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タイトルStructure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 568, Page 571-575, Year 2019
掲載日2018年10月17日 (構造データの登録日)
著者Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
リンクNature / PubMed:30944476
手法X線回折
解像度1.3 - 3.3 Å
構造データ

PDB-6hxh:
Structure of the human ATP citrate lyase holoenzyme in complex with citrate, coenzyme A and Mg.ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-6hxi:
Structure of ATP citrate lyase from Methanothrix soehngenii in complex with citrate and coenzyme A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-6hxj:
Structure of ATP citrate lyase from Chlorobium limicola in complex with citrate and coenzyme A.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.58 Å

PDB-6hxk:
Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-6hxl:
Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate and CoASH (space group P21)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-6hxm:
Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate and CoASH in space group C2221
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6hxn:
Structure of the citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate lyase (space group P3121)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-6hxo:
Structure of the citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate lyase (space group P21)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-6hxp:
Structure of citryl-CoA lyase from Hydrogenobacter thermophilus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-6hxq:
Structure of citryl-CoA synthetase from Hydrogenobacter thermophilus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.91 Å

PDB-6qcl:
Citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate lyase in complex with acetyl-CoA and L-malate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-6qfb:
Structure of the human ATP citrate lyase holoenzyme in complex with citrate, coenzyme A and Mg.ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-SIN:
SUCCINIC ACID / コハク酸

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CAO:
OXIDIZED COENZYME A

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-LMR:
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-りんご酸

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)

ChemComp-2HP:
DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • methanosaeta concilii (古細菌)
  • chlorobium limicola (バクテリア)
  • hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
キーワードLYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis / Citryl-CoA synthesise

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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