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Structure paper

タイトルProtein crystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibody treatment.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 364, Issue 6442, Year 2019
掲載日2019年5月24日
著者Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal Chanez / Claus Bachert / Amanda Gonçalves / Hanne Van Gorp / Hans De Haard / Christophe Blanchetot / Michael Saunders / Hamida Hammad / Savvas N Savvides / Bart N Lambrecht /
PubMed 要旨Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such ...Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such as asthma. We found that CLCs derived from patients showed crystal packing and Gal10 structure identical to those of Gal10 crystals grown in vitro. When administered to the airways, crystalline Gal10 stimulated innate and adaptive immunity and acted as a type 2 adjuvant. By contrast, a soluble Gal10 mutein was inert. Antibodies directed against key epitopes of the CLC crystallization interface dissolved preexisting CLCs in patient-derived mucus within hours and reversed crystal-driven inflammation, goblet-cell metaplasia, immunoglobulin E (IgE) synthesis, and bronchial hyperreactivity (BHR) in a humanized mouse model of asthma. Thus, protein crystals may promote hallmark features of asthma and are targetable by crystal-dissolving antibodies.
リンクScience / PubMed:31123109
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.38 - 3.396 Å
構造データ

SASDF86:
Human Galectin-10 (Tyr69Glu mutant) (Galectin-10 Tyr69Glu, Gal-10)
手法: SAXS/SANS

PDB-6gkq:
X-ray structure determined from ex vivo Charcot-Leyden crystal
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-6gks:
X-ray structure determined from recombinant Charcot-Leyden crystal
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-6gkt:
X-ray structure of a non-autocrystallizing galectin-10 variant, Gal10-Tyr69Glu
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-6gku:
Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 6F5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-6glw:
Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 1D11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-6glx:
Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 4E8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.396 Å

PDB-6qrn:
Galectin-10 complexed with ribose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-P6G:
HEXAETHYLENE GLYCOL / ヘキサエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-RIP:
beta-D-ribopyranose / β-D-リボピラノ-ス

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-10 / ex vivo crystal / recombinant / human / Non-autocrystallizing / mutant / Fab / autocrystallizing / crystal solubilisation / IMMUNE SYSTEM / auto-crystallising / complex / carbohydrate-binding / Charcot-Leyden crystal

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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