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タイトルElectron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 49, Issue 2, Page 288-300.e8, Year 2018
掲載日2018年8月21日
著者Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner /
PubMed 要旨Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies.
リンクImmunity / PubMed:30097292 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.795 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-7552:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7553:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7554:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7555:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7556:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7557:
CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-7570:
Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PG9 and 12N Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.36 Å

EMDB-7887:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3418 at post boost 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7888:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3418 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7889:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7890:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3419 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7891:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7892:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7893:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7894:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3420 at post boost 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-7895:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 MD39 CPG9 from rabbit 3417 at post boost 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

7896

6did

EMDB-7896, PDB-6did:
HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.71 Å

EMDB-7903:
Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PGT121 and 12N Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.36 Å

EMDB-7904:
Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PGT121 and serum from rabbit 3417 PB1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.45 Å

EMDB-7906:
Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PG9 Fab and serum from rabbit 3417 PB1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.45 Å

PDB-6cjk:
Anti HIV Fab 10A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.795 Å

化合物

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / antibodies (抗体) / antibody (抗体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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