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- EMDB-3656: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3656
タイトルStructure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization.
マップデータCryo-EM reconstruction of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)
試料
  • 複合体: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
キーワード100S / Bacillus subtilis / cryo-EM / Hibernation / HPF / RMF / rRNA / YvyD / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / negative regulation of translational elongation / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal small subunit binding / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly ...primary metabolic process / negative regulation of translational elongation / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal small subunit binding / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / : / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Ribosome hibernation promotion factor / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Beckert B / Abdelshahid M / Schaefer H / Steinchen W / Arenz S / Berninghausen O / Beckmann R / Bange G / Turgay K / Wilson DN
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationSPP-1879 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: Structure of the hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization.
著者: Bertrand Beckert / Maha Abdelshahid / Heinrich Schäfer / Wieland Steinchen / Stefan Arenz / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Gert Bange / Kürşad Turgay / Daniel N Wilson /
要旨: Under stress conditions, such as nutrient deprivation, bacteria enter into a hibernation stage, which is characterized by the appearance of 100S ribosomal particles. In , dimerization of 70S ...Under stress conditions, such as nutrient deprivation, bacteria enter into a hibernation stage, which is characterized by the appearance of 100S ribosomal particles. In , dimerization of 70S ribosomes into 100S requires the action of the ribosome modulation factor (RMF) and the hibernation-promoting factor (HPF). Most other bacteria lack RMF and instead contain a long form HPF (LHPF), which is necessary and sufficient for 100S formation. While some structural information exists as to how RMF and HPF mediate formation of 100S (100S), structural insight into 100S formation by LHPF has so far been lacking. Here we present a cryo-EM structure of the hibernating 100S (100S), revealing that the C-terminal domain (CTD) of the LHPF occupies a site on the 30S platform distinct from RMF Moreover, unlike RMF, the HPF-CTD is directly involved in forming the dimer interface, thereby illustrating the divergent mechanisms by which 100S formation is mediated in the majority of bacteria that contain LHPF, compared to some γ-proteobacteria, such as .
履歴
登録2017年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月14日-
マップ公開2017年6月14日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 11
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  • 原子モデル: PDB-5njt
  • 表面レベル: 11
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度
表面レベル登録者による: 11.0 / ムービー #1: 11
最小 - 最大-33.631385999999999 - 55.100189999999998
平均 (標準偏差)0.1278415 (±2.3855093)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 487.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0841.0841.084
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z487.800487.800487.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-33.63155.1000.128

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1 of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)

ファイルemd_3656_half_map_1.map
注釈Half Map 1 of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2 of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)

ファイルemd_3656_half_map_2.map
注釈Half Map 2 of the Bacillus subtilis 100s subcomplex (70s-30s)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reve...

全体名称: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization
要素
  • 複合体: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promotion factor

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超分子 #1: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reve...

超分子名称: Structure of the Bacillus subtilis hibernating 100S ribosome reveals the basis for 70S dimerization
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

