GCUGGGUUCA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GU CCCUAUC CGUCGCGGGC GCAGGAAAUU UGAGAGGAGC UGUCCUUAGU ACGAGAGGAC CGGGAUGGAC GCACCGCUGG UGU ACCAGU UGUUCUGCCA AGGGCAUCGC UGGGUAGCUA UGUGCGGACG GGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCAUGAA GCCC CCCUC AAGAUGAGAU UUCCCAUUCC GCAAGGAAGU AAGAUCCCUG AAAGAUGAUC AGGUUGAUAG GUCUGAGGUG GAAGU GUGG CGACACAUGG AGCUGACAGA UACUAAUCGA UCGAGGACUU AACCAU

GENBANK: GENBANK: D26185.1

+
分子 #4: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 37.420242 KDa
配列文字列:
UUUGGUGGCG AUAGCGAAGA GGUCACACCC GUUCCCAUAC CGAACACGGA AGUUAAGCUC UUCAGCGCCG AUGGUAGUCG GGGGUUUCC CCCUGUGAGA GUAGGACGCC GCCAAGC

GENBANK: GENBANK: CP019662.1

+
分子 #31: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 221 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 23.94 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57683
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j3v


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6tnn:
Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る