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お知らせ (12)

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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2015年12月4日: Omokage検索の論文がオンライン出版されました

Omokage検索の論文がオンライン出版されました

関連情報: Omokage検索 / gmfit

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2015年11月28日: SASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりました

SASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりました

  • Omokage検索のデータベースにSASBDBの登録モデルを追加しました。
  • SASBDBは、小角散乱の実験データを扱うデータバンクです。
  • SASBDBモデルを検索クエリとして利用できます。
  • 検索結果の中にSASBDBモデルが含まれるようになります。

関連情報: Omokage検索 / SASBDB / 3つのデータバンクの比較

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2014年12月10日: PDBの分割登録エントリが、単独のエントリに置き換えられました

PDBの分割登録エントリが、単独のエントリに置き換えられました

  • 原子数や鎖数の都合で単一の構造を複数に分割し登録されていたデータは廃止になり、それらをひとつに統合したエントリ(これまでは「巨大構造」として別途公開されていた)が公式のデータになります。詳細はこちらをご覧ください。
  • EM Navigatorでは、多数のリボソームと数件のウイルスのデータが置き換わりました。

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2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索

新規サービス: Omokage検索

  • 形状類似検索「Omokage検索」を開始しました。
  • 関連情報: Omokage検索

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    2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ統計情報ページを公開を開始しました

    EM Navigatorの新ページ統計情報ページを公開を開始しました

    関連情報: EMN統計情報

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    2013年1月16日: 新しいEMDBヘッダ形式への対応

    新しいEMDBヘッダ形式への対応

    • EMDBエントリのヘッダファイル(XML形式の付随情報データ、マップデータそのものではない)の形式が、バージョン1.9に更新されました(詳細はこちら)。
    • EM Navigatorのコンテンツもそれに対応したものに変更しました。詳細ページの上部のバーなど、これまで'aggregation state'(集合状態)による色分けをされていた部分が、'method'(3次元再構成の手法)による色分けとなります。

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    よくある(ありそうな)質問と回答 (10)

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    Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか?色はどういう意味があるのですか?

    A: EMDBの画像はEM Navigatorの画像、PDBデータの画像は万見の画像です。色付けは複数のパターンがあります。

  • 詳細はについては、それぞれの項目をご覧ください。
  • 関連情報: Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか? / Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか?

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    Q: データの更新はいつですか?

    A: EMDBとPDBのデータは、毎週水曜の日本時間午前9:00に更新・公開されます

    • EM Navigatorと万見、Omokage検索のデータも同時に更新されます。
    • SASBDBは不定期に更新されているようです。

    関連情報: Q: EMDBの公式データはどこにありますか?

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    Q: 3DEMとは、低温電子顕微鏡法(クライオ電顕、cryoEM)のことですか?

    A: 「3DEM」と「クライオ電顕」は厳密には別の用語です。

    • しかしながら、「3DEM」と「クライオ電顕」は深い関係にあり、しばしば同じ意味の用語として使用されます。
    • 多くの3DEMデータはクライオ電顕によるものですが、すべてがそうではありません。EMDBやPDBにも低温環境下ではない実験で得られた構造データがいくつか登録されています。

    関連情報: 3次元電子顕微鏡(3DEM) / 低温電子顕微鏡(クライオ電顕、cryoEM)

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    Q: EMDBの公式データはどこにありますか?

    A: 以下3つです。すべて同じ内容で、更新時刻も同じです。

    関連情報: Q: データの更新はいつですか?

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    Q: マップデータとは電子密度マップのことですか?

    A: よく似ていますが、違います。

    • 厳密には、3D-EMで得られるマップは、電子密度ではなくクーロンポテンシャル(ポテンシャル密度)に関係しています。
    • 現在、原子モデルの当てはめや原子モデルの構築の過程では、両者の違いはあまり考慮されていないようです
    • プロトン化の有無によって密度に差が出るという報告もあります。

    関連情報: Q: マップデータのフォーマットは何ですか?

    外部リンク: Kimura et al. Surface of bacteriorhodopsin revealed by high-resolution electron crystallography. Nature 389, 206, 1997 doi:10.1038/38323

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    Q: マップデータのフォーマットは何ですか?

    A: CCP4マップ型式です。

    • バイナリ形式のデータで、マップのサイズなどを記述するためのヘッダと、密度値を記述するための本体からなります。
    • 詳細はこちら: EMDB_map_Format.pdf

    関連情報: Q: マップデータとは電子密度マップのことですか? / Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか?

    外部リンク: CCP4 map format

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    Q: 「EMD」とは何ですか?

