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Structure paper

タイトルAn expanded view of ligandability in the allosteric enzyme PTP1B from computational reanalysis of large-scale crystallographic data.
ジャーナル・号・ページBiorxiv, Year 2024
掲載日2024年1月3日 (構造データの登録日)
著者Mehlman, T.S. / Ginn, H.M. / Keedy, D.A.
リンクBiorxiv / PubMed:38260327
手法X線回折
解像度1.59 - 2.47 Å
構造データ

PDB-7gs7:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000621a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7gs8:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000466a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7gs9:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000631a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-7gsa:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000260a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-7gsb:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000438a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-7gsc:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000729a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-7gsd:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000605a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7gse:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000383a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-7gsf:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000421a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7gsg:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000316a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7gsh:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000530a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-7gsi:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000046b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-7gsj:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000543a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-7gsk:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000279a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7gsl:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA000274b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-7gsm:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000437b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-7gsn:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000519b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-7gso:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000029a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-7gsq:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000149a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7gsr:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000055b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-7gst:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000056a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-7gsu:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000382a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7gsv:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA000830b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-7gsw:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000422b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7gsx:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA001440b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7gsy:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA001175b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7gsz:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA000686b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7gt0:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000275a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-7gt1:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000209a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7gt2:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000752b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7gt3:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000527a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7gt4:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000528a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7gt5:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000529a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-7gt6:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000530a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7gt7:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA001181b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7gt8:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA001439b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7gt9:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA000463b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7gta:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000065a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-7gtb:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMSOA000899b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-7gtc:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00001145b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-7gtd:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000110a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7gte:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000646b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7gtf:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000754b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7gtg:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000684a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-7gth:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000637a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7gti:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000571a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7gtj:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000280c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-7gtk:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000552a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-7gtl:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000554a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-7gtm:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000543a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-7gtn:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000625a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-7gto:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOOA000602a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7gtp:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000688a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.47 Å

PDB-7gtq:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000311a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-7gtr:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000587a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7gts:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000604a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7gtt:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOPL000148a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-7gtu:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with FMOMB000297a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-7gtv:
PanDDA Analysis group deposition -- Crystal structure of PTP1B in complex with XST00000765c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

化合物

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM / トリスヒドロキシメチルアミノメタン

ChemComp-RU4:
4-(1,2,3-thiadiazol-4-yl)phenyl ethylcarbamate

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-GV1:
~{N},~{N},5,6-tetramethylthieno[2,3-d]pyrimidin-4-amine

ChemComp-LV7:
~{N}-[2-(aminocarbamoyl)phenyl]ethanamide

PDB-1aa6:
REDUCED FORM OF FORMATE DEHYDROGENASE H FROM E. COLI

PDB-1aa7:
INFLUENZA VIRUS MATRIX PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE AT PH 4.0

ChemComp-WLJ:
(azepan-1-yl)(2,6-difluorophenyl)methanone

ChemComp-GVY:
4-(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)phenol

ChemComp-T1J:
2-{[(1H-benzimidazol-2-yl)amino]methyl}phenol / 2-[(1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-イルアミノ)メチル]フェノ-ル

ChemComp-B0Y:
5-ethyl-~{N}-[(1-methylpyrazol-4-yl)methyl]thiophene-2-carboxamide

ChemComp-RZG:
methyl 4-sulfamoylbenzoate / 4-スルファモイル安息香酸メチル

ChemComp-WLY:
2-(4-methylphenyl)-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}acetamide

ChemComp-LWV:
2-morpholin-4-ylaniline / 2-モルホリノアニリン

ChemComp-B0G:
(phenylmethyl) 4-oxidanylpiperidine-1-carboxylate / 4-ヒドロキシピペリジン-1-カルボン酸ベンジル

ChemComp-UXG:
1-(diphenylmethyl)azetidin-3-ol / 1-ベンズヒドリルアゼチジン-3-オ-ル


PDB 未公開エントリ

PDB-1aa8: Unknown entry

PDB-1abb:
CONTROL OF PHOSPHORYLASE B CONFORMATION BY A MODIFIED COFACTOR: CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON R-STATE GLYCOGEN PHOSPHORYLASE RECONSTITUTED WITH PYRIDOXAL 5'-DIPHOSPHATE

ChemComp-R7T:
4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid

PDB-1aba:
THE STRUCTURE OF OXIDIZED BACTERIOPHAGE T4 GLUTAREDOXIN (THIOREDOXIN). REFINEMENT OF NATIVE AND MUTANT PROTEINS

