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タイトルIn-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 9, Issue 1, Page 116, Year 2023
掲載日2023年11月21日
著者Linhua Tai / Guoliang Yin / Xiaojun Huang / Fei Sun / Yun Zhu /
PubMed 要旨The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. ...The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. However, the intricate molecular architecture of intact sperm DMT remains elusive. Here, by in situ cryo-electron tomography, we solved the in-cell structure of mouse sperm DMT at 4.5-7.5 Å resolutions, and built its model with 36 kinds of MIPs in 48 nm periodicity. We identified multiple copies of Tektin5 that reinforce Tektin bundle, and multiple MIPs with different periodicities that anchor the Tektin bundle to tubulin wall. This architecture contributes to a superior stability of A-tubule than B-tubule of DMT, which was revealed by structural comparison of DMTs from the intact and deformed axonemes. Our work provides an overall molecular picture of intact sperm DMT in 48 nm periodicity that is essential to understand the molecular mechanism of sperm motility as well as the related ciliopathies.
リンクCell Discov / PubMed:37989994 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度4.5 - 14.08 Å
構造データ

EMDB-35210: In situ structure of A-tubule of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-35211: In situ structure of B-tubule of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-35222: A1 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-35224: A2 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-35225: A3 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-35226: B1 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-35227: B2 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-35228: B3 part of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-35229, PDB-8i7o:
In situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-35230, PDB-8i7r:
In situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-35231: Half of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 96-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-35232: Half of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 96-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-35236: Axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 96-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-35237: Axonemal doublet microtubules in deformed mouse sperm with 16-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-35238: Axonemal doublet microtubules in deformed mouse sperm with 48-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-37643: Consensus map of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 96-nm repeat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.08 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microtubules / axoneme / sperm / filament

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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