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分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 500.263219 KDa
配列文字列: GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC ...文字列:
GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC GGAUGGUUGU UUGAACCGCA UGGUUCAAAC AUAAAAGGUG GCUUCGGCUA CCACUUACAG AUGGACCCGC GG CGCAUUA GCUAGUUGGU GAGGUAACGG CUCACCAAGG CGACGAUGCG UAGCCGACCU GAGAGGGUGA UCGGCCACAC UGG GACUGA GACACGGCCC AGACUCCUAC GGGAGGCAGC AGUAGGGAAU CUUCCGCAAU GGACGAAAGU CUGACGGAGC AACG CCGCG UGAGUGAUGA AGGUUUUCGG AUCGUAAAGC UCUGUUGUUA GGGAAGAACA AGUGCCGUUC GAAUAGGGCG GUACC UUGA CGGUACCUAA CCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAGCGUU GUCCGG AAU UAUUGGGCGU AAAGGGCUCG CAGGCGGUUU CUUAAGUCUG AUGUGAAAGC CCCCGGCUCA ACCGGGGAGG GUCAUUG GA AACUGGGGAA CUUGAGUGCA GAAGAGGAGA GUGGAAUUCC ACGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAGAUGUG GAGGAACA C CAGUGGCGAA GGCGACUCUC UGGUCUGUAA CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGAUU AGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA AGUGUUAGGG GGUUUCCGCC CCUUAGUGCU GCAGCUAACG CAUUAAGCAC UCCGCCUGG GGAGUACGGU CGCAAGACUG AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU U AAUUCGAA GCAACGCGAA GAACCUUACC AGGUCUUGAC AUCCUCUGAC AAUCCUAGAG AUAGGACGUC CCCUUCGGGG GC AGAGUGA CAGGUGGUGC AUGGUUGUCG UCAGCUCGUG UCGUGAGAUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGCGCAACCC UUG AUCUUA GUUGCCAGCA UUCAGUUGGG CACUCUAAGG UGACUGCCGG UGACAAACCG GAGGAAGGUG GGGAUGACGU CAAA UCAUC AUGCCCCUUA UGACCUGGGC UACACACGUG CUACAAUGGA CAGAACAAAG GGCAGCGAAA CCGCGAGGUU AAGCC AAUC CCACAAAUCU GUUCUCAGUU CGGAUCGCAG UCUGCAACUC GACUGCGUGA AGCUGGAAUC GCUAGUAAUC GCGGAU CAG CAUGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACACCG CCCGUCACAC CACGAGAGUU UGUAACACCC GAAGUCG GU GAGGUAACCU UUUAGGAGCC AGCCGCCGAA GGUGGGACAG AUGAUUGGGG UGAAGUCGUA ACAAGGUAGC CGUAUCGG A AGGUGCGGCU GGAUCACCUC CUU

