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タイトルArchitecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 170, Issue 6, Page 1247-1257.e12, Year 2017
掲載日2017年9月7日
著者Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang /
PubMed 要旨The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole.
リンクCell / PubMed:28844695
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 17.4 Å
構造データ

6771

5xtb

EMDB-6771, PDB-5xtb:
Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

6772

5xtc

EMDB-6772, PDB-5xtc:
Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

6773

5xtd

EMDB-6773, PDB-5xtd:
Cryo-EM structure of human respiratory complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

6774

5xte

EMDB-6774, PDB-5xte:
Cryo-EM structure of human respiratory complex III (cytochrome bc1 complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

6775

5xth

EMDB-6775, PDB-5xth:
Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

6776

5xti

EMDB-6776, PDB-5xti:
Cryo-EM architecture of human respiratory chain megacomplex-I2III2IV2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.4 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Respiratory / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex / ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens / Oxidoreductase / Complex / Supercomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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