PDBへの登録 は、wwPDBが開発した、新しい登録ツールです。X線結晶構造や、NMR、電子顕微鏡法によって決定された構造の登録に、ご利用頂けます。

PDBj Mine は、PDB IDやキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。

詳細条件検索は、様々な条件を組み合わせて指定して、PDBを検索するサービスです。

巨大構造エントリーは、PDBフォーマットの制限を超える大きな構造のうち、複数のエントリーに分割せず1つのPDBエントリーとして公開されているエントリーです。

化合物検索（Chemie search） は、PDBの化合物データベースを検索し、詳細な化合物情報を得ることができます。

NMRデータ検索は、生体分子のNMRデータベース BMRB のデータを検索します。

Sequence Navigator は、似た配列を持つ分子を検索するツールです。

Structure Navigator は、似た立体構造を持つ分子を検索するツールです。

EM Navigator は、 電子顕微鏡による分子の立体構造を閲覧するためのツールです。

wwPDB/RDF は Resource Description Framework（RDF）形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語（Web Ontology Language、OWL）で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これはPDB mmCIF Exchange DictionaryをそのままRDF形式に書き直したものです。

SeSAW （S tructural A lignment Weights）は、蛋白質に含まれる保存された配列や構造モチーフを識別し、機能に関する情報を提供します。

GIRAF は似たリガンド結合部位を持つ構造を検索するサービスです。 PDB IDを指定するか、PDBフォーマットファイルをアップロードして条件指定を行います。

最新の公開エントリー検索は、最も最近のデータバンク更新で、新たに登録されたエントリーと情報が更新されたエントリーの一覧をPDBj Mineで表示するなどのサービスを提供します。 登録されている全PDBIDリストもこちらで入手できます。

jVは、タンパク質や核酸分子の立体構造を視覚化し、対話的な操作を実現するJavaベースのソフトウェアです。ソフトウェア単体で動作させることも、ウェブブラウザ上でJavaアップレットとして動作させることもできます。

Molmilは、PDBjが開発した新しい高性能な分子ビューアで、最新のウェブテクノロジーを使用して、最適な組み込みやユーザ体験を提供します。PDB (フラットファイル)、 mmCIF、 PDBML、PDBjが開発したフォーマットであるmmJSON形式で記載された蛋白質や核酸、化合物を視覚化することができます。また、Molmilは、高解像度のPNG画像を保存でき、プラグインを導入せずとも、最新のウェブブラウザ上で動作します。

万見 （よろづみ）は生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。

ASH は３次元構造アライメントを行うプログラムです。ASHホームページ上で処理することも、ソフトウェアをダウンロードして利用することもできます。

MAFFTash は、配列と立体構造の両方を考慮して類似している分子を検索するツールです。

NMRToolBoxは、様々な帰属解析ツール（PDBj-BMRBが独自に開発したスタンドアロンの解析・データベース登録支援ツール、ダウンロードサービス）で構成されています。

CRNPRED （クルンプレッド）はアミノ酸配列に基づき、２次構造（secondary structure）、埋もれ度（contactnumber）、残基毎コンタクトオーダ（residue-wise contact order）を含む１次元の蛋白質立体構造予測を行うウェブサービスです。

Spanner（スパナー）は既知の立体構造との類似性に基づいて、構造が分かっていないアミノ酸配列の立体構造を予測するプログラムです。

SFAS （Sequence to Function Annotation Server）はアミノ酸配列から構造を予測するウェブサービスです。 SFASは配列相同性比較（sequence alignment）と構造予測（structural modeling）を行う外部プログラムの結果を組み合わせて実行されています。

eF-site（エフサイト）は蛋白質の機能部位に関する電子表面形状を見るためのデータベースです。活性部位のコノリー表面（Connolly surface）上に静電ポテンシャルと疎水性を表示します。分子認識機構の解析に用いることができます。

eF-surf（エフサーフ）は分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算して作成するウェブサービスです。

eF-seek（エフシーク）は似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。eF-siteデータベースの代表結合部位を、クリーク検索アルゴリズム（clique search algorithm）に基づく独自の方法で検索します。

ProMode Elastic （プロモードエラスティック）はプログラムPDBETA（Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data、二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算プログラム）を使ってPDBデータの基準振動解析を行った結果のデータベースです。

eProtSは、一般の方を対象として、分子の構造と機能に関して解説するサービスです。教育用コンテンツとしても利用できます。eProtS（イープロッツ）は「蛋白質構造百科事典（Encyclopedia of Protein Structures）」の略です。wikiに基づくシステムを用いており、記事を閲覧するだけでなく、登録・編集することもできます。

今月の分子（Molecule of the Month）はRCSBで提供されている、月替わりの分子構造紹介記事をPDBjにて日本語に訳したものです。eProtSと合わせて教育用コンテンツとして利用できます。

万見プライムは、生体分子を気軽に見るページ「万見」を、より一般向けにしたものです。小中学生の学習にも使えるページを目指しています。

過去の講習会は、過去に行われた講習会の講演資料などを掲載するサイトです。資料はダウンロードすることができます。

PDBj Games は、PDBj Games は、アミノ酸やアミノ酸を連ねてできるたんぱく質について学ぶことのできる神経衰弱とスネークゲームです。

未公開エントリーのステータス検索は、PDBに登録し、まだ公開されていないエントリーの状況を検索します。

Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。

gmfitは、混合正規分布モデルを用いて高速に立体の重ね合わせを行うプログラムです。二つのEMDBの密度マップやPDBの構造の重ね合わせ計算を行うWEBサービスを公開しています。

HOMCOSは、PDBに収納されている複合体の立体構造データを配列や化学構造から検索し、検索された構造を鋳型として複合体のモデリングを行うサービスです。

ペーパーモデル は、PDBに登録されている分子の構造データから作ったペーパーモデルを紹介するサービスです。