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タイトルStructure-derived insights from blood factors binding to the surfaces of different adenoviruses.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 9768, Year 2024
掲載日2024年11月11日
著者Haley E Mudrick / Shao-Chia Lu / Janarjan Bhandari / Mary E Barry / Jack R Hemsath / Felix G M Andres / Olivia X Ma / Michael A Barry / Vijay S Reddy /
PubMed 要旨The tropism of adenoviruses (Ads) is significantly influenced by the binding of various blood factors. To investigate differences in their binding, we conducted cryo-EM analysis on complexes of ...The tropism of adenoviruses (Ads) is significantly influenced by the binding of various blood factors. To investigate differences in their binding, we conducted cryo-EM analysis on complexes of several human adenoviruses with human platelet factor-4 (PF4), coagulation factors FII (Prothrombin), and FX. While we observed EM densities for FII and FX bound to all the species-C adenoviruses examined, no densities were seen for PF4, even though PF4 can co-pellet with various Ads. Similar to FX, the γ-carboxyglutamic acid (Gla) domain of FII binds within the surface cavity of hexon trimers. While FII binds equally to species-C Ads: Ad5, Ad6, and Ad657, FX exhibits significantly better binding to Ad5 and Ad657 compared to Ad6. Although only the FX-Gla domain is observed at high-resolution (3.7 Å), the entire FX is visible at low-resolution bound to Ad5 in three equivalent binding modes consistent with the 3-fold symmetric hexon. Only the Gla and kringle-1 domains of FII are visible on all the species-C adenoviruses, where the rigid FII binds in an upright fashion, in contrast to the flexible and bent FX. These data suggest that differential binding of FII and FX may shield certain species-C adenoviruses differently against immune molecules, thereby modulating their tropism.
リンクNat Commun / PubMed:39528527 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.61 - 5.01 Å
構造データ

45675

9cli

EMDB-45675, PDB-9cli:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus (Ad5)-hexon-FX complex at 3.6A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

45726

9cln

EMDB-45726, PDB-9cln:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 5 (Ad5)-hexon-FII complex at 3.9A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

45729

9cls

EMDB-45729, PDB-9cls:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 6 (Ad6)-hexon-FII complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

45737

9cm2

EMDB-45737, PDB-9cm2:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 6-hexon-FX complex at 4.3A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.01 Å

45744

9cm9

EMDB-45744, PDB-9cm9:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of Ad657-hexon-FX complex at 3.86A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

45751

9cmo

EMDB-45751, PDB-9cmo:
Cryo-EM model derived from localized reconstruction of Ad657-hexon-FII complex at 4.14A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.17 Å

EMDB-46615: Human adenovirus 5 (Ad5) in complex with coagulation Factor II (Prothrombin) at 4.13 resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

EMDB-46620: Human adenovirus 6 (Ad6) in complex with coagulation Factor FX at 5.0A resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-46654: Human Adenovirus 6 (Ad6) and Coagulation Factor II (Prothrombin) complex at 3.7A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46660: Human Adenovirus 657 (Ad657) and Coagulation Factor X (FX)complex at 4.0A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-46770: Human Adenovirus 657 (Ad657) and Coagulation factor II (Prothrombin) at 4.17A resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.17 Å

EMDB-51372: Human Adenovirus 5 (Ad5) and Coagulation Factor X (FX) complex at 3.6A resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
  • human blood metagenome (メタゲノム)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human adenovirus 6 (ヒトアデノウイルス)
  • Human adenovirus 57 (ヒトアデノウイルス)
キーワードVIRUS / Adenovirus / Hexon / Coagulation factor X / Coagulation factor II / Prothrombin / Complex / Interactions / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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