GENBANK: GENBANK: AL009126.3

+
分子 #21: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 947.975188 KDa
配列文字列: UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC GAACACCGAU AUGCUUCGGG GAGCUGUAA GCAAGCUUUG AUCCGGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAC CACUCGUAAU GGAGUGGUAU CCAUAUCUGA A UUCAUAGG ...文字列:
UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC GAACACCGAU AUGCUUCGGG GAGCUGUAA GCAAGCUUUG AUCCGGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAC CACUCGUAAU GGAGUGGUAU CCAUAUCUGA A UUCAUAGG AUAUGAGAAG GCAGACCCGG GGAACUGAAA CAUCUAAGUA CCCGGAGGAA GAGAAAGCAA AUGCGAUUCC CU GAGUAGC GGCGAGCGAA ACGGGAUCAG CCCAAACCAA GAGGCUUGCC UCUUGGGGUU GUAGGACACU CUGUACGGAG UUA CAAAGG AACGAGGUAG AUGAAGAGGU CUGGAAAGGC CCGCCAUAGG AGGUAACAGC CCUGUAGUCA AAACUUCGUU CUCU CCUGA GUGGAUCCUG AGUACGGCGG AACACGUGAA AUUCCGUCGG AAUCCGGGAG GACCAUCUCC CAAGGCUAAA UACUC CCUA GUGACCGAUA GUGAACCAGU ACCGUGAGGG AAAGGUGAAA AGCACCCCGG AAGGGGAGUG AAAGAGAUCC UGAAAC CGU GUGCCUACAA GUAGUCAGAG CCCGUUAACG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGU AGAAUGAACC GGCGAGUUAC GAUCUCG UG CAAGGUUAAG CAGAAGAUGC GGAGCCGCAG CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGCAUGAGU ACGUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCAUGU CCAGGGUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGCCCGAAC CCACGCACGU UGAAAAGUG CGGGGAUGAG GUGUGGGUAG GGGUGAAAUG CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGG UAAGAGUCUU GGAGGUAGAG CACUGAUUGG ACUAGGGGCC CCUACCGGGU UACCGAAUUC AGUCAAACUC C GAAUGCCA AUGACUUAUC CUUGGGAGUC AGACUGCGAG UGAUAAGAUC CGUAGUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACCGC CA GCUAAGG UCCCAAAGUA UACGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGAGUUGC UUAGACAACC AGGAUGUUGG CUUAGAAGCA GCC ACCAUU UAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUGGUCGAG UGACUCUGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACGUAUCAC CGAA GCUGC GGACUGUUCU UCGAACAGUG GUAGGAGAGC GUUCUAAGGG CUGUGAAGCC AGACCGGAAG GACUGGUGGA GCGCU UAGA AGUGAGAAUG CCGGUAUGAG UAGCGAAAGA GGGGUGAGAA UCCCCUCCAC CGAAUGCCUA AGGUUUCCUG AGGAAG GCU CGUCCGCUCA GGGUUAGUCG GGACCUAAGC CGAGGCCGAA AGGCGUAGGC GAUGGACAAC AGGUUGAUAU UCCUGUA CC ACCUCCUCAC CAUUUGAGCA AUGGGGGGAC GCAGGAGGAU AGGGUAAGCG CGGUAUUGGA UAUCCGCGUC CAAGCAGU U AGGCUGGGAA AUAGGCAAAU CCGUUUCCCA UAAGCCUGAG CUGUGAUGGC GAGCGAAAUA UAGUAGCGAA GUUCCUGAU UCCACACUGC CAAGAAAAGC CUCUAGCGAG GUGAGAGGUG CCCGUACCGC AAACCGACAC AGGUAGGCGA GGAGAGAAUC CUAAGGUGA UCGAGAGAAC UCUCGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGACCCC GUAACUUCGG GAGAAGGGGU GCUCUGUUAG G GUGCAAGC CCGAGAGAGC CGCAGUGAAU AGGCCCAGGC GACUGUUUAG CAAAAACACA GGUCUCUGCG AAGCCGUAAG GC GAAGUAU AGGGGCUGAC GCCUGCCCGG UGCUGGAAGG UUAAGAGGAG CGCUUAGCGU AAGCGAAGGU GCGAAUUGAA GCC CCAGUA AACGGCGGCC GUAACUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCCGCACGA AAGG CGCAA CGAUCUGGGC ACUGUCUCAA CGAGAGACUC GGUGAAAUUA UAGUACCUGU GAAGAUGCAG GUUACCCGCG ACAGG ACGG AAAGACCCCG UGGAGCUUUA CUGCAGCCUG AUAUUGAAUG UUGGUACAGC UUGUACAGGA UAGGUAGGAG CCUUGG AAA CCGGAGCGCC AGCUUCGGUG GAGGCAUCGG UGGGAUACUA CCCUGGCUGU AUUGACCUUC UAACCCGCCG CCCUUAU CG GGCGGGGAGA CAGUGUCAGG UGGGCAGUUU GACUGGGGCG GUCGCCUCCU AAAAGGUAAC GGAGGCGCCC AAAGGUUC C CUCAGAAUGG UUGGAAAUCA UUCGCAGAGU GUAAAGGCAC AAGGGAGCUU GACUGCGAGA CCUACAAGUC GAGCAGGGA CGAAAGUCGG GCUUAGUGAU CCGGUGGUUC CGCAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGCUACCCC GGGGAUAACA GGCUUAUCU CCCCCAAGAG UCCACAUCGA CGGGGAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC AUCGCAUCCU GGGGCUGUAG U CGGUCCCA AGGGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGCGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC CU AUCCGUC GCGGGCGCAG GAAAUUUGAG AGGAGCUGUC CUUAGUACGA GAGGACCGGG AUGGACGCAC CGCUGGUGUA CCA GUUGUU CUGCCAAGGG CAUCGCUGGG UAGCUAUGUG CGGACGGGAU AAGUGCUGAA AGCAUCUAAG CAUGAAGCCC CCCU CAAGA UGAGAUUUCC CAUUCCGCAA GGAAGUAAGA UCCCUGAAAG AUGAUCAGGU UGAUAGGUCU GAGGUGGAAG UGUGG CGAC ACAUGGAGCU GACAGAUACU AAUCGAUCGA GGACUUAAC

GENBANK: GENBANK: D26185.1

+
分子 #22: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 36.15752 KDa
配列文字列:
UGGUGGCGAU AGCGAAGAGG UCACACCCGU UCCCAUACCG AACACGGAAG UUAAGCUCUU CAGCGCCGAU GGUAGUCGGG GGUUUCCCC CUGUGAGAGU AGGACGCCGC CAA