    A: EMD (またはemd)は、EMDBのID番号の「接頭語」です。

    • 設立当初は、EMDBはEMDとも呼ばれていました。
    • EM NavigaotrではPDBとEMDBのデータを利用しているため、IDの表記は、[データベースの名称-ID]とし、接頭語は省略しています。例: EMDB-1001, PDB-1brd

    関連情報: EMDB / EM Navigator

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    Q: EM Navigatorの情報源は?

    A: EMDBとPDBの電子顕微鏡データです

    • 主要な情報源:
      • EMDB全エントリ
      • PDBエントリのうち、手法(exptl.details)として"electron microscopy"か、"electron diffraction"が記述されているエントリ
    • 以下の情報やコンテンツはEM Navigator独自のものです:
      • ムービーやそのスナップショット
      • 投影像と断面図
      • 関連データの一部と、類似構造の情報.

    関連情報: EM Navigator / EMDB / PDB / EMN検索 / EMN文献 / EMN統計情報

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    Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか?

    A: UCSF-ChimeraかJmolで連続画像を作成し、libavパッケージのavconvコマンドでムービーにエンコードしています。

    • Chimeraのスクリプトの例です。
      system mkdir img1
      movie reset
      movie record fformat png directory ./img1/ pattern img*
      roll y 2 180; wait
      wait 15
      roll x 2 180; wait
      reset pos1; wait
      reset pos2 180; wait
      reset pos1 180; wait
      reset
      movie stop
      
      (「pos1」と「pos2」は、断面を表示するモーションの開始点と終了点で保存したpositionです)
    • ムービーと併せてChimeraのセッションファイルを公開しています。参考になるかもしれません。

    関連情報: Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか?色はどういう意味があるのですか? / ムービービューア / 「古いムービー」

    外部リンク: UCSF Chimera Home Page / Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D / Libav

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    Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか?

    A: Jmolを利用して全自動で作成しています。スタイルはデータの種類によります。

    • 方向:
      • 正20面体対称構造: そのままの方向
      • らせん対称構造: まず6方向(+/- X,Y,Z 方向)からの画像をJPEG形式で作成し、ファイルのサイズが一番大きかったものを採用しています。(同じサイズの画像のJPEG形式のファイルのサイズは、圧縮の難しさ、つまり画像の複雑さによるからです)
      • その他: Jmolの"roate best"コマンドを利用
      • リボソーム: Jmolの"roate best"コマンドを利用(ただしRNAの座標のみ考慮)
    • 色:
      • モノマーのAU: 配列順による虹色 (N->C, 青->赤)
      • モノマーのAUのBU: Jmolの"color molecule"
      • マルチマーのAUと、そのBU (BUがモノマーの場合も含む): "color chain" (Jmolの "color chain"は虹色着色ではなく、鎖IDごとに定められた色による着色です)
      • (ここでいうモノマーとは、DNAかRNAかポリペプチドの鎖が一つしかない構造です)
    • 問題点:
      • 集合体のモデル作成はJmolのシステムを利用しています。ほとんどのデータについてはうまく動作していますが、一部うまく作成できていないものがあります。
      • 現在、画像のチェックと再作成を進めています。正しく描画されていない画像が残っています。

    関連情報: Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか?色はどういう意味があるのですか?

    外部リンク: Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

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    解説 (15)

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    EM Navigator

    3次元電子顕微鏡データブラウザ

    URL: https://pdbj.org/emnavi/.

    • 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイト

    関連情報: EMDB / PDB / PDBj / Q: EM Navigatorの情報源は? / EMN検索 / EMN文献 / EMNギャラリー / EMN統計情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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    EM Navigator (旧版)

    EM Navigator旧版

    URL: https://pdbj.org/emnavi/lgc_emn.php

    • 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイトです。
    • EMDBPDBのデータを利用しています。(統計情報)
    • 分子・構造生物学の専門家にも、初心者や専門外のかたにも利用していただけるサイトを目指しています。
    • PDBjが運営しています。

    関連情報: EMDB / PDB / PDBj / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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    EMN検索

    3次元電子顕微鏡データ検索

    URL: https://pdbj.org/emnavi/esearch.php

    • EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索するページ
    • 豊富な検索条件と表示条件

    関連情報: EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は? / 万見検索

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    EMN文献

    3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

    URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php?em=1

    • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
    • Pubmedのデータを利用しています

    関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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    EMNギャラリー

    3DEMデータを画像で一覧

    URL: https://pdbj.org/emnavi/gallery.php

    • 分類はEM Navigator独自のものです。厳密な分類ではありません。

    関連情報: EMDB / PDB / EM Navigator

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    EMN統計情報

    3DEMデータの統計情報を表やグラフで閲覧

    URL: https://pdbj.org/emnavi/stat.php

    • 表はソートできます。列の先頭をクリックすると、その列基準のソートになります。(再度クリックすると逆順、[Shift]+クリックで複数列基準のソート)
    • 行や列の先頭にマウスカーソルを置くと、棒グラフが現れます。
    • 数値のセルをクリックすると該当する検索結果のページが開きます。
    • 例:

    関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ統計情報ページを公開を開始しました

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    万見文書

    万見・EM Navigator・Omokageなどのヘルプや情報を検索・閲覧

    URL: https://pdbj.org/emnavi/doc.php

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      ムービービューア

      動画による3DEM構造データビューア

      • ムービーには横回転、縦回転、切断面の移動のモーションが録画されています。
      • ムービーのフレームは、マウスやタッチの位置で切り替わるので、分子構造ビューアのようなインタラクティブな操作が可能です。ムービー画面上のマウスや指の位置と動く方向に合わせてフレームが切り替わり、モデルが縦方向・横方向に回転します。画面上部でマウスや指を横に移動させると、断面のモーションが表示されます。

      関連情報: Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか? / Q: EM Navigator上のムービーやムービーのスナップショットを、プレゼンテーションや論文などに利用できますか? / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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      Jmol/JSmol

      オープンソースの3次元化学構造ビューア

    • マウス・タッチ操作
      X-Y回転X-Y移動拡大・縮小
      マウス操作左ボタンドラッグ[Ctrl] + 右ボタンドラッグ中ボタンドラッグ(縦方向) / ホイール回転
      タッチ操作1本指2本指ピンチ(つまむ動作)
      Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック
    • 関連情報: Molmil / 万見 (Yorodumi)

      外部リンク: Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

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      3次元電子顕微鏡(3DEM)

      3次元構造を得るための電子顕微鏡解析の総称

      • たとえば、単粒子解析、電子線トモグラフィー、電子線結晶学など
        試料の集合状態主に使われる手法
        単独の構造 (individual structure)電子線トモグラフィー (electron tomography)
        単粒子 (single particle)単粒子解析 (single particle analysis)
        正20面体対称 (icosahedral)単粒子解析
        らせん対称 (helical)らせん対称再構成 (helical reconstruction) / 単粒子解析
        2次元結晶 (2D-crystal)電子線結晶学 (electron diffraction) / フーリエフィルタ (Fourier filtering)
      • NMRやX線結晶学と比較して、一般的には次のような特徴がある
        • 長所: 試料調製のハードルが低い - 低純度・希少な試料、巨大・柔軟・脆弱・不均一な対象にも利用可能
        • 短所: 分解能が低い - 原子レベルの分解能の解析は難しい

      関連情報: EMDB / 低温電子顕微鏡(クライオ電顕、cryoEM)

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      低温電子顕微鏡(クライオ電顕、cryoEM)

      クライオ(低温)条件下の試料が観察可能な電子顕微鏡法、あるはその装置

    • 試料は、4~100K (-269~-170℃)に冷却される。これにより高真空中でも水和状態を保ち、電子線照射によるダメージも軽減される。
    • 関連情報: 3次元電子顕微鏡(3DEM) / Q: 3DEMとは、低温電子顕微鏡法(クライオ電顕、cryoEM)のことですか?

      外部リンク: Cryo-electron microscopy - Wikipedia

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      「古いムービー」

      この注釈の付いたムービーは、最新のマップデータに対応していない可能性があります。

    • EMDBのマップデータは、修正されることがあります。EM Navigatorのムービー作成作業は完全自動ではなく、全ての修正への追従はできていません。したがっていくつかのデータエントリについては、ムービーやそれに関するパラメータは古いマップデータを元にしており、新しいマップデータには対応していない場合があります。
    • 関連情報: Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか?

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      新しいEM Navigatorと万見の変更点

      新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)

      • 変更点
        • ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
        • EM Navigatorの個別のデータエントリのページ(旧版の「詳細ページ」)は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
        • 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
      • 新しい機能
        • 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
        • 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
        • その他新しいページ (引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
      • 旧版のページも、当面は継続します。

      関連情報: EM Navigator (旧版) / EM Navigator / 万見 (旧版) / 万見 (Yorodumi) / SurfView / Molmil / ムービービューア / EMN文献 / 万見文献 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

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      PDBML-plusからの情報

      PDBMLplusはXML形式のPDBデータフォーマットである「PDBML」のデータに対し、個々の分子に関する情報をPDBjで独自に追加したものです。

      関連情報: PDBj

      外部リンク: PDBMLplus - PDBj helip / 機能情報のページについて

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      万見注釈

      万見・EM Navigatorの管理者による注釈

      関連情報: Q: この文書を書いているのは誰ですか?EM Navigator、万見、Omokage検索などの開発者は?

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      万見文書について

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      万見文書

      万見・EM Navigator・Omokageなどのヘルプや情報を検索・閲覧

        他の情報も見る