ChemComp-JKY:
N-[(4-chlorophenyl)methyl]methanesulfonamide / N-(4-クロロベンジル)メタンスルホンアミド

PDB-1aa9:
HUMAN C-HA-RAS(1-171)(DOT)GDP, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1abc:
Unknown entry

ChemComp-I8M:
2-[(morpholin-4-yl)methyl]phenol / 2-(モルホリノメチル)フェノ-ル

PDB-1abd:
Unknown entry

PDB-1abe:
NOVEL STEREOSPECIFICITY OF THE L-ARABINOSE-BINDING PROTEIN

ChemComp-JLM:
3-methyl-1-benzofuran-2-carboxylic acid / 3-メチルベンゾフラン-2-カルボン酸

PDB-1abf:
SUBSTRATE SPECIFICITY AND AFFINITY OF A PROTEIN MODULATED BY BOUND WATER MOLECULES

ChemComp-WFI:
1-[4-methyl-2-(pyridin-4-yl)-1,3-thiazol-5-yl]methanamine

PDB-1abg:
Unknown entry


PDB 未公開エントリ

PDB-1abh: Unknown entry

ChemComp-JNG:
[(4-chlorophenyl)sulfanyl]acetic acid / (4-クロロフェニルチオ)酢酸

PDB-1abi:
STRUCTURE OF THE HIRULOG 3-THROMBIN COMPLEX AND NATURE OF THE S' SUBSITES OF SUBSTRATES AND INHIBITORS

PDB-1abj:
STRUCTURE OF THE HIRULOG 3-THROMBIN COMPLEX AND NATURE OF THE S' SUBSITES OF SUBSTRATES AND INHIBITORS


PDB 未公開エントリ

PDB-1abk: Unknown entry


PDB 未公開エントリ

PDB-1ack: Unknown entry

PDB-1abl:
Unknown entry

ChemComp-8K2:
5-chloranylthiophene-2-sulfonamide / 5-クロロチオフェン-2-スルホンアミド

PDB-1abr:
CRYSTAL STRUCTURE OF ABRIN-A

PDB-1abq:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNLIGANDED ABL TYROSINE KINASE SH3 DOMAIN

ChemComp-4ZV:
1H-indole-5-carboxylic acid / 1H-インド-ル-5-カルボン酸

ChemComp-LVD:
1-phenylmethoxyurea / N-(ベンジルオキシ)尿素


PDB 未公開エントリ

PDB-1abp: Unknown entry

PDB-1abo:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF THE ABL TYROSINE KINASE SH3 DOMAIN WITH 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE

ChemComp-9EW:
1,2-benzoxazol-3-ol / 1,2-ベンゾイソオキサゾ-ル-3(2H)-オン

PDB-1abn:
THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALDOSE REDUCTASE NADPH BINARY COMPLEX


PDB 未公開エントリ

PDB-1abm: Unknown entry

PDB-1aby:
CYANOMET RHB1.1 (RECOMBINANT HEMOGLOBIN)

ChemComp-JP4:
[2-(morpholin-4-yl)phenyl]methanol


PDB 未公開エントリ

PDB-1abx: Unknown entry

PDB-1abw:
DEOXY RHB1.1 (RECOMBINANT HEMOGLOBIN)

PDB-1abv:
N-TERMINAL DOMAIN OF THE DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1abu:
Unknown entry

PDB-1abt:
NMR SOLUTION STRUCTURE OF AN ALPHA-BUNGAROTOXIN(SLASH)NICOTINIC RECEPTOR PEPTIDE COMPLEX

ChemComp-W1D:
(4-acetylphenoxy)acetic acid / 4-アセチルフェノキシ酢酸

ChemComp-S7S:
~{N}-(2-ethyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanamide

ChemComp-TAH:
2-(benzyloxy)benzohydrazide

ChemComp-WZY:
N-(4-methoxyphenyl)glycinamide

PDB-1abs:
PHOTOLYSED CARBONMONOXY-MYOGLOBIN AT 20 K

ChemComp-8YM:
2-[(2-acetylphenyl)sulfanyl]benzoic acid

ChemComp-UJQ:
9~{H}-xanthene-9-carboxylic acid / 9H-キサンテン-9-カルボン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PanDDA / Diamond I04-1 fragment screening / protein tyrosine phosphatase (プロテインチロシンホスファターゼ) / PTP / protein tyrosine phosphatase 1B / PTP1B / enzyme (酵素) / allostery (アロステリック効果) / multiconformer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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