＜PDBj ランチョンセミナー＞ 第55回日本生物物理学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月21日（木）11：45－12：35 会場（部屋名) 熊本大学 黒髪北地区 I会場（全学教育棟 E305） 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "Recent activities of PDBj and wwPDB" （PDBjとwwPDBの最近の活動について） - 金城 玲（大阪大学蛋白質研究所） " ...

統合/ハイブリッド（I/H）構造モデルの登録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表しました。 wwPDBとwwPDB I/H法専門委員会（wwPDB Integrative/Hybrid (I/H) Methods Task Force）は、 I/H 構造モデルを登録するためのプロトタイプシステム、 PDB-Development (又は「PDB-Dev」) を、登録サイト pdb-dev.wwpdb.orgで一般公開したことを報告します。 生体高分子の ...

国際結晶学連合会議（IUCr 2017）で、ポスター賞が授与されました。 Deekshi Angiraさん、おめでとうございます。 Angiraさんは、 「Gamma secretase activating protein as profound target for Alzheimer’s disease」 に関するポスターに対して、最近、wwPDBのポスター賞を受賞しました。 (Deekshi Angira, Vijay Thiruvenkatam, Indian Institute Of ...

万見（yorodumi） 万見 （よろづみ）は生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。 詳しくは万見文書をご覧ください。 URL: https://pdbj.org//yorodumi/

※旧版ヘルプページはこちら URL: http://pdbj.org/sesaw/ - 概要 - 手法 - 利用方法 - 参考文献 ※このページは、SeSAWに関する案内文、 SeSAWの解説を訳したものです。より詳しく具体的な使い方について説明されているSeSAW Tutorialもご覧下さい。 概要 SeSAW（Sequence-derived Structure Alignment Weights、配列から導き出された構造比較比重）は、指定した蛋白質に含まれる保存された配列や構造 ...

URL: https://pdbj.org//emnavi/?lang=ja EM Navigatorは電子顕微鏡によって解かれた分子の立体構造を見るためのウェブサービスです。 より詳しい文書が万見文書にあります。 - -

PDBエントリー検索（PDBj Mine） PDBj Mine は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。 URL: http://pdbj.org/mine/ 詳細検索（PDBj Mine） 詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。 URL: http://pdbj.org/advancedSearch Chemie search（化合物 ...

PDBjのPDBx/mmCIF フォーマット変換サービスが、化合物のmmCIFファイルに対応できるようになりました。 化合物のmmCIFファイルをアップロードすると、PDBフォーマットの化合物ファイルへ変換されます。

国際結晶学連合会議(IUCr, 8月21日-28日）で、発表やブース展示を行います。 wwPDBのメンバーは、 8月21日（月）から28日（月）に、インドのハイデラバード（Hyderabad）で開催される、 第24回国際結晶学連合会議（the International Union of Crystallography, IUCr）に参加しています。 75番の展示ブースにお越し頂ければ、wwPDB OneDepシステムを記念した特別な扇子をプレゼントします。 その他のwwPDBイベン ...

PDBにおけるバージョニングと改訂履歴による新たなファイル管理法について（PDBアクセションコード、ファイル名の変更） 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるよう、ファイル・バージョニングシステムを導入する予定です。 バージョン化されたファイルは、新しいFTPアーカイブに保管されます。 バージョンは、大きな更新（メジャーバージョン）と小さな更新（マイナーバージョン）に分け ...

PDBj は、 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan（DDBJ）、 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）、 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） と共同で、研究者に役立つサービス・情報のワンストップサービスを目指して、 生命科学データベースポータルサイト JBI (Japan alliance for Bioscience Information) ポータ ...

2014年以降、wwPDBの標準フォーマットはPDBx/mmCIFとなっており、PDBファイルフォーマットの開発は凍結されています。 PDBx/mmCIFフォーマットは更新されますが、PDBフォーマットは旧バージョンのまま更新されません。 詳細については、 wwPDBサイト（File Formats and the PDB）をご覧ください。 [ wwPDB ニュース ]

2017年7月12日に、wwPDBは、PDB FTPアーカイブのPDB構造ファイルを、 PDBx/mmCIF辞書のV5.0に従ったファイルへ 更新する予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション、検証のための、wwPDBの OneDepシステム（日本語版) で使用されています。 7月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発者が 予定されている更新内容について、テストし、フィードバックをする時間が十分持てるように、 wwPDBは、今回、新しいFTPリポジトリ（ftp ...

wwPDBでは、既に公開されたPDBアーカイブ中のエントリーに対し、指定された登録者（Depositor of Record）が行う 大きな改訂を管理するための 新たな仕組み（ファイル・バージョニングシステム）を2017年中に導入する予定です （ここで、指定登録者（Depositor of Record）は、エントリーに対する主要研究者（PI）として定義されます）。 現在は、既存の公開済みPDBエントリーに対して原子座標を改訂する場合、新しいPDBアクセションコードが発行され、以前のPDBエントリー ...

構造をPDBへ登録する準備ができていますか？ OneDepシステムを使った登録には、新しいガイドが役に立ちます。 OneDepによるPDB登録への５つのシンプルなステップをまとめたパンフレットを、 wwPDBサイトからダウンロード頂けます。 [ wwPDB ニュース ]

PDBアーカイブ中のモデル構造ファイルが V5.0の PDBx/mmCIFディクショナリに従うよう更新されました。 PDBx/mmCIFフォーマットとXMLフォーマットの両方が更新されています。 これらのファイルは、利用者が確認及びテストが行えるように、 すでにテストサイトから公開されてきました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには、修正情報が含まれない場合があります。 V5.0には、以下のような変更点があります： - ...

2017年7月12日に、FTPのPDBエントリーは全て、PDBx/mmCIF辞書の新しいバージョン V5 (http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/)に準拠したファイルへと更新されます （PDBj ニュース）。 この更新によって、以下のPDBj サービスに影響があります。 Mine 2 RDB 全てのエントリーが更新されるため、毎週の差分（デルタファイル）は膨大な量になります。そのため、7月12日には、差分ファイルは提供 ...

三島市民文化会館（ゆうゆうホール）にて、All-in-one 合同講習会 2017 ～生命科学の最先端に触れてみよう～が開催されます。" /> 5月27日（土）、三島市民文化会館（ゆうゆうホール）にて一般向けのデータベース講習会を開催します。 日時： 2017年5月27日（土）13:00～16:30 （受付は 12：30 〜 ） 会場： 三島市民文化会館（ゆうゆうホール）小ホール（静岡県三島市） 参加データベース： - バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC） - ライ ...

eF-site eF-site （エフサイト）は蛋白質の機能部位に関する電子表面形状を見るためのデータベースです。活性部位のコノリー表面（Connolly surface）上に静電ポテンシャルと疎水性を表示します。分子認識機構の解析に用いることができます。 URL: https://pdbj.org/eF-site/ eF-seek eF-seek （エフシーク）は似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。eF-siteデータベースの代表結合部位を、クリーク検索 ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 第17回日本蛋白質科学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年6月22日（木）11：15－12：05 会場（部屋名) 仙台国際センター E会場（展示棟 会議室4） 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "Recent activities of PDBj and wwPDB" （PDBjとwwPDBの最近の活動について） - Gert-Jan Bekker（大阪大学蛋白質研 ...

『大阪大学いちょう祭』で生体分子をより知っていただくための展示などを行います。" /> 大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント ※このイベントは終了しました。

Firefox 52.0.xをご利用の場合、ウェブページ内のプルダウンメニューが正常に動作しない場合があります。 Firefox 53ではこの問題は修正されていますので、最新版のFirefoxブラウザをご利用ください。 対応ブラウザについては、こちらのページもご覧ください。 [FAQページ] に戻る

新PDBjウェブサイトでは、最先端の機能を実装しています。 高度な機能の使用やパフォーマンスの改善、セキュリティの向上など、機能を最大限にご利用頂くために、 下記いずれかの対応をご検討下さい。 1. ご利用のウェブブラウザのバージョンアップ 2. 他のウェブブラウザのインストール (下記の"推奨ウェブブラウザ"を参考にしてください） ＊上記いずれの対応もできない場合は、従来のPDBjウェブサイトをご利用下さい。 推奨ウェブブラウザ 完全な動作を保証するために、以下のウェブブラウザの最新版でのご利 ...

PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。 wwPDBは、PDBアーカイブの全てのエントリーのPDBx/mmCIF構造データを、PDBx/mmCIF辞書のV5バージョンに従ったもの へ更新する準備を進めています。 更新が完了すると、全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用されている改定データモデルに従うようになります。 変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトからご覧頂けます (https://www. ...

PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。 wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。 新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア（2017）やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。 更新されたレポートは、以下の ...