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タイトルA cryo-electron microscopy support film formed by 2D crystals of hydrophobin HFBI.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 7257, Year 2021
掲載日2021年12月14日
著者Hongcheng Fan / Bo Wang / Yan Zhang / Yun Zhu / Bo Song / Haijin Xu / Yujia Zhai / Mingqiang Qiao / Fei Sun /
PubMed 要旨Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, dissociation or denaturation of biomacromolecules during cryo-vitrification remains a limiting factor for many specimens. To solve this bottleneck, we developed a cryo-EM support film using 2D crystals of hydrophobin HFBI. The hydrophilic side of the HFBI film adsorbs protein particles via electrostatic interactions and sequesters them from the air-water interface, allowing the formation of sufficiently thin ice for high-quality data collection. The particle orientation distribution can be regulated by adjusting the buffer pH. Using this support, we determined the cryo-EM structures of catalase (2.29 Å) and influenza haemagglutinin trimer (2.56 Å), which exhibited strong preferred orientations using a conventional cryo-vitrification protocol. We further show that the HFBI film is suitable to obtain high-resolution structures of small proteins, including aldolase (150 kDa, 3.28 Å) and haemoglobin (64 kDa, 3.6 Å). Our work suggests that HFBI films may have broad future applications in increasing the success rate and efficiency of cryo-EM.
リンクNat Commun / PubMed:34907237 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.96 - 3.6 Å
構造データ

31910

7vd8

EMDB-31910, PDB-7vd8:
1.96 A structure of human apoferritin obtained from Talos Arctica microscope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.96 Å

31911

7vd9

EMDB-31911, PDB-7vd9:
2.29 A structure of the human catalase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

31912

7vda

EMDB-31912, PDB-7vda:
2.26 A structure of the glutamate dehydrogenase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

31913

7vdc

EMDB-31913, PDB-7vdc:
3.28 A structure of the rabbit muscle aldolase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

31915

7vde

EMDB-31915, PDB-7vde:
3.6 A structure of the human hemoglobin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

31916

7vdf

EMDB-31916, PDB-7vdf:
2.56 A structure of influenza hemagglutinin (HA) trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • H3N2 subtype (ウイルス)
  • influenza a virus (strain a/hong kong/1/1968 h3n2) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Apoferritin / Catalase / Glutamate dehydrogenase / Rabbit muscle aldolase / Human hemoglobin / VIRAL PROTEIN / Influenza hemagglutinin (HA) trimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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