GENBANK: GENBANK: CP010052.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 25.730895 KDa
配列文字列: MKQLLEAGVH FGHQTRRWNP KMKRYIFTER NGIYIIDLQK TVKKVEEAYN FTKNLAAEGG KILFVGTKKQ AQDSVKEEAQ RSGMYYVNQ RWLGGTLTNF ETIQKRIKRL KDIEKMQENG TFDVLPKKEV VQLKKELERL EKFLGGIKDM KDLPDALFII D PRKERIAV ...文字列:
MKQLLEAGVH FGHQTRRWNP KMKRYIFTER NGIYIIDLQK TVKKVEEAYN FTKNLAAEGG KILFVGTKKQ AQDSVKEEAQ RSGMYYVNQ RWLGGTLTNF ETIQKRIKRL KDIEKMQENG TFDVLPKKEV VQLKKELERL EKFLGGIKDM KDLPDALFII D PRKERIAV AEARKLNIPI IGIVDTNCDP DEIDVVIPAN DDAIRAVKLL TSKMADAILE AKQGEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 23.488898 KDa
配列文字列: GQKVNPVGLR IGVIRDWESK WYAGKDYADF LHEDLKIREY ISKRLSDASV SKVEIERAAN RVNITIHTAK PGMVIGKGGS EVEALRKAL NSLTGKRVHI NILEIKRADL DAQLVADNIA RQLENRVSFR RAQKQQIQRT MRAGAQGVKT MVSGRLGGAD I ARSEYYSE ...文字列:
GQKVNPVGLR IGVIRDWESK WYAGKDYADF LHEDLKIREY ISKRLSDASV SKVEIERAAN RVNITIHTAK PGMVIGKGGS EVEALRKAL NSLTGKRVHI NILEIKRADL DAQLVADNIA RQLENRVSFR RAQKQQIQRT MRAGAQGVKT MVSGRLGGAD I ARSEYYSE GTVPLHTLRA DIDYATSEAD TTYGKLGVKV WIYRGEVLPT KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.743074 KDa
配列文字列: ARYTGPSWKL SRRLGISLSG TGKELEKRPY APGPHGPGQR KKLSEYGLQL QEKQKLRHMY GVNERQFRTL FDKAGKLAGK HGENFMILL DSRLDNVVYK LGLARTRRQA RQLVNHGHIL VDGSRVDIPS YLVKPGQTIG VREKSRNLSI IKESVEVNNF V PEYLTFDA ...文字列:
ARYTGPSWKL SRRLGISLSG TGKELEKRPY APGPHGPGQR KKLSEYGLQL QEKQKLRHMY GVNERQFRTL FDKAGKLAGK HGENFMILL DSRLDNVVYK LGLARTRRQA RQLVNHGHIL VDGSRVDIPS YLVKPGQTIG VREKSRNLSI IKESVEVNNF V PEYLTFDA EKLEGTFTRL PERSELAPEI NEALIVEFYS R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 17.51943 KDa
配列文字列:
RRIDPSKLEL EERLVTVNRV AKVVKGGRRF RFAALVVVGD KNGHVGFGTG KAQEVPEAIR KAVEDAKKNL IEVPMVGTTI PHEIIGRFG AGNILLKPAS EGTGVIAGGP VRAVLELAGV ADILSKSLGS NTPINMIRAT LQGLSELKRA EDVAKLRGKS V EELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.140548 KDa
配列文字列:
MRKYEVMYII RPNIDEESKK AVIERFNNVL TSNGAEITGT KDWGKRRLAY EINDFRDGFY QIVNVQSDAA AVQEFDRLAK ISDDIIRHI VVKEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 17.530369 KDa
配列文字列:
KGPVAKRDVL PDPIYNSKLV SRLINKMMID GKKGKSQTIL YKSFDIIKER TGNDAMEVFE QALKNIMPVL EVKARRVGGA NYQVPVEVR PERRTTLGLR WLVNYARLRG EKTMEERLAN EILDAANNTG AAVKKREDTH KMAEANKAFA HYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 14.770229 KDa
配列文字列:
VMTDPIADML TRIRNANMVR HEKLEIPASK LKREIAEILK REGFIRDVEF VEDSKQGIIR VFLKYGQNNE RVITGLKRIS KPGLRVYAK SNEVPRVLNG LGIAIISTSQ GVLTDKEARA KQAGGEVLAY VW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 14.335504 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGEGRIVV NNREISEHIP SAALIEDIKQ PLTLTETAGT YDVLVNVHGG GLSGQAGAIR HGIARALLE ADPEYRTTLK RAGLLTRDAR MKERKKYGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.687661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSVYT ILRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDALMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.476212 KDa
配列文字列:
RRVKKNIESG IAHIRSTFNN TIVTITDTHG NAISWSSAGA LGFRGSRKST PFAAQMAAET AAKGSIEHGL KTLEVTVKGP GSGREAAIR ALQAAGLEVT AIRDVTPVPH NGCRPPKRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 15.117538 KDa
配列文字列:
PTINQLIRKG RVSKVENSKS PALNKGYNSF KKEHTNVSSP QKRGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLT NGIEVTAYIP GIGHNLQEH SVVLIRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTAGV ENRAQGRSKY GTKKPKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.599545 KDa
配列文字列:
ARIAGVDIPR DKRVVISLTY IFGIGRTTAQ QVLKEAGVSE DTRVRDLTEE ELGKIRDIID KLKVEGDLRR EVSLNIKRLI EIGSYRGIR HRRGLPVRGQ NSKNNARTRK GP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.132607 KDa
配列文字列:
AKKSMIAKQQ RTPKFKVQEY TRCERCGRPH SVIRKFKLCR ICFRELAYKG QIPGVKKASW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.466028 KDa
配列文字列:
AITQERKNQL INEFKTHESD TGSPEVQIAI LTDSINNLNE HLRTHKKDHH SRRGLLKMVG KRRNLLTYLR NKDVTRYREL INKLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.022637 KDa
配列文字列:
AVKIRLKRMG AKKSPFYRIV VADSRSPRDG RFIETVGTYN PVAKPAEVKI DEELALKWLQ TGAKPSDTVR NLFSSQGIME KFHNAKQGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.089784 KDa
配列文字列:
SERNQRKVYQ GRVVSDKMDK TITVVVETYK KHTLYGKRVK YSKKFKAHDE NNQAKIGDIV KIMETRPLSA TKRFRLVEVV EEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 8.245746 KDa
配列文字列:
RAKRRKVCYF TSNGITHIDY KDVDLLKKFV SERGKILPRR VTGTNAKYQR KLTAAIKRAR QMALLPYVSG E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 9.185659 KDa
配列文字列:
SLKKGPFVDG HLMTKIEKLN ETDKKQVVKT WSRRSTIFPQ FIGHTIAVYD GRKHVPVFIS EDMVGHKLGE FAPTRTYKGH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 9.393906 KDa
配列文字列:
NIKSAIKRTK TNNERRVHNA TIKSAMRTAI KQVEASVANN EADKAKTALT EAAKRIDKAV KTGLVHKNTA ARYKSRLAKK VNGLSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 30.07475 KDa
配列文字列: AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG KYVLVRLNSG EVRMILSACR ASIGQVGNEQ HELINIGKAG RSRWKGIRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGRA PI GRKSPMS PWGKPTLGFK TRKKKNKSDK FIVRRRKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.462973 KDa
配列文字列: TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI ...文字列:
TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI TVQNLEIVKV DAERNLLLIK GNVPGAKKSL ITVKSAVKS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.222676 KDa
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PKVALYNQNG STAGDIELNA SVFGIEPNES VVFDAILMQR ASLRQGTHKV KNRSEVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAI KSVLSSKVID NNIIVLEDLT LDTAKTKEMA AILKGLSVEK KALIVTADAN E AVALSARN IPGVTVVEAN GINVLDVVNH EKLLITKAAV EKVEEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 20.046371 KDa
配列文字列:
NRLKEKYNKE IAPALMTKFN YDSVMQVPKI EKIVINMGVG DAVQNAKAID SAVEELTFIA GQKPVVTRAK KSIAGFRLRE GMPIGAKVT LRGERMYDFL DKLISVSLPR VRDFRGVSKK SFDGRGNYTL GIKEQLIFPE IDYDKVTKVR GMDIVIVTTA N TDEEAREL LTQVGMPFQK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 19.124855 KDa
配列文字列:
SRVGKKLLEI PSDVTVTLND NNTVAVKGPK GELTRTFHPD MEIKVEDNVL TVARPSDQKE HRALHGTTRS LLGNMVEGVS KGFERGLEL VGVGYRASKS GNKLVLNVGY SHPVEIVPEE GIEIEVPSQT KVVVKGTDKE RVGAIAANIR AVRSPEPYKG K GIRYEGEV VRRKEGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.607533 KDa
配列文字列:
AIETKKVVVE EIASKLKESK STIIVDYRGL NVSEVTELRK QLREANVEFK VYKNTMTRRA VEQAELNGLN DFLTGPNAIA FSTEDVVAP AKVLNDFAKN HEALEIKAGV IEGKVSTVEE VKAL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 16.01761 KDa
配列文字列:
TPMANASTIE RKWLVVDAAG KTLGRLSSEV AAILRGKHKP TYTPHVDTGD HVIIINAEKI ELTGKKLTDK IYYRHTQHPG GLKSRTALE MRTNYPEKML ELAIKGMLPK GSLGRQMFKK LNVYRGSEHP HEAQKPEVYE LRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 15.619512 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.643609 KDa
配列文字列:
SYRKLGRTSA QRKAMLRDLT TDLIINERIE TTETRAKELR SVVEKMITLG KRGDLHARRQ AAAYIRNEVA NEENNQDALQ KLFSDIATR YEERQGGYTR IMKLGPRRGD GAPMAIIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.285655 KDa
配列文字列:
QKLIEDITKE QLRTDLPAFR PGDTLRVHVK VVEGNRERIQ IFEGVVIKRR GGGISETFTV RKISYGVGVE RTFPVHTPKI AKIEVVRYG KVRRAKLYYL RELRGKAARI KEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.408813 KDa
配列文字列:
PRVKGGTVTR KRRKKVLKLA KGYFGSKHTL YKVANQQVMK SGNYAFRDRR QKKRDFRKLW ITRINAAARM NGLSYSRLMH GLKLSGIEV NRKMLADLAV NDLTAFNQLA DAAKAQLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.164886 KDa
配列文字列:
YAIIKTGGKQ IKVEEGQTVY IEKLAAEAGE TVTFEDVLFV GGDNVKVGNP TVEGATVTAK VEKQGRAKKI TVFRYKPKKN VHKKQGHRQ PYTKVTIEKI NA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.035066 KDa
配列文字列:
QAKAVARTVR IAPRKARLVM DLIRGKQVGE AVSILNLTPR AASPIIEKVL KSAIANAEHN YEMDANNLVI SQAFVDEGPT LKRFRPRAM GRASQINKRT SHITIVVSEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.778622 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.790657 KDa
配列文字列:
HVKKGDKVMV ISGKDKGKQG TILAAFPKKD RVLVEGVNMV KKHSKPTQAN PQGGISNQEA PIHVSNVMPL DPKTGEVTRV GYKVEDGKK VRVAKKSGQV L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 8.956143 KDa
配列文字列:
SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSVY PV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.184386 KDa
配列文字列:
AVPFRRTSKM KKRLRRTHFK LNVPGMTECP SCGEMKLSHR VCKACGSYNG KDIN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 5.786696 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRET

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.320752 KDa
配列文字列:
PKMKTHRGSA KRFKKTGSGK LKRSHAYTSH LFANKSQKQK RKLRKSAVVS AGDFKRIKQM LANI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 4.187226 KDa
配列文字列:
KVRPSVKPIC EKCKVIRRKG KVMVICENPK HKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.367546 KDa
配列文字列:
RKCVITGKKT TAGNNRSHAM NASKRTWGAN LQKVRILVNG KPKKVYVSAR ALKSGKVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.598849 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAAN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.519599 KDa
配列文字列:
AKLEITLKRS VIGRPEDQRV TVRTLGLKKT NQTVVHEDNA AIRGMINKVS HLVSVKEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.216244 KDa
配列文字列:
MKAGIHPNFK KATVKCACGN EFETGSVKEE VRVEICSECH PFYTGRQKFA SADGRVDRFN KKYG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #51: Ribosome hibernation promotion factor

分子名称: Ribosome hibernation promotion factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.355955 KDa
配列文字列:
MNYNIRGENI EVTPALKDHV ERKIGKLERY FDHSVDADVN VNLKFYNDKE SKVEVTIPMT DLALRSEVHN EDMYNAIDLA TNKLERQIR KHKTKVNRKF REQES

UniProtKB: Ribosome hibernation promotion factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHepes-KOH
100.0 mMKOAc
25.0 mMMg(OAc)2
グリッドモデル: Quantifoil R3/3 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE
詳細4 OD260/ml ml Bs100S sample were applied to 2 nm pre-coated Quantifoil R3/3 holey carbon supported grids and vitrified using Vitrobot Mark IV (FEI Company)

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 253905
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jw9

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: 30S-70S_subcomplex primary map: 70S-30S_Masked_embf41.mrc
使用した粒子像数: 24546
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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