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タイトルStructure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 3034, Year 2020
掲載日2020年6月15日
著者Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka /
PubMed 要旨Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm.
リンクNat Commun / PubMed:32541663 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.32 - 10.47 Å
構造データ

EMDB-10442, PDB-6tb9:
Capsid of native GTA particle computed with C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-10443, PDB-6tba:
Virion of native gene transfer agent (GTA) particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

EMDB-10476, PDB-6te8:
Neck of native GTA particle computed with C12 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-10477, PDB-6te9:
Neck of native GTA particle computed with C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-10478, PDB-6tea:
Tail of native GTA particle computed with helical refinement, C6 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-10479, PDB-6teb:
Tail-baseplate interface of native GTA particle computed with C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

EMDB-10490, PDB-6teh:
Baseplate of native GTA particle computed with C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.99 Å

EMDB-10541, PDB-6to8:
Neck of empty GTA particle computed with C12 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-10542, PDB-6toa:
Neck of empty GTA particle computed with C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-10565, PDB-6tsu:
Capsid of empty GTA particle computed with C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

EMDB-10566, PDB-6tsv:
Tail of empty GTA particle computed with helical refinement, C6 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.78 Å

EMDB-10567, PDB-6tsw:
Isometric capsid of empty GTA particle computed with I4(I,n25r) symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.03 Å

EMDB-10568:
Capsid-neck interface of native GTA particle, asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

EMDB-10569:
Capsid-neck interface of empty GTA particle, asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.15 Å

EMDB-10570:
Tail tube of native GTA particle computed with C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

EMDB-10571:
Baseplate of empty GTA particle computed with C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.49 Å

EMDB-10572:
Baseplate of native GTA particle, asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.56 Å

EMDB-10592, PDB-6tui:
Virion of empty GTA particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.47 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • rhodobacter capsulatus (バクテリア)
  • rhodobacter capsulatus sb 1003 (バクテリア)
  • rhodobacter capsulatus de442 (バクテリア)
キーワードVIRUS / "capsid" / "gene transfer agent" / "bacteriophage" / "HK97" / "virion" / "horizontal gene transfer" / "gene delivery" / "portal" / "adaptor" / "neck" / "tail tube" / "helical refinement" / "tape measure protein" / "distal tail protein" / "oligosaccharide-binding fold" / "tail tube protein" / "baseplate" / "tail" / "hub" / "connector" / "jelly roll" / "spike" / "mutant" / "variant" / "genome release"

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万見文献について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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