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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
ジャーナル・号・ページ	Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 109, Page 4122-4127, Year 2012
掲載日	2009年8月4日 (構造データの登録日)
著者	Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. ...Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
リンク	Proc. Natl. Acad. Sci. USA / PubMed:22392983
手法	X線回折
解像度	1.5 - 3 Å
構造データ	PDB-3iji: Structure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with L-Ala-D-Glu; nonproductive substrate binding. 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å PDB-3ijl: Structure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with L-Pro-D-Glu; nonproductive substrate binding. 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å PDB-3ijq: Structure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with L-Ala-D-Glu; productive substrate binding. 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3ik4: CRYSTAL STRUCTURE OF mandelate racemase/muconate lactonizing protein from Herpetosiphon aurantiacus 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å PDB-3jva: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Enterococcus faecalis V583 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å PDB-3jw7: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Enterococcus faecalis V583 complexed with Mg and dipeptide L-Ile-L-Tyr 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å PDB-3jzu: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Enterococcus faecalis V583 complexed with Mg and dipeptide L-Leu-L-Tyr 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3k1g: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Enterococcus faecalis V583 complexed with Mg and dipeptide L-Ser-L-Tyr 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3kum: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Enterococcus faecalis V583 complexed with Mg and dipeptide L-Arg-L-Tyr 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å PDB-3q45: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Cytophaga hutchinsonii complexed with Mg and dipeptide D-Ala-L-Val 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å PDB-3q4d: Crystal structure of dipeptide epimerase from Cytophaga hutchinsonii complexed with Mg and dipeptide D-Ala-L-Ala 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å PDB-3r0k: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Tartrate bound, no Mg 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3r0u: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Tartrate and Mg complex 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å PDB-3r10: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Mg complex 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3r11: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Mg and Fumarate complex 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-3r1z: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Complex with L-Ala-L-Glu and L-Ala-D-Glu 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å PDB-3rit: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Methylococcus capsulatus complexed with Mg and dipeptide L-Arg-D-Lys 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.701 Å PDB-3ro6: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Methylococcus capsulatus complexed with Mg ion 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å
化合物	ChemComp-ALA: ALANINE / アラニン / アラニン ChemComp-DGL: D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸 / グルタミン酸 ChemComp-MG: Unknown entry / マグネシウムジカチオン ChemComp-HOH: WATER / 水 ChemComp-PRO: PROLINE / プロリン / プロリン ChemComp-SO4: SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩 ChemComp-K: Unknown entry / カリウムカチオン ChemComp-GOL: GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン ChemComp-ILE: ISOLEUCINE / イソロイシン / イソロイシン ChemComp-TYR: TYROSINE / チロシン / チロシン ChemComp-LEU: LEUCINE / ロイシン / ロイシン ChemComp-SER: SERINE / セリン / セリン ChemComp-ARG: ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン ChemComp-DAL: D-ALANINE / D-アラニン / アラニン ChemComp-VAL: VALINE / バリン / バリン ChemComp-TAR: D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸 ChemComp-FUM: FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸 / フマル酸 ChemComp-GLU: GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸 ChemComp-DLY: D-LYSINE / D-リシン / リシン ChemComp-1PE: PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール
由来	bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) herpetosiphon aurantiacus atcc 23779 (バクテリア) enterococcus faecalis v583 (乳酸球菌) enterococcus faecalis (乳酸球菌) cytophaga hutchinsonii (バクテリア) francisella philomiragia (バクテリア) francisella philomiragia subsp. philomiragia (バクテリア) methylococcus capsulatus (バクテリア)
キーワード	ISOMERASE (異性化酵素) / Enolase superfamily / dipeptide epimerase / L-Ala-D-Glu / nonproductive binding / L-Pro-D-Glu / productive binding / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / ENOLASE (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / EPIMERASE / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / dipeptide L-Ile-L-Tyr / dipeptide L-Leu-L-Tyr / L-Ser-L-Tyr / dipeptide L-Arg-L-Tyr / (beta/alpha)8-barrel / METAL BINDING PROTEIN / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / LYASE (リアーゼ) / putative epimerase / TIM barrel (TIMバレル) / chloromuconate cycloisomerase (クロロムコン酸シクロイソメラーゼ)