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タイトルGenome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
ジャーナル・号・ページMol. Biochem. Parasitol., Vol. 151, Page 100-110, Year 2007
掲載日2004年7月5日 (構造データの登録日)
著者Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. ...Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
リンクMol. Biochem. Parasitol. / PubMed:17125854
手法X線回折
解像度1.6 - 2.8 Å
構造データ

PDB-1txj:
Crystal structure of translationally controlled tumour-associated protein (TCTP) from Plasmodium knowlesi
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1xcc:
1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-1y6z:
Middle domain of Plasmodium falciparum putative heat shock protein PF14_0417
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-1z6g:
Crystal structure of guanylate kinase from Plasmodium falciparum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.18 Å

PDB-1z7d:
Ornithine aminotransferase PY00104 from Plasmodium Yoelii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1z81:
Crystal Structure of cyclophilin from Plasmodium yoelii.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-1zo2:
Structure of nuclear transport factor 2 (Ntf2) from Cryptosporidium parvum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-2a22:
Structure of Vacuolar Protein Sorting 29 from Cryptosporidium Parvum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.198 Å

PDB-2a4a:
Deoxyribose-phosphate aldolase from P. yoelii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2aif:
Crystal Structure of High Mobility Like Protein, NHP2, putative from Cryptosporidium parvum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.895 Å

PDB-2amx:
Crystal structure of Plasmodium Yoelii Adenosine deaminase (PY02076)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-2aqw:
Structure of putative orotidine-monophosphate-decarboxylase from Plasmodium yoelii (PY01515)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2av4:
Crystal structure of Plasmodium yoelii thioredoxin-like protein 4A (DIM1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-2awp:
Crystal structure of Plasmodium knowlesi structure of Iron Super-Oxide Dismutase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2ayv:
Crystal structure of a putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 from Toxoplasma gondii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.001 Å

PDB-2b71:
Plasmodium yoelii cyclophilin-like protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-2bdd:
Crystal Structure of Holo-ACP-synthase from Plasmodium yoelii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-2f4z:
Toxoplasma gondii ubiquitin conjugating enzyme TgTwinScan_2721- E2 domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-2fds:
Crystal Structure of Plasmodium Berghei Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase (ortholog of Plasmodium falciparum PF10_0225)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-2ffc:
Crystal Structure of Plasmodium Vivax Orotidine-Monophosphate-Decarboxyl UMP Bound
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2fo3:
Plasmodium vivax ubiquitin conjugating enzyme E2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-2fu0:
Plasmodium falciparum cyclophilin PFE0505w putative cyclosporin-binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2ghi:
Crystal Structure of Plasmodium yoelii Multidrug Resistance Protein 2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-2h1r:
Crystal structure of a dimethyladenosine transferase from Plasmodium falciparum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-2h2y:
Crystal structure of ubiquitin conjugating enzyme E2 from plasmodium falciparum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-2h66:
The Crystal Structure of Plasmodium Vivax 2-Cys peroxiredoxin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-2hjr:
Crystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-2hte:
The crystal structure of spermidine synthase from p. falciparum in complex with 5'-methylthioadenosine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2hvg:
Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Plasmodium Vivax
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3pgg:
Crystal structure of cryptosporidium parvum u6 snrna-associated sm-like protein lsm5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-3tb2:
1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM / HEPES

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-UNX:
Unknown entry

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-U5P:
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

ChemComp-MTA:
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン / 5′-Methylthioadenosine

ChemComp-1PG:
2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル / ポリエチレングリコール

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

由来
  • plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
  • plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
  • plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
  • plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
  • cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
  • toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
  • plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
  • plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
  • plasmodium yoelii yoelii str. 17xnl (ヨーエリマラリア原虫)
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC / guanine nucleotide-free chaperones / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / beta-sandwich / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / heat shock / chaperone (シャペロン) / TRANSFERASE (転移酵素) / guanylate kinase / malaria (マラリア) / plasmodium yoelii / ornithine aminotransferase / ISOMERASE (異性化酵素) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NUCLEAR TRANSPORT (核輸送) / PROTEIN TRANSPORT / VACUOLAR PROTEIN SORTING PROTEIN (液胞) / ALPHA-BETA-BETA-ALPHA SANDWICH / LYASE (リアーゼ) / ALDOLASE / TIM BETA/ALPHA BARREL / DEOC / DERA / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / CYTOKINE (サイトカイン) / ribosomal protein / High-mobility like protein / Transcription factor (転写因子) / HYDROLASE (加水分解酵素) / Plasmodium Yoelii Adenosine deaminase (PY02076) / decarboxylase PY01515 SGC / thioredoxin-like protein / DIM1 / U5 snRNP-specific 15kD protein / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Iron Super-Oxide Dismutase / LIGASE (リガーゼ) / ubiquitin (ユビキチン) / ubiquitin-conjugating enzyme (ユビキチン結合酵素) / cyclophilin / ACP synthase / ubiquitin conjugating TgTwinScan_2721 / TIM barrel (TIMバレル) / DECARBOXYLASE (脱炭酸酵素) / PV-PF10_0225 / UBC / PFE0505w / cyclosporin-binding domain / Multidrug Resistance Protein / MDR / SGC Toronto dimethyladenosine transferase / STRUCTURAL GENOMICS/OXIDOREDUCTASE / plasmodium (マラリア原虫) / vivax / peroxiredoxin (ペルオキシレドキシン) / STRUCTURAL GENOMICS-OXIDOREDUCTASE COMPLEX / malate dehydrogenase (リンゴ酸デヒドロゲナーゼ) / Cryptosporidium parvum / spermidine synthase / alpha helical (Αヘリックス) / U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN / LSM5

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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