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[wwPDB] 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました。

... に、PRIDEクロスリンキングは、 mzIdentML 1.2.0 コミュニティデータ標準 ...

6月22日(木)、 第17回日本蛋白質科学会年会 にて、ランチョンセミナーを開催します。

... 、ご来場下さい。 - セミナー要旨(pdf 1.2MB) - ランチョンセミナープログ ...

「ペプチド鎖」と「水を除く低分子」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る

... ON e1.pdbid=e2.pdbid AND e1.id=e2.entity_id WHERE ('{1,2}' && b.chain_type_ids) AND e1.type='non-polymer' AND NOT ...

BINDS-PDBj合同講習会「NMRによる構造計算入門」

... だきます。 参加受付締切: 2019年1月18日(金) 17:00 (申し込みはこ ...

ニュース (2010年05月19日)

jVの最新版 (jV3.7.1)が公開されました。

文字列結合(||)

... 関数と演算子)。 例: SELECT カラム名1 || ( || カラム名2 || ) AS 別名 FROM テーブル ...

PDBjの新しいツールと活動を紹介した論文が、Protein Scienceから公開されました。

... ., Kobayashi, N., Fujiwara, T., Kurisu, G. and Nakamura, H. Protein Science 27 (1): 95-102 (2018)

[wwPDB] wwPDBの定款: 正規メンバーと準メンバー

... 、 準メンバーはwwPDBの活動の一部(1つ以上のwwPDBコアアーカイブに ...

Molmilユーザマニュアル

... ながらドラッグ) - スワイプ(指1本をディスプレイに触れた ...

9月21日 (木)、第55回 日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを開催します

... 、ご来場下さい。 - セミナー要旨(pdf 1.8MB) - ランチョンセミナープログ ...

ニュース (2017年4月20日)

... 阪府吹田市山田丘3-2) 本館階講堂横のセミナー室 [Map] [Google Map ...

実験情報

... ます。対応は以下の通りです。 1. X線回折(X-RAY DIFFRACTION) 2. 中性子回 ...

[wwPDB] ペプチド残基に関する主鎖の注釈と標準化が公開されました

... 部であり、 BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。 [ wwPDB News ...

結果件数を制限する(LIMIT)

... 文書 - 7.6. LIMITとOFFSET)。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 LIMIT 数値

11/17(土)、ららぽーとEXPOCITY(大阪府吹田市)にて開催される「大阪大学共創DAY@EXPOCITY『大阪大学とあそぼう』」に出展します

... 下記内容の出展を行います。 1. 実際にPDBjのデータベースへアク ...

詳細検索

... 間一致の検索もできます。 例?1Aで始まるエントリーID 1A* 例 ...

Pfamコードが\

... _can アミノ酸残基/核酸塩基の1文字表記で記した配列情報 ...

日付・時刻情報

... 例 現在の日付 current_date 現在から1週間前の日付 current_date - interger '7' 2024-07 ...

PDBjのウェブインターフェースについて

... れかの対応をご検討下さい。 1. ご利用のウェブブラウザの ...

11/10(土)・11(日)、東京お台場にて開催される「サイエンスアゴラ2018」に出展します

... 下記内容の出展を行います。 1. 実際にPDBjのデータベースへアク ...

情報を取り出す(SELECT)

... います(参考:PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.1. 概要)。 - 出力対象となる項目名 ...

PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。

... 頂けます (https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org ...

高分子鎖の中にD体またはL体のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る

... 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE ('{1,2}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief ...

2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM)によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。

... マップが登録された後、最大年間は、非公開の状態にして ...

3-1) 精密化プログラムのログファイルからデータを取得して、完全なPDBxフォーマットのファイルを生成する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

pdb_extractを使って、精密化した座標ファイル、実験データファイル(例:構造因子)、精密化プログラムのログファイル、登録者情報のテンプレートファイル(もしあれば) から、データを”採取する”ことができます。 pdb_extractを使うと、生成した座標や実験データファイルをPDBx/mmCIFフォーマットで生成できるので、そのまま検証や登録に使用することができます。 [質問一覧に戻る]

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件を2025-11-12に公開中

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