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タイトルFragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res., Vol. 48, Page 8099-8112, Year 2020
掲載日2019年2月5日 (構造データの登録日)
著者Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. ...Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Floto, R.A. / Mendes, V.
リンクNucleic Acids Res. / PubMed:32602532
手法X線回折
解像度1.48 - 3.06 Å
構造データ

PDB-6nvr:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in Apo form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.562 Å

PDB-6nw6:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with S-Adenosyl methionine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-6nw7:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.481 Å

PDB-6qo2:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 1 (1H-Indole-5-carboxamide)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-6qo3:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 2 (5-Amino-3-(2-thienyl) pyrazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-6qo4:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 3 (2-(5-Isoxazolyl) phenol)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-6qo6:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 4 (5-Methoxybenzimidazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.745 Å

PDB-6qoa:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 5 (Isoxazole-5-carboxamide)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-6qoc:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 6 (2-(1,3-oxazol-5-yl) aniline)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-6qod:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 7 (2-Amino-6-fluorobenzothiazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.852 Å

PDB-6qoe:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 8 (3-[(2-thienylthio)methyl]benzoic acid)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.06 Å

PDB-6qof:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 9 (Adenine)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-6qog:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 10 (2-Amino-5-bromobenzothiazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-6qoh:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 11 (2-Amino-6-chloropurine)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-6qoi:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 12 (2-Aminobenzothiazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-6qoj:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 13 (4-Hydroxyquinazoline)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.023 Å

PDB-6qok:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 14 (Methyl 2-aminopyridine-4-carboxylate)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-6qol:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 15 (6-quinoxalinamine)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.903 Å

PDB-6qom:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 16 (2-Amino-3-nitropyridine)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-6qon:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 17 (2H-1,3-Benzoxazine-2,4(3H)-dione)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-6qoo:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 18 (Isoxazole-5-carbothioamide)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-6qop:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 19 (5-fluoroquinazolin-4-ol)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.912 Å

PDB-6qoq:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 20 (6-Aminobenzothiazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-6qor:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 21 (2-Amino-3-nitrophenol)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.671 Å

PDB-6qos:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 22 (Ethyl 1H-pyrazole-4-carboxylate)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.052 Å

PDB-6qot:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 23 (3-Amino-5-(4-methoxyphenyl)pyrazole)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-6qou:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 24 (Indole-6-boronic acid)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-6qov:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 25 (6-Phenyl-3-pyridinyl)methylamine)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-6qow:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 26 (6-methoxybenzothiazole-2-carboxylic acid)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-6qox:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 27 (Methyl 2-(hydroxymethyl)-6H-thieno[2,3-b]pyrrole-5-carboxylate)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.74 Å

PDB-6qqs:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-6qqx:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.69 Å

PDB-6qqy:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-6qr5:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-6qr6:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-6qr8:
Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

ChemComp-JAW:
1~{H}-indole-5-carboxamide / 1H-インド-ル-5-カルボアミド

ChemComp-J9N:
3-thiophen-2-yl-1H-pyrazol-5-amine

ChemComp-97T:
2-(1,2-oxazol-5-yl)phenol / 2-(イソオキサゾ-ル-5-イル)フェノ-ル

ChemComp-5OB:
5-METHOXYBENZIMIDAZOLE / 6-メトキシ-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-JBN:
1,2-oxazole-5-carboxamide

ChemComp-J9Q:
2-(1,3-oxazol-5-yl)aniline

ChemComp-FBB:
6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine / 6-フルオロベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-JBB:
3-(thiophen-2-ylsulfanylmethyl)benzoic acid

ChemComp-ADE:
ADENINE / アデニン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-JA8:
5-bromanyl-1,3-benzothiazol-2-amine / 5-ブロモベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-6GU:
6-chloroguanine / 6-クロロ-9H-プリン-2-アミン

ChemComp-ABV:
1,3-benzothiazol-2-amine / 2-アミノベンゾチアゾ-ル

ChemComp-JBH:
3,4-dihydroquinazolin-4-ol

ChemComp-J9T:
methyl 2-azanylpyridine-4-carboxylate / 2-アミノイソニコチン酸メチル

ChemComp-JB5:
quinoxalin-6-amine / キノキサリン-6-アミン

ChemComp-JBE:
3-nitropyridin-2-amine

ChemComp-J9W:
1,3-benzoxazine-2,4-dione / CSA

ChemComp-JAB:
1,2-oxazole-5-carbothioamide / イソオキサゾ-ル-5-カルボチオアミド

ChemComp-JBQ:
5-fluoranyl-3,4-dihydroquinazolin-4-ol

ChemComp-JAE:
1,3-benzothiazol-6-amine / ベンゾチアゾ-ル-6-アミン

ChemComp-JBK:
2-azanyl-3-nitro-phenol

ChemComp-GOJ:
ethyl 1~{H}-pyrazole-4-carboxylate / 1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸エチル

ChemComp-6SD:
3-(4-methoxyphenyl)-1~{H}-pyrazol-5-amine / 3-(4-メトキシフェニル)-1H-ピラゾ-ル-5-アミン

ChemComp-JB8:
1~{H}-indol-6-ylboronic acid / (1H-インド-ル-6-イル)ボロン酸

ChemComp-JAH:
(6-phenylpyridin-3-yl)methanamine

ChemComp-JBZ:
6-methoxy-1,3-benzothiazole-2-carboxylic acid

ChemComp-JA5:
methyl 2-(hydroxymethyl)-6~{H}-thieno[2,3-b]pyrrole-5-carboxylate

ChemComp-JCZ:
3-(1~{H}-indol-6-yl)-1~{H}-pyrazol-5-amine

ChemComp-JCE:
5-[1-(pyridin-2-ylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazol-3-amine

ChemComp-JD2:
5-azanyl-3-[1-(pyridin-2-ylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile

ChemComp-JFH:
3-[1-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)phenyl]methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazol-5-amine

ChemComp-JCK:
5-azanyl-3-[1-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)phenyl]methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile

ChemComp-JDH:
5-azanyl-3-[1-[[4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile

由来
  • mycobacteroides abscessus (バクテリア)
  • mycobacterium abscessus (バクテリア)
キーワードTRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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