- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 指定した複数のPDBIDそれぞれの公開日を得る 検索はこちら SELECT pdbid,release_date FROM brief_summary WHERE pdbid IN ('1crn','2prg','1gof','1ubq') 要素 内容 brief_summary.release_date エントリーの公開日。 タグ - 主要項目テーブル「brief_summary」を使う - エントリー情報 ...

CiCLE: クライオ電顕単粒子解析 データ処理講習会 開催趣旨：近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電顕画像取得後のデータ処理のノウハウを、実際に計算機を使った講習会形式で体験していただきます。 日本電子のクライオ電子顕微鏡CRYO ARMで撮影された画像を題材として、３次元画像再構成、原子モデルの作成の講義・講習を行います。 主催 医療研究開発革新基盤創成事業( ...

GIRAF は2019年4月30日をもってサービス提供を終了しました。長らくのご利用ありがとうございました。 - The URL - GIRAFの紹介 - GIRAF検索の実行方法 - 条件指定 検索対象を特定の蛋白質サブユニットに限定する（オプション） 電子メール通知（オプション） 検索を実行する - 条件指定 - 検索対象を特定の蛋白質サブユニットに限定する（オプション） - 電子メール通知（オプション） - 検索を実行する - GIRAF検索結果の調べ方 - 結果の並べ替え 全部のヒットを調べる ...

2019年4月30日をもってGIRAFサービスの提供を終了します。長年のご利用ありがとうございました。

結晶構造をPDBへ登録する際にPDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になることをActa Crystallographica Section D (Acta Cryst. D)に発表しました。 著者には、wwPDBの各サイトのメンバーに加えて、主要な結晶構造精密化ソフトウェアの代表も含まれています。 Acta Cryst. Dから出版された論文“Announcing mandatory submission of PDBx/mmCIF format files for ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、lebel_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid,e1.id entity_id,e1.pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE ...

蛋白質構造データバンクの中国における新たなアーカイブ拠点「中国蛋白質構造データバンク」（Protein Data Bank China: PDBc）を設けるにあたり、当拠点の統括責任者を公募します。 この職位は、中国の国立蛋白質科学研究センター上海（NCPSS）、上海科技大学 iHuman研究所、同大学 免疫化学研究所（SIAIS）の兼任となります。採用者は、国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の中心メンバー（米国のRCSB PDB、BMRB、欧州のPDBe、日本のPDBj）と協力し、PDBcが ...

今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は15万件に達し、総数は150,145 となりました。 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、1971年に創設されたPDBアーカイブは大きな節目を迎えることができました。このアーカイブは、世界中の研究者が無償で利用できます。 wwPDBを構成する4つのデータセンターでは、生体高分子の三次元構造のオンラインアクセスを提供しています。これらPDBのサービスは臨床医学、農業、基礎生物学において、病気や ...

2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になります。 2019年7月1日からは、X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられるようになります。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを ...

2018年に、米国保健福祉省（U.S. Department of Health and Human Services）の研究公正局（Office of Research Integrity, ORI）は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 ...

2019/1/28（月）、東京都千代田区で開催される「All-in-one 合同講習会 2018／統合データベース講習会：AJACS 番町２」にて、 PDBjからも講演を行います。詳細は以下の通りです。 日時 2019/1/28（月）10:15-16:00 場所 科学技術振興機構東京本部別館1階ホール（東京都千代田区五番町7 Kʼs五番町）アクセス・Google Map 参加費 無料 締め切り 2019/1/25（金）12:00 申し込み 申し込みフォームからお願いします。 演題・演 ...

※一覧の順序は、PDBファイル内のレコード出現順 レコード名称 レコードの説明 HEADER 登録された分子の分類、登録日、PDB ID等 OBSLTE 一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される TITLE PDBエントリーの表題 SPLIT 一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する CAVEAT キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される COMPND ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 全エントリーの生物学的単位に関する情報を得る（生物学的単位に関する情報がないエントリーを除く） 検索はこちら SELECT pdbx_struct_assembly.pdbid, pdbx_struct_assembly.details, pdbx_struct_assembly.oligomeric_count, pdbx_struct_assembly.oligomeric_details, pdbx_struct_ ...

※利用規約はこちらをご覧ください 当サイトでは、情報提供者の了解なく、個人情報を第三者に提供/開示いたしません。但し、法律に基づいて請求された場合には、開示することもあります。 個人情報の範囲 - お問い合わせページからのご入力情報 （お名前、メールアドレス等） - アクセス情報（アクセスされた方のドメイン名やIPアドレス、使用しているブラウザの種類、アクセス日時、検索語句などで構成されますが、個人を特定できる情報を含むものではありません） 個人情報の利用目的 - お問い合わせに ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 2016年に最初の登録が行われたキナーゼ（EC 2.7）のPDBID、entity_id、label_asym_id、分子名を得る 検索はこちら SELECT entity.pdbid, entity.id, struct_asym.id AS label_asym_id, entity.pdbx_description FROM entity LEFT JOIN struct_asym ON entity.pdbid=struct_ ...

2019年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20190101は、 ...

核磁気共鳴(NMR)分光法は、生体高分子の構造解析・運動解析の強力な実験手法です。 本講習会では、NMRによる構造決定の初心者を対象に、立体構造データベースPDB、NMRのデータベースBMRBの概説、 NMRの計測原理の講演のあと、実際に計算機を用いて、NMRデータの自動解析プログラム （自動信号帰属、自動構造計算）を実行していただきます。 主催： 創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム: BINDS 最適化拠点 日程： 2019年2月19日(火) 9:30 - 17:30 定員： 10名 程 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 「ペプチド鎖」と「水を除く低分子」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT DISTINCT b.pdbid FROM brief_summary b LEFT JOIN entity e1 ON b.pdbid=e1.pdbid LEFT JOIN pdbx_nonpoly_scheme e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid AND e1.id=e2.entity_id WHERE ('{1,2 ...

学術雑誌 Nucleic Acids Research の2019年データベース特集号（Database issue）において、PDBアーカイブに関する論文 「Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data」が出版されました。 PDBアーカイブの運営においては、国際的なwwPDBのパートナーシップが重要であることを強調するため、論文の著書は、"wwPDB Consortium"となっています。 ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 日本結晶学会 2018年度年会および総会 にて、PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成30年11月11日（日）11:30-12:30 会場（部屋名) 東京工業大学 大岡山キャンパス A会場 西9号館 3階 W933教室 <演者・演題> - 鈴木 博文（早稲田大学 先進理工学部） "構造データベースから見えてくる電子顕微鏡による構造解析の動向" - Gert-Jan Bekker (大阪大学 蛋白質研究所) " ...

Q) 廃止または他のIDに置き換えられたエントリーのリストはありますか? A) PDBjのFTPサイトで配布しています。 詳しくはPDBj FTPサイトの詳細もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

2018年11月1日より、PDBjのウェブインターフェース（PDBj Mine等）では、Molmilのベータ版Molmil 2（現行Molmilの機能拡張版）が、デフォルトビューアになりました。 従来のMolmil 1インターフェースを継続してご利用になる場合は、カスタマイズ設定ページで、デフォルト選択ビューアから、「Molmil 1」を選択してください。 Molmil 2は、スタンドアロンのビューアとしてもご利用頂けます（https://pdbj.org/molmil2/）。 Molmil 2の開発 ...

最新の情報は、wwPDB: Deposition Tutorial （英語）をご覧ください。 OneDep登録システムの紹介 目次 - ビデオチュートリアル - 段階的なチュートリアル 座標の登録 NMR構造の登録 電子顕微鏡法のマップの登録 - 座標の登録 - NMR構造の登録 - 電子顕微鏡法のマップの登録 新登録システムや、本チュートリアルについてのご意見をお待ちしています。 さらに詳細な説明のご要望や登録中に遭遇した問題点についても、下記宛先へお問い合わせください。 - ...

はじめに MolmilはPDBjで開発したjVと同じようにPDBjの様々なサービスで使われている分子ビューア（閲覧ソフト）です。 標準的なウェブブラウザがあれば動作します。 Molmilはウェブページに埋め込むことも、スタンドアロンビューアとしても使うこともできます。 利用方法 基本的な操作は標準的なマウス（2ボタン＋ホイール付きマウス）で行うことができます。 操作内容 操作方法 移動 今の中心の周りに回転 以下のいずれかの方法が使えます。 - 左ドラッグ（マウスの左ボタン ...

大阪大学共創DAY＠EXPOCITY「大阪大学とあそぼう」 －in 大阪－ 大阪大学のさまざまな研究・実績・資料などのブースや体験コーナーを会場内一帯で展開し、小さなお子様から大人まで、楽しみながら科学、研究について学んでいただけるイベントです。お申し込み不要ですので、ぜひお気軽にお越しください♪ 日時： 2018年11月17日（土）11:00〜17:00 場所： ららぽーとEXPOCITY（大阪府吹田市）「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約2分 PDBj は2F光の広場付近に出展します ...