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タイトルCryo-EM shows how dynactin recruits two dyneins for faster movement.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 554, Issue 7691, Page 202-206, Year 2018
掲載日2018年2月7日
著者Linas Urnavicius / Clinton K Lau / Mohamed M Elshenawy / Edgar Morales-Rios / Carina Motz / Ahmet Yildiz / Andrew P Carter /
PubMed 要旨Dynein and its cofactor dynactin form a highly processive microtubule motor in the presence of an activating adaptor, such as BICD2. Different adaptors link dynein and dynactin to distinct cargoes. ...Dynein and its cofactor dynactin form a highly processive microtubule motor in the presence of an activating adaptor, such as BICD2. Different adaptors link dynein and dynactin to distinct cargoes. Here we use electron microscopy and single-molecule studies to show that adaptors can recruit a second dynein to dynactin. Whereas BICD2 is biased towards recruiting a single dynein, the adaptors BICDR1 and HOOK3 predominantly recruit two dyneins. We find that the shift towards a double dynein complex increases both the force and speed of the microtubule motor. Our 3.5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstruction of a dynein tail-dynactin-BICDR1 complex reveals how dynactin can act as a scaffold to coordinate two dyneins side-by-side. Our work provides a structural basis for understanding how diverse adaptors recruit different numbers of dyneins and regulate the motile properties of the dynein-dynactin transport machine.
リンクNature / PubMed:29420470 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.79 - 8.2 Å
構造データ

EMDB-4168, PDB-6f1t:
Cryo-EM structure of two dynein tail domains bound to dynactin and BICDR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-4169, PDB-6f1u:
N terminal region of dynein tail domains in complex with dynactin filament and BICDR-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4170, PDB-6f1v:
C terminal region of the dynein heavy chains in the dynein tail/dynactin/BICDR1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4171, PDB-6f1y:
Dynein light intermediate chain region of the dynein tail/dynactin/BICDR1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4172, PDB-6f1z:
Roadblock-1 region of the dynein tail/dynactin/BICDR1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4177, PDB-6f38:
Cryo-EM structure of two dynein tail domains bound to dynactin and HOOK3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

PDB-5owo:
Human cytoplasmic Dynein N-Terminus dimerization domain at 1.8 Angstrom resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-6f3a:
Cryo-EM structure of a single dynein tail domain bound to dynactin and BICD2N
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 8.2 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • Pig (ブタ)
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Dynein (ダイニン) / Heavy chain / Dimerization domain / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Complex / dynein/dynactin/BICDR / TDR / Cargo adaptor / TDH / DDH / dynein/dynactin/HOOK3 / TDB / dynein/dynactin/BICD2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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