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タイトルAnalysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 5187, Year 2020
掲載日2020年10月14日
著者Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts /
PubMed 要旨Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation.
リンクNat Commun / PubMed:33056988 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-10958, PDB-6yw5:
The structure of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-10961:
Cryo-EM map of the head of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-10962:
Cryo-EM map of the body of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-10963:
Cryo-EM map of the tail of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-10965, PDB-6ywe:
The structure of the mitoribosome from Neurospora crassa in the P/E tRNA bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-10966:
Cryo-EM map of the core of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-10967:
Cryo-EM map of the L10 region of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-10968:
Cryo-EM map of the CP of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-10969:
Cryo-EM map of the head of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-10970:
Cryo-EM map of the body of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-10971:
Cryo-EM map of the L1 stalk region of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-10972:
Cryo-EM map of the tail region of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA in the P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-10973, PDB-6yws:
The structure of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

EMDB-10974:
Cryo-EM map of the core of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-10975:
Cryo-EM map of the L10 region of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-10976:
Cryo-EM map of the CP of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-10977, PDB-6ywv:
The structure of the Atp25 bound assembly intermediate of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-10978, PDB-6ywx:
The structure of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10979:
Cryo-EM map of the core of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-10980:
Cryo-EM map of the L10 region of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-10981:
Cryo-EM map of the CP of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-10982:
Cryo-EM map of the head of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-10983:
Cryo-EM map of the tail of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-10984:
Cryo-EM map of the body of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the E-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-10985, PDB-6ywy:
The structure of the mitoribosome from Neurospora crassa with bound tRNA at the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-10986:
Cryo-EM map of the core of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-10988:
Cryo-EM map of the L10 region of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-10989:
Cryo-EM map of the CP of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-10990:
Cryo-EM map of the head of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-10991:
Cryo-EM map of the body of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-10992:
Cryo-EM map for the tail of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa with tRNA bound to the P-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

由来
  • neurospora crassa or74a (菌類)
  • neurospora crassa (菌類)
キーワードTRANSLATION / Neurospora crassa / translating Mitoribosomes / tRNA / mRNA / mL